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- EMDB-3784: Structure of the membrane-bound human mitoribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3784
タイトルStructure of the membrane-bound human mitoribosome
マップデータStructure of the membrane-bound human mitoribosome in isolated mitochondria
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Whole mitochondria purified from human cell culture
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 26.0 Å
データ登録者Englmeier R / Pfeffer S / Foerster F
資金援助 ドイツ, オランダ, 3件
OrganizationGrant number国
German Research FoundationFO 716/4-1 ドイツ
Nederland Wetenschappelijke organizationVici 724.016.001 オランダ
German Research FoundationGRK1721 ドイツ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structure of the Human Mitochondrial Ribosome Studied In Situ by Cryoelectron Tomography.
著者: Robert Englmeier / Stefan Pfeffer / Friedrich Förster /
要旨: Mitochondria maintain their own genome and its corresponding protein synthesis machine, the mitochondrial ribosome (mitoribosome). Mitoribosomes primarily synthesize highly hydrophobic proteins ...Mitochondria maintain their own genome and its corresponding protein synthesis machine, the mitochondrial ribosome (mitoribosome). Mitoribosomes primarily synthesize highly hydrophobic proteins of the inner mitochondrial membrane. Recent studies revealed the complete structure of the isolated mammalian mitoribosome, but its mode of membrane association remained hypothetical. In this study, we used cryoelectron tomography to visualize human mitoribosomes in isolated mitochondria. The subtomogram average of the membrane-associated human mitoribosome reveals a single major contact site with the inner membrane, mediated by the mitochondria-specific protein mL45. A second rRNA-mediated contact site that is present in yeast is absent in humans, resulting in a more variable association of the human mitoribosome with the inner membrane. Despite extensive structural differences of mammalian and fungal mitoribosomal structure, the principal organization of peptide exit tunnel and the mL45 homolog remains invariant, presumably to align the mitoribosome with the membrane-embedded insertion machinery.
履歴
登録2017年7月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年8月16日-
マップ公開2017年10月18日-
更新2020年11月18日-
現状2020年11月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0231
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0231
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3784.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3784.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 5.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of the membrane-bound human mitoribosome in isolated mitochondria
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.24 Å/pix.
x 110 pix.
= 576.4 Å		5.24 Å/pix.
x 110 pix.
= 576.4 Å		5.24 Å/pix.
x 110 pix.
= 576.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.24 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0231 / ムービー #1: 0.0231
最小 - 最大-0.06172496 - 0.11727364
平均 (標準偏差)0.0015579415 (±0.01258275)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ110110110
Spacing110110110
セルA=B=C: 576.39996 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.245.245.24
M x/y/z110110110
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z576.400576.400576.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ256256256
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS110110110
D min/max/mean-0.0620.1170.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Whole mitochondria purified from human cell culture

全体名称: Whole mitochondria purified from human cell culture
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Whole mitochondria purified from human cell culture

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超分子 #1: Whole mitochondria purified from human cell culture

超分子名称: Whole mitochondria purified from human cell culture / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HEK-293 / Organelle: Mitochondria

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 1.2 sec. / 平均電子線量: 1.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 26.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PyTom / 使用したサブトモグラム数: 663
抽出トモグラム数: 51 / 使用した粒子像数: 7796 / 参照モデル: reference-free template / ソフトウェア - 名称: PyTom
CTF補正ソフトウェア - 名称: PyTom
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: PyTom
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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