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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-37678 | |||||||||
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タイトル | ZIKV rsNS1 in complex with Fab EB9 and anti-fab nanobody | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | antibody / flavivirus / zika / cryoEM / non structural protein 1 / ns1 / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / serine-type endopeptidase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / virus-mediated perturbation of host defense response / RNA-dependent RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / GTP binding / structural molecule activity / virion membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Zika virus (ジカ熱ウイルス) / Lama glama (ラマ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Chew BLA / Luo D | |||||||||
資金援助 | シンガポール, 1件
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引用 | ジャーナル: Npj Viruses / 年: 2024 タイトル: Structural basis of Zika virus NS1 multimerization and human antibody recognition 著者: Chew BLA / Ngoh AQ / Phoo WW / Weng MJG / Sheng HJ / Chan KWK / Tan EYJ / Gelbart T / Xu C / Tan GS / Vasudevan SG / Luo D | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_37678.map.gz | 777.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-37678-v30.xml emd-37678.xml | 17.1 KB 17.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_37678_fsc.xml | 19.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_37678.png | 170.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-37678.cif.gz | 6.2 KB | ||
その他 | emd_37678_half_map_1.map.gz emd_37678_half_map_2.map.gz | 765.4 MB 765.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37678 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37678 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_37678_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_37678_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_37678_validation.xml.gz | 29.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_37678_validation.cif.gz | 38.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37678 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37678 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_37678.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.68 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_37678_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_37678_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : ZIKV rsNS1 in complex with Fab AA12 and anti-fab nanobody
全体 | 名称: ZIKV rsNS1 in complex with Fab AA12 and anti-fab nanobody |
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要素 |
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-超分子 #1: ZIKV rsNS1 in complex with Fab AA12 and anti-fab nanobody
超分子 | 名称: ZIKV rsNS1 in complex with Fab AA12 and anti-fab nanobody タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: VL
分子 | 名称: VL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.505992 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: SDIQMTQSPF SLSASVGDRV TITCRASQSI SSHLNWYQQK PGKAPKFLIY AASSLQSGVP SRFSGSGSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQSYSTPYTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列: SDIQMTQSPF SLSASVGDRV TITCRASQSI SSHLNWYQQK PGKAPKFLIY AASSLQSGVP SRFSGSGSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQSYSTPYTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC |
-分子 #2: VH
分子 | 名称: VH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 24.059949 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: SEVQLVESGG GLIQPGGSLR LSCAASGFTV SSNYMSWVRQ APGKGLEWVS VIYSGGSTYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLRAE DTAVYYCARW GGKRGGAFDI WGQGTMVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS ...文字列: SEVQLVESGG GLIQPGGSLR LSCAASGFTV SSNYMSWVRQ APGKGLEWVS VIYSGGSTYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLRAE DTAVYYCARW GGKRGGAFDI WGQGTMVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKKV EPKSCDKTHT |
-分子 #3: Non-structural protein 1
分子 | 名称: Non-structural protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: NS1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Zika virus (ジカ熱ウイルス) |
分子量 | 理論値: 41.251578 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DVGCSVDFSK KETRCGTGVF IYNDVEAWRD RYKYHPDSPR RLAAAVKQAW EEGICGISSV SRMENIMWKS VEGELNAILE ENGVQLTVV VGSVKNPMWR GPQRLPVPVN ELPHGWKAWG KSYFVRAAKT NNSFVVDGDT LKECPLEHRA WNSFLVEDHG F GVFHTSVW ...文字列: DVGCSVDFSK KETRCGTGVF IYNDVEAWRD RYKYHPDSPR RLAAAVKQAW EEGICGISSV SRMENIMWKS VEGELNAILE ENGVQLTVV VGSVKNPMWR GPQRLPVPVN ELPHGWKAWG KSYFVRAAKT NNSFVVDGDT LKECPLEHRA WNSFLVEDHG F GVFHTSVW LKVREDYSLE CDPAVIGTAV KGREAAHSDL GYWIESEKND TWRLKRAHLI EMKTCEWPKS HTLWTDGVEE SD LIIPKSL AGPLSHHNTR EGYRTQVKGP WHSEELEIRF EECPGTKVYV EETCGTRGPS LRSTTASGRV IEEWCCRECT MPP LSFRAK DGCWYGMEIR PRKEPESNLV RSMVTAGTKH HHHHH UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #4: Anti-fab nanobody
分子 | 名称: Anti-fab nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Lama glama (ラマ) |
分子量 | 理論値: 15.071431 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: HHHHHHGENL YFQGSQVQLQ ESGGGLVQPG GSLRLSCAAS GRTISRYAMS WFRQAPGKER EFVAVARRSG DGAFYADSVQ GRFTVSRDD AKNTVYLQMN SLKPEDTAVY YCAIDSDTFY SGSYDYWGQG TQVTVSS |
-分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-8wo4: |