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- EMDB-37604: Structural basis of translation inhibition by a valine tRNA-deriv... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37604
タイトルStructural basis of translation inhibition by a valine tRNA-derived fragment
マップデータ
試料
  • 複合体: Sulfolobus acidocaldarius ribosome
    • RNA: x 2種
    • タンパク質・ペプチド: x 26種
  • リガンド: x 1種
キーワードSulfolobus acidocaldarius ribosome / RIBOSOME (リボソーム)
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / cytosolic ribosome / リボソーム生合成 / small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex ...ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / cytosolic ribosome / リボソーム生合成 / small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / zinc ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S27ae / : / Ribosomal protein S9, archaeal / Ribosomal protein S13, archaeal / Ribosomal protein S17, archaeal / Ribosomal protein S6e, archaeal / Ribosomal protein S4, archaeal / Ribosomal protein S12, archaea / Ribosomal protein S3, archaeal / 30S ribosomal protein S3Ae ...Ribosomal protein S27ae / : / Ribosomal protein S9, archaeal / Ribosomal protein S13, archaeal / Ribosomal protein S17, archaeal / Ribosomal protein S6e, archaeal / Ribosomal protein S4, archaeal / Ribosomal protein S12, archaea / Ribosomal protein S3, archaeal / 30S ribosomal protein S3Ae / Ribosomal protein S7, archaeal / Ribosomal protein S19e, archaeal / Ribosomal protein S11, archaeal / Ribosomal protein S2, archaeal / Ribosomal protein S14, type Z, archaeal / Ribosomal protein S8e, archaeal / Ribosomal protein L7Ae, archaea / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e/ribosomal biogenesis NSA2 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein L7Ae conserved site / Ribosomal protein L7Ae signature. / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / Ribosomal protein S14/S29 / 50S ribosomal protein L30e-like / Ribosomal protein S2 signature 2. / KHドメイン / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S2 signature 1. / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / KHドメイン / Ribosomal protein S2 / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2 / : / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19 signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein eS4 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 ...Small ribosomal subunit protein eS4 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein eS24 / Small ribosomal subunit protein eS31 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS17
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.62 Å
データ登録者Wang YH / Zhou J
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971226 中国
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2024
タイトル: Structural basis of translation inhibition by a valine tRNA-derived fragment.
著者: Yun Wu / Meng-Ting Ni / Ying-Hui Wang / Chen Wang / Hai Hou / Xing Zhang / Jie Zhou /
要旨: Translational regulation by non-coding RNAs is a mechanism commonly used by cells to fine-tune gene expression. A fragment derived from an archaeal valine tRNA (Val-tRF) has been previously ...Translational regulation by non-coding RNAs is a mechanism commonly used by cells to fine-tune gene expression. A fragment derived from an archaeal valine tRNA (Val-tRF) has been previously identified to bind the small subunit of the ribosome and inhibit translation in Here, we present three cryo-electron microscopy structures of Val-tRF bound to the small subunit of ribosomes at resolutions between 4.02 and 4.53 Å. Within these complexes, Val-tRF was observed to bind to conserved RNA-interacting sites, including the ribosomal decoding center. The binding of Val-tRF destabilizes helices h24, h44, and h45 and the anti-Shine-Dalgarno sequence of 16S rRNA. The binding position of this molecule partially overlaps with the translation initiation factor aIF1A and occludes the mRNA P-site codon. Moreover, we found that the binding of Val-tRF is associated with steric hindrance of the H69 base of 23S rRNA in the large ribosome subunit, thereby preventing 70S assembly. Our data exemplify how tRNA-derived fragments bind to ribosomes and provide new insights into the mechanisms underlying translation inhibition by Val-tRFs.
履歴
登録2023年9月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月10日-
マップ公開2024年4月10日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37604.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37604.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.087 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.225
最小 - 最大-0.5707844 - 1.31463
平均 (標準偏差)0.015604357 (±0.070120014)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 326.1 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_37604_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_37604_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Sulfolobus acidocaldarius ribosome

全体名称: Sulfolobus acidocaldarius ribosome
要素
  • 複合体: Sulfolobus acidocaldarius ribosome
    • RNA: RNA (25-MER)
    • RNA: RNA (1328-MER)
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S2
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS8
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S24eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S27eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3Aeリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14 type Zリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S27aeリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S28eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L7Aeリボソーム
  • リガンド: UNKNOWN

+
超分子 #1: Sulfolobus acidocaldarius ribosome

超分子名称: Sulfolobus acidocaldarius ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
含まれる分子: #2, #1, #3-#8, #28, #9-#24, #27, #25-#26
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)

+
分子 #1: RNA (1328-MER)

分子名称: RNA (1328-MER) / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 486.920531 KDa
配列文字列: CGCCCCGAUU CCGGUUGAUC CUGCCGGACC CGACCGCUAU CGGGGUAGGG AUAAGCCAUG GGAGUCUUAC ACUCCCGGGU AAGGGAGUG UGGCGGACGG CUGAGUAACA CGUGGCUAAC CUACCCUCGG GACGGGGAUA ACCCCGGGAA ACUGGGGAUA A UCCCCGAU ...文字列:
CGCCCCGAUU CCGGUUGAUC CUGCCGGACC CGACCGCUAU CGGGGUAGGG AUAAGCCAUG GGAGUCUUAC ACUCCCGGGU AAGGGAGUG UGGCGGACGG CUGAGUAACA CGUGGCUAAC CUACCCUCGG GACGGGGAUA ACCCCGGGAA ACUGGGGAUA A UCCCCGAU AGGGAAGGAG UCCUGGAAUG GUUCCUUCCC UAAAGGGCUA UAGGCUAUUU CCCGUUUGUA GCCGCCCGAG GA UGGGGCU ACGGCCCAUC AGGCUGUCGG UGGGGUAAAG GCCCACCGAA CCUAUAACGG GUAGGGGCCG UGGAAGCGGG AGC CUCCAG UUGGGCACUG AGACAAGGGC CCAGGCCCUA CGGGGCGCAC CAGGCGCGAA ACGUCCCCAA UGCGCGAAAG CGUG AGGGC GCUACCCCGA GUGCCUCCGC AAGGAGGCUU UUCCCCGCUC UAAAAAGGCG GGGGAAUAAG CGGGGGGCAA GUCUG GUGU CAGCCGCCGC GGUAAUACCA GCUCCGCGAG UGGUCGGGGU GAUUACUGGG CCUAAAGCGC CUGUAGCCGG CCCACC AAG UCGCCCCUUA AAGUCCCCGG CUCAACCGGG GAACUGGGGG CGAUACUGGU GGGCUAGGGG GCGGGAGAGG CGGGGGG UA CUCCCGGAGU AGGGGCGAAA UCCUUAGAUA CCGGGAGGAC CACCAGUGGC GGAAGCGCCC CGCUAGAACG CGCCCGAC G GUGAGAGGCG AAAGCCGGGG CAGCAAACGG GAUUAGAUAC CCCGGUAGUC CCGGCUGUAA ACGAUGCGGG CUAGGUGUC GAGUAGGCUU AGAGCCUACU CGGUGCCGCA GGGAAGCCGU UAAGCCCGCC GCCUGGGGAG UACGGUCGCA AGACUGAAAC UUAAAGGAA UUGGCGGGGG AGCACCACAA GGGGUGGAAC CUGCGGCUCA AUUGGAGUCA ACGCCUGGAA UCUUACCGGG G GAGACCGC AGUAUGACGG CCAGGCUAAC GACCUUGCCU GACUCGCGGA GAGGAGGUGC AUGGCCGUCG CCAGCUCGUG UU GUGAAAU GUCCGGUUAA GUCCGGCAAC GAGCGAGACC CCCACCCCUA GUUGGUAUUC UGGACUCCGG UCCAGAACCA CAC UAGGGG GACUGCCGGC GUAAGCCGGA GGAAGGAGGG GGCCACGGCA GGUCAGCAUG CCCCGAAACC CGGGCCGCAC GCGG GUUAC AAUGGCAGGG ACAACGGGAU GCUACCUCGA AAGGGGGAGC CAAUCCUUAA ACCCUGCCGC AGUUGGGAUC GAGGG CUGA AACCCGCCCU CGUGAACGAG GAAUCCCUAG UAACCGCGGG UCAACAACCC GCGGUGAAUA CGUCCCUGCU CCUUGC ACA CACCGCCCGU CGCUCCACCC GAGCGAGAAA GGGGUGAGGU CCCUUGCGAU AAGUGGGGGA UCGAACUCCU UUCCCGC GA GGGGGGAGAA GUCGUAACAA GGUAGCCGUA GGGGAACCUG CGGCUGGAUC ACCUCAUAU

GENBANK: GENBANK: CP046615.1

+
分子 #2: RNA (25-MER)

分子名称: RNA (25-MER) / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 8.411946 KDa
配列文字列:
GGGUUGGUGG UCUAGUCUGG UUAUGA

+
分子 #3: 30S ribosomal protein S2

分子名称: 30S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 22.474012 KDa
組換発現生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
配列文字列: ELLVPLDTYL SAGVHIGTHT CTRYMERFIY RVRPEGLYVL DVRKIDERLR VAAKFISRFR PEAVLTVASR PYAFTPVQKF SEVVRGKEI SGRFPPGTLT NPYLDNYIEP EVLIVTDPRT DLQAIKEASK VGIPIVAFTD TDARVDFIDV IIPANNKGRK S LALLYWVL ...文字列:
ELLVPLDTYL SAGVHIGTHT CTRYMERFIY RVRPEGLYVL DVRKIDERLR VAAKFISRFR PEAVLTVASR PYAFTPVQKF SEVVRGKEI SGRFPPGTLT NPYLDNYIEP EVLIVTDPRT DLQAIKEASK VGIPIVAFTD TDARVDFIDV IIPANNKGRK S LALLYWVL ARQILRERKE IPLDGDIPLR VEDFETRL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2

+
分子 #4: 30S ribosomal protein S4e

分子名称: 30S ribosomal protein S4e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 27.339988 KDa
組換発現生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
配列文字列: VHITRFEAPW FLKVGKKEYK WIIRSRAGPH KIQESVPLAI LLKYYLKAVD TTREAKRIIF DGKVLVDGKV RRDYKYPVGL MDVVEIPSA DLRVRIIPDN VRYLTTINIS REDAKYKFVR IMNKTTLKSG VLQLNLEDGR NILLKGEELS QYNLPTLTTL K IELPEQKI ...文字列:
VHITRFEAPW FLKVGKKEYK WIIRSRAGPH KIQESVPLAI LLKYYLKAVD TTREAKRIIF DGKVLVDGKV RRDYKYPVGL MDVVEIPSA DLRVRIIPDN VRYLTTINIS REDAKYKFVR IMNKTTLKSG VLQLNLEDGR NILLKGEELS QYNLPTLTTL K IELPEQKI TTAYTIKEGV YAMIIGGRNA GLHGKISKIQ LAKYKRIKYS LVTLEGKDGS TFQTNLINVM AIGENEADSN LG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS4

+
分子 #5: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 19.440623 KDa
組換発現生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
配列文字列:
DPRKSKKKWM GPSHPWIKIN LGKEQILIGK YGLRNKKEIW IAQTMIRNFR HQARSLLALP PAERNIREKQ LIQKLYRMGI LEKDNSTLD DILSLTEENY LERRLQTIVY KKGLARTIYQ ARQLITHGHI AISGRKVTSP GYVVLRGEED LIDYYPTSPF K QNPPSQ

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4

+
分子 #6: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 22.782686 KDa
組換発現生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
配列文字列: EDWKPRTKVG QLIKEGKINS MKELFERNLP IVEPEIVDVL LPKLRYDIVD IGIVQKQTDA GELSRYKVLI VMGNMDGYIS YGTGKAKQL RVAIQKAIRD AKMRIIPVRR GCGSWECTCG ESHSLPFIVS GKAGSVEVTL LPAPKGTGLV VGSVLKTFLS L AGLKDVWS ...文字列:
EDWKPRTKVG QLIKEGKINS MKELFERNLP IVEPEIVDVL LPKLRYDIVD IGIVQKQTDA GELSRYKVLI VMGNMDGYIS YGTGKAKQL RVAIQKAIRD AKMRIIPVRR GCGSWECTCG ESHSLPFIVS GKAGSVEVTL LPAPKGTGLV VGSVLKTFLS L AGLKDVWS RTKGSTYTHE NFIKAAYIAL YNTYRFVTPV DWGRMK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #7: 30S ribosomal protein S6e

分子名称: 30S ribosomal protein S6e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 11.479355 KDa
組換発現生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
配列文字列:
ALAYRTRAFQ LSLDQSKLPN LVGTKIGDVI DINVSGVNLK LKITGGSDNS GFSMRFDVGG GAKRKILVSG PPGYYPKEDG LRRKRTVRG NMITPEIVQI NTIMIR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS6

+
分子 #8: 30S ribosomal protein S8e

分子名称: 30S ribosomal protein S8e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 14.113179 KDa
組換発現生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
配列文字列:
SYYQGNDSRK ITGGQKGKNR DKRKYELGSP PTETKISDKD IKEKDRVAGG NFKLRLRYAS YANVYDPQSK TAKKVKIISV LESPANREY ARRGIIVKGT LIQTELGKAK VTSRPGQDGI INALLLR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS8

+
分子 #9: 30S ribosomal protein S11

分子名称: 30S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 13.652649 KDa
組換発現生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
配列文字列:
REIRWGNARI YASQNNTIIT ITDITGAEII SKASGGMVVK ADREKPSPYA AMLAANKAAN DAFDKGISAI HIKVRAQGGY GSKTPGPGA QPAIRALARA GFIIGRIEDV TPLPHDTIRR PGGRRGRRV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11

+
分子 #10: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 15.703551 KDa
組換発現生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
配列文字列:
GSKSPKGLFA ARKLRLKRLK FSWSQRSFKR RMLALKEKFD PLEGAPMARG IVLEKVGIES RQPNSAVRKA VRVQLVKNGR IVTAFVPGD GGVNFIDEHD EVVIAGIGGT LGRSMGDLPG VRYKVVMVNG VSLDALYKGK KQKP

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12

+
分子 #11: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 17.438426 KDa
組換発現生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
配列文字列:
MNKKRAKGNS HSIRPVRSGP PKWVRFTREE VELLVEELAK RGYPPSMIGM VLRDQYGVPL VKQITGRKLT AILQDRNMKP KIPEDLFNL MRRAVNIRRH LFEYPKDKSA KRGLEEVESK IRRLASYYKE TGKLPQEWSY DPAKAELLVT

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #12: 30S ribosomal protein S17

分子名称: 30S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 12.602619 KDa
組換発現生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
配列文字列:
KKGQLVKNVG IEGVSAPSKT CDDEYCPYHG SLKVRGIVLE GKLIRARANR TGTVEREYIF YDSKYKRYER RRSRIHVHIP SCLEVKEGD NVIIGESRPI AKSISFVILG VK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17

+
分子 #13: 30S ribosomal protein S24e

分子名称: 30S ribosomal protein S24e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 10.765213 KDa
組換発現生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
配列文字列:
VSDKVEGIVE RDIQNNVANR RELYIKLFHI GSGTPSRKEL VKAIASTFST AEDLVVVKKV FTNYGSGISY ARVNVYKDKD SLQKLEPQY LIGRDTG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS24

+
分子 #14: 30S ribosomal protein S27e

分子名称: 30S ribosomal protein S27e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 6.576969 KDa
組換発現生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
配列文字列:
MKAKFKILIP EPKSKFIRVK CRQCNNEQVI FSNATFPVRC LSCGAQIVIP KGGKAKIEG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS27

+
分子 #15: 30S ribosomal protein S3Ae

分子名称: 30S ribosomal protein S3Ae / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 21.876621 KDa
組換発現生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
配列文字列: IRDKWKLKKW YVITAPKVFG EALLGSTPAY DINKALSRKI EVTLYDLTGD YNLVYIHLYF KILGNISGDK LSTIFYGHEL SRDYIRSLV RRKSSKINAV VDVTTKDGYM LRVKGLVLTT YRAHISQKTA IRKVISDITR KKAEESDFDQ FVQDVIFGKL S NDIFQEAK ...文字列:
IRDKWKLKKW YVITAPKVFG EALLGSTPAY DINKALSRKI EVTLYDLTGD YNLVYIHLYF KILGNISGDK LSTIFYGHEL SRDYIRSLV RRKSSKINAV VDVTTKDGYM LRVKGLVLTT YRAHISQKTA IRKVISDITR KKAEESDFDQ FVQDVIFGKL S NDIFQEAK KIYPLRKVEI EKTKLLKAPK V

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS1

+
分子 #16: 30S ribosomal protein S3

分子名称: 30S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 22.396506 KDa
組換発現生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
配列文字列: VLIKRHFLQK AAIKVMVDEY LAKQFYNAEY AGVEIVKTPI GTRVIIYAGR PPLIIGKGGK TIKQLAQVLE KFFGLENPQI TVTAAENPE LNARVMAFRL AIALEKGYHF RRAAFITIRR IMSSGAVGAE VIVSGKLTSE RAKYEKLKEG TVYKSGQQLE K IIDRAIGI ...文字列:
VLIKRHFLQK AAIKVMVDEY LAKQFYNAEY AGVEIVKTPI GTRVIIYAGR PPLIIGKGGK TIKQLAQVLE KFFGLENPQI TVTAAENPE LNARVMAFRL AIALEKGYHF RRAAFITIRR IMSSGAVGAE VIVSGKLTSE RAKYEKLKEG TVYKSGQQLE K IIDRAIGI AMLKPGVYGV EVVITKPTRS IDKIELKEKV EKT

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3

+
分子 #17: 30S ribosomal protein S7

分子名称: 30S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 21.86232 KDa
組換発現生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
配列文字列: ENIEVSNLNV KVFGKWDTKV EVRDPSLKKY IDLMSIYLPH TGGRHEHRRF GKSRIPIVER LINNLMRPGR NKGKKMLAYN IVKTTFDII AVKTGQNPIQ VLVRAIENAA PREEVTRIMY GGIVYYVAVD VAPQRRVDLA LRHLVTGASE ASFNNPKPIE E ALAEEIIA ...文字列:
ENIEVSNLNV KVFGKWDTKV EVRDPSLKKY IDLMSIYLPH TGGRHEHRRF GKSRIPIVER LINNLMRPGR NKGKKMLAYN IVKTTFDII AVKTGQNPIQ VLVRAIENAA PREEVTRIMY GGIVYYVAVD VAPQRRVDLA LRHLVTGASE ASFNNPKPIE E ALAEEIIA AANNDNKSVA IRKKEEIERI ALSSR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7

+
分子 #18: 30S ribosomal protein S9

分子名称: 30S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 15.638136 KDa
組換発現生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
配列文字列:
QAEQNFMITY ARRKSARASC YIKPGNGKVF VNDIPIEIIP IEVVRYKIME PLVLAGDKIT SSIEARIYTQ GGGIMGQADA ARMALARAL VKFTNSKELV EIYKSYDRTM LAGDPRQTES EKWMRYSARR WRQKAYR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9

+
分子 #19: 30S ribosomal protein S10

分子名称: 30S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 11.775886 KDa
組換発現生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
配列文字列:
TKARIRLWSS NIDSLNFVVN QIRNMAQKTG IQVSGPIPLP TTRMEVPVMR LPHGEGKKKW EHWEMKVHKR IIDIAADERV MRQLMRVRV PDDVYIEIEL I

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10

+
分子 #20: 30S ribosomal protein S13

分子名称: 30S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 17.140783 KDa
組換発現生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
配列文字列:
QQQFKYIVRL FGQDVDGTMK LPYALAMIKG IGYNTAMIII RKLNLDKDKR LGEISDEDIK KIENLLNNKI IPESPNWIYN RQKDYESGA DMHLVTSDLI FYVRNDIERE RRSRSWRGVR HSLGLKVRGQ RTRTTGRTGA TIGVRRAK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS13

+
分子 #21: 30S ribosomal protein S14 type Z

分子名称: 30S ribosomal protein S14 type Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 6.190371 KDa
組換発現生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
配列文字列:
KYKPPAERRF GKGVQLCKRC GSRDSVIQKY GLYLCRQCFR EVAYPMGFRK TR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14

+
分子 #22: 30S ribosomal protein S17e

分子名称: 30S ribosomal protein S17e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 7.336366 KDa
組換発現生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
配列文字列:
GNVYTKDIKR VARELYDKFK DQASDKYDDN KKLVDEYVNV SSKKVKNRIA GYLTRYVKIS KN

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS17

+
分子 #23: 30S ribosomal protein S19e

分子名称: 30S ribosomal protein S19e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 17.55966 KDa
組換発現生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
配列文字列:
TVQMVPADIL IPKLAEYLKN NVKELNPPNW VYFAKTASFK ERVPDDIENW WYIRAASLLR HLYIYKEPIG LQKTRKLYSG SKRRGTKPP RSVKAPTHSI RTILQQLEKA GLVTKTRRGR ILSPKGRSLL DKLAYEMFKE LAEKKQDLKK Y

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS19

+
分子 #24: 30S ribosomal protein S19

分子名称: 30S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 13.800354 KDa
組換発現生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
配列文字列:
WKKFRYRGKS LEDLLNMPMD EFIKLLPSRQ RRSLKRGFSD KQRRLLEKIR KISREGKQNK VIKTHVRNMV ILPEMVGLRF AVYNGKEFV EFQVVPEMIG RYLGEYSITT KKVEHG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS19

+
分子 #25: 30S ribosomal protein S28e

分子名称: 30S ribosomal protein S28e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 7.094255 KDa
組換発現生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
配列文字列:
GFPAEVIQIL DRTGVTGEVT QVRVRVLEGR DKGRILTRNV KGPVRLGDIL ILRETEREAR KLS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS28

+
分子 #26: 50S ribosomal protein L7Ae

分子名称: 50S ribosomal protein L7Ae / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 13.351481 KDa
組換発現生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
配列文字列:
PSYVKFEVPQ ELADKVLEAV KKAKDSGKIK KGTNETTKAV ERSQAKLVVI AEDVQPEEIV AHLPLLCEEK KIPYVYVPSK KSLGEACGL QVAAASVALM DPGEAKDLVD EIVKRVNEIK GKSS

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL8

+
分子 #27: 30S ribosomal protein S27ae

分子名称: 30S ribosomal protein S27ae / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 6.261392 KDa
組換発現生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
配列文字列:
QSKAVVRTYY EVEQDSIKLK NKKCPRCGSI MAHHMKPLER WACGKCGYTE FIGK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS31

+
分子 #28: Small ribosomal subunit protein uS8

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 14.624191 KDa
組換発現生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
配列文字列:
INPLANALAT LYNNEMRRNK QALITPASKL IISVLRVMQK EGYIGEFEYI DDGRAGKIIV QLLGRINKCG PISPRYPLDY NGLLRLPDY IRKYLPSKEI GIIIISTPKG VMSHRDGIRE KIGGVTLGYV Y

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8

+
分子 #29: UNKNOWN

分子名称: UNKNOWN / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 57 / 式: UNK
分子量理論値: 103.12 Da
Chemical component information

ChemComp-UNK:
UNKNOWN / (S)-2-アミノ酪酸

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態2D array

-
試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 26.7 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4v67

初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.62 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 5357

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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