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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3683 | |||||||||
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タイトル | Structure of a pre-catalytic spliceosome (B2 map) | |||||||||
マップデータ | unsharpened B2 map | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Sm-like protein family complex / spliceosomal conformational changes to generate catalytic conformation / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / snoRNA splicing / maturation of 5S rRNA / snoRNA guided rRNA 2'-O-methylation / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA ...Sm-like protein family complex / spliceosomal conformational changes to generate catalytic conformation / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / snoRNA splicing / maturation of 5S rRNA / snoRNA guided rRNA 2'-O-methylation / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / splicing factor binding / U4/U6 snRNP / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / 7-methylguanosine cap hypermethylation / snRNP binding / P-body assembly / pICln-Sm protein complex / small nuclear ribonucleoprotein complex / U4 snRNA binding / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / box C/D methylation guide snoRNP complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / poly(U) RNA binding / U2-type spliceosomal complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / commitment complex / U2-type prespliceosome assembly / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U4 snRNP / U2 snRNP / U3 snoRNA binding / U1 snRNP / tRNA processing / U2-type prespliceosome / precatalytic spliceosome / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / spliceosomal complex assembly / mRNA 5'-splice site recognition / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / mRNA 3'-splice site recognition / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / cellular response to glucose starvation / spliceosomal snRNP assembly / pre-mRNA intronic binding / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / P-body / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / rRNA processing / metallopeptidase activity / nucleic acid binding / RNA helicase activity / RNA helicase / response to xenobiotic stimulus / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / nucleolus / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Baker's yeast (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Plaschka C / Lin P-C / Nagai K | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2017 タイトル: Structure of a pre-catalytic spliceosome. 著者: Clemens Plaschka / Pei-Chun Lin / Kiyoshi Nagai / 要旨: Intron removal requires assembly of the spliceosome on precursor mRNA (pre-mRNA) and extensive remodelling to form the spliceosome's catalytic centre. Here we report the cryo-electron microscopy ...Intron removal requires assembly of the spliceosome on precursor mRNA (pre-mRNA) and extensive remodelling to form the spliceosome's catalytic centre. Here we report the cryo-electron microscopy structure of the yeast Saccharomyces cerevisiae pre-catalytic B complex spliceosome at near-atomic resolution. The mobile U2 small nuclear ribonucleoprotein particle (snRNP) associates with U4/U6.U5 tri-snRNP through the U2/U6 helix II and an interface between U4/U6 di-snRNP and the U2 snRNP SF3b-containing domain, which also transiently contacts the helicase Brr2. The 3' region of the U2 snRNP is flexibly attached to the SF3b-containing domain and protrudes over the concave surface of tri-snRNP, where the U1 snRNP may reside before its release from the pre-mRNA 5' splice site. The U6 ACAGAGA sequence forms a hairpin that weakly tethers the 5' splice site. The B complex proteins Prp38, Snu23 and Spp381 bind the Prp8 N-terminal domain and stabilize U6 ACAGAGA stem-pre-mRNA and Brr2-U4 small nuclear RNA interactions. These results provide important insights into the events leading to active site formation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3683.map.gz | 392 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3683-v30.xml emd-3683.xml | 71.5 KB 71.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3683.png | 45.8 KB | ||
その他 | emd_3683_additional.map.gz | 394 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3683 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3683 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3683_validation.pdf.gz | 556.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3683_full_validation.pdf.gz | 556 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3683_validation.xml.gz | 7.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_3683_validation.cif.gz | 8.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3683 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3683 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5nrlMC 3682C 3684C 3685C 3686C 3687C 3688C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10180 (タイトル: Structure of a pre-catalytic spliceosome / Data size: 126.5 Data #1: Polished parcitles [picked particles - single frame - processed]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3683.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | unsharpened B2 map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.43 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: sharpened B2 map
ファイル | emd_3683_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | sharpened B2 map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Pre-catalytic B complex Spliceosome
+超分子 #1: Pre-catalytic B complex Spliceosome
+分子 #1: U2 snRNA
+分子 #3: U4 snRNA
+分子 #4: U5 snRNA
+分子 #5: U6 snRNA
+分子 #16: Yeast UBC4 gene for ubiquitin-conjugating enzyme
+分子 #2: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
+分子 #6: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7
+分子 #7: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8
+分子 #8: Pre-mRNA-splicing factor 8
+分子 #9: Pre-mRNA-splicing helicase BRR2
+分子 #10: Pre-mRNA-splicing factor SNU114
+分子 #11: Spliceosomal protein DIB1
+分子 #12: 66 kDa U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component
+分子 #13: Pre-mRNA-processing factor 31
+分子 #14: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3
+分子 #15: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4
+分子 #17: Pre-mRNA-splicing factor 6
+分子 #18: 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein
+分子 #19: 23 kDa U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component
+分子 #20: Pre-mRNA-splicing factor 38
+分子 #21: Pre-mRNA-splicing factor SPP381
+分子 #22: U2 snRNP component HSH155
+分子 #23: Pre-mRNA-splicing factor RSE1
+分子 #24: Cold sensitive U2 snRNA suppressor 1
+分子 #25: Protein HSH49
+分子 #26: Pre-mRNA-splicing factor RDS3
+分子 #27: Pre-mRNA-splicing factor PRP9
+分子 #28: Pre-mRNA-splicing factor PRP11
+分子 #29: Pre-mRNA-splicing factor PRP21
+分子 #30: U2 small nuclear ribonucleoprotein A'
+分子 #31: Unknown
+分子 #32: U2 small nuclear ribonucleoprotein B''
+分子 #33: RDS3 complex subunit 10
+分子 #34: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2
+分子 #35: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
+分子 #36: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
+分子 #37: Small nuclear ribonucleoprotein E
+分子 #38: Small nuclear ribonucleoprotein F
+分子 #39: Small nuclear ribonucleoprotein G
+分子 #40: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
+分子 #41: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
+分子 #42: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4
+分子 #43: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5
+分子 #44: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6
+分子 #45: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
+分子 #46: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.5 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.9 構成要素:
詳細: Buffer pH: HEPES, 7.9; EDTA, 8.0 | ||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III 詳細: Grids were glow-discharged for 15 s before deposition of 3 microliter sample (~1.5 mg mL-1), and subsequently incubated for 2-3.5 s before blotting and vitrification by plunging into liquid ...詳細: Grids were glow-discharged for 15 s before deposition of 3 microliter sample (~1.5 mg mL-1), and subsequently incubated for 2-3.5 s before blotting and vitrification by plunging into liquid ethane with a Vitrobot Mark III (FEI) operated at 4 degrees Celsius and 100% humidity.. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-20 / 実像数: 5115 / 平均露光時間: 16.0 sec. / 平均電子線量: 56.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 5.3 µm 最小 デフォーカス(補正後): 0.35000000000000003 µm 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / 温度因子: 170 |
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得られたモデル | PDB-5nrl: |