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万見
- EMDB-36463: Portal-tail complex of phage GP4 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36463
タイトルPortal-tail complex of phage GP4
マップデータportal tail complex of phage GP4
試料
  • ウイルス: Ralstonia phage GP4 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Portal protein
    • タンパク質・ペプチド: Putative tail fiber protein
    • タンパク質・ペプチド: Virion associated protein
    • タンパク質・ペプチド: Virion-associated phage protein
    • タンパク質・ペプチド: gp81 of phage GP4
キーワードComplex / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Protein of unknown function DUF6682 / Family of unknown function (DUF6682) / Chaperone of endosialidase / Intramolecular chaperone auto-processing domain / Intramolecular chaperone auto-processing (ICA) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Portal protein / Virion-associated phage protein / Putative tail fiber protein / Uncharacterized protein / Virion associated protein
類似検索 - 構成要素
生物種Ralstonia phage GP4 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Liu H / Chen W
資金援助 中国, 4件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)12034006 中国
National Science Foundation (NSF, China)32071209 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971122 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32200994 中国
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Asymmetric Structure of Podophage GP4 Reveals a Novel Architecture of Three Types of Tail Fibers.
著者: Jing Zheng / Wenyuan Chen / Hao Xiao / Fan Yang / Jingdong Song / Lingpeng Cheng / Hongrong Liu /
要旨: Bacteriophage tail fibers (or called tail spikes) play a critical role in the early stage of infection by binding to the bacterial surface. Podophages with known structures usually possess one or two ...Bacteriophage tail fibers (or called tail spikes) play a critical role in the early stage of infection by binding to the bacterial surface. Podophages with known structures usually possess one or two types of fibers. Here, we resolved an asymmetric structure of the podophage GP4 to near-atomic resolution by cryo-EM. Our structure revealed a symmetry-mismatch relationship between the components of the GP4 tail with previously unseen topologies. In detail, two dodecameric adaptors (adaptors I and II), a hexameric nozzle, and a tail needle form a conserved tail body connected to a dodecameric portal occupying a unique vertex of the icosahedral head. However, five chain-like extended fibers (fiber I) and five tulip-like short fibers (fiber II) are anchored to a 15-fold symmetric fiber-tail adaptor, encircling the adaptor I, and six bamboo-like trimeric fibers (fiber III) are connected to the nozzle. Five fibers I, each composed of five dimers of the protein gp80 linked by an elongated rope protein, are attached to the five edges of the tail vertex of the icosahedral head. In this study, we identified a new structure of the podophage with three types of tail fibers, and such phages with different types of fibers may have a broad host range and/or infect host cells with considerably high efficiency, providing evolutionary advantages in harsh environments.
履歴
登録2023年6月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月1日-
マップ公開2023年11月1日-
更新2023年11月1日-
現状2023年11月1日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36463.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36463.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈portal tail complex of phage GP4
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.27 Å
密度
表面レベル登録者による: 3.0
最小 - 最大-13.8104105 - 31.900856000000001
平均 (標準偏差)-0.00037615976 (±1.6495419)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 508.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map1

ファイルemd_36463_half_map_1.map
注釈half map1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map2

ファイルemd_36463_half_map_2.map
注釈half map2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ralstonia phage GP4

全体名称: Ralstonia phage GP4 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Ralstonia phage GP4 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Portal protein
    • タンパク質・ペプチド: Putative tail fiber protein
    • タンパク質・ペプチド: Virion associated protein
    • タンパク質・ペプチド: Virion-associated phage protein
    • タンパク質・ペプチド: gp81 of phage GP4

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超分子 #1: Ralstonia phage GP4

超分子名称: Ralstonia phage GP4 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2282904 / 生物種: Ralstonia phage GP4 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Portal protein

分子名称: Portal protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ralstonia phage GP4 (ファージ)
分子量理論値: 87.929188 KDa
配列文字列: MFDLRDDQNT RVIADHPEAR MPTEEPGKDD APPSHPLDSE EMKELHRRLR SYLHQELDRQ AENRFQMAVD EDYYDSIQWT EADAQVLKE RGQAPLVFNV IAQSVNWIIG SEKRGRTDFN ILPRKKADAK PAEAKTKLLK YLSDVNRLPF HRSRSFEDTV K VGLGWIED ...文字列:
MFDLRDDQNT RVIADHPEAR MPTEEPGKDD APPSHPLDSE EMKELHRRLR SYLHQELDRQ AENRFQMAVD EDYYDSIQWT EADAQVLKE RGQAPLVFNV IAQSVNWIIG SEKRGRTDFN ILPRKKADAK PAEAKTKLLK YLSDVNRLPF HRSRSFEDTV K VGLGWIED SYDDSTDGEP IYSRYESWRN VIFDSASTEL DGTDMRYIFR PKWLDVDVAC ALVPDRADEI KKAAVAAERY GN YSEEDGD EAMDWAEFDR DTYSQSRTVS THKRQRVRLI ECWYRKPMRA TKFLSGDLRG ETLDESNPAH VEARDSGLYS LGE RITMRV RVAIFTSRDL LFEGASPFRH NRFSLTPIWG FRRGRDNLPY GVIRWMRDIQ DDINKRASKA LYILSSNKVV MDEG AVEDI EEFREEVARP DAVLVKKPGK QIELNVDREL AAAHMDMMSR DIQMLQQVGG VTDELMGRST NAVSGVAIQA RQEQG TVAT NKLFDNLRFA VQMQGEIQLS LIEQFVTEEK TFRITNERGK ADFITVNDGL PENDIVRTKA DFIIGESDWR ATYRQA ASE QLSQMIMKMP PQVGLVMLDL WADSTDLPNR DEIVKRIRQI NGMRDPDATE PTPEELQQQQ AAAEQAQAQK AMFMAEL SE KQGKADKAQA DAVAAQANAD LRAAQAEQVR RQTVNTNVTS IAAAMEAATA IVTMPTIAKV GDAVLVEAGY ENNGIAPA G GLHTPAPQQA VNPAAQGLPP QQPQPQQPQE PAVSPSPEQL NGAAPSNTGE PVTPDQTLQQ

UniProtKB: Portal protein

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分子 #2: Putative tail fiber protein

分子名称: Putative tail fiber protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ralstonia phage GP4 (ファージ)
分子量理論値: 45.894781 KDa
配列文字列: MAAVQFANNA ASRLVGPLAP SGTSLTVTPG DGALFPTLGA GDWFMATLIR SDGAREIVKV TSRTVDAMSI TRAQEGSSAL SFNPNDRIE ARLTAGELGD FRDGIASAQS AASAAQGTAD GKISKAGDTM TGNLNMEGAA PIITFRETDQ AAPAGRWRLV A DGGNWSLR ...文字列:
MAAVQFANNA ASRLVGPLAP SGTSLTVTPG DGALFPTLGA GDWFMATLIR SDGAREIVKV TSRTVDAMSI TRAQEGSSAL SFNPNDRIE ARLTAGELGD FRDGIASAQS AASAAQGTAD GKISKAGDTM TGNLNMEGAA PIITFRETDQ AAPAGRWRLV A DGGNWSLR RSTAGEFASE NSTMWFGPDD SVHFLNDILI GRGNLGSVYD ALASKATSAA LASGLSAKPD ADGVSVTGFV NG NFYEPYF RKSSDNTVRR LVANTSANGI ALSWSGSFLS RTIDNTATAT IWDTANAPGA GTTNLDKTFY CGDGTRIGRS WVP GSGFLS ITVDGTNYGI SISASDERLK REIAPSEASA LSKLGRIELF SFRYKEGNAF LDPSQHHDIG FIAQQLASVD PTFV AGGGE TMLSPNLQPI VATLVKAVQE LRSQVDALKA QVGA

UniProtKB: Putative tail fiber protein

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分子 #3: Virion associated protein

分子名称: Virion associated protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ralstonia phage GP4 (ファージ)
分子量理論値: 23.545262 KDa
配列文字列: MAFPASVVLS RAATLLQDED HERWTVDELL EWLTDGTREI VVRKPSAYMK TTTAALVAGS KQALPEDAIQ LIDVPRNLKT DGSPGRAVT ATDRRLLDTE NPDWHSMKPA GQIRHYTYDS NVPTVFYTYP PAAAGVQVEL VCAWRHPALT TQNDVVQMGA E FVSALVSW ...文字列:
MAFPASVVLS RAATLLQDED HERWTVDELL EWLTDGTREI VVRKPSAYMK TTTAALVAGS KQALPEDAIQ LIDVPRNLKT DGSPGRAVT ATDRRLLDTE NPDWHSMKPA GQIRHYTYDS NVPTVFYTYP PAAAGVQVEL VCAWRHPALT TQNDVVQMGA E FVSALVSW CLYRASSKDS EFANGAVAAA HYSAFSDALG AQATGTPTTQ AAAAAAAAGA AQ

UniProtKB: Virion associated protein

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分子 #4: Virion-associated phage protein

分子名称: Virion-associated phage protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ralstonia phage GP4 (ファージ)
分子量理論値: 62.764598 KDa
配列文字列: MTTLKLTAYS GEVPRTLPRL LPDTASQRAL NVRLDNGGLT PTRQPRFEAN ISVDNAKTIY KHNGAWLAWQ NVVHAAPGPV AQDRLYYMG DGKPKMIVDG TTYDLAVPMP TAAPALTVTG TGTGNVTSIA YVYTFVTAFG EESEPSALSN VAGWQSGQTR T LTGIQAPP ...文字列:
MTTLKLTAYS GEVPRTLPRL LPDTASQRAL NVRLDNGGLT PTRQPRFEAN ISVDNAKTIY KHNGAWLAWQ NVVHAAPGPV AQDRLYYMG DGKPKMIVDG TTYDLAVPMP TAAPALTVTG TGTGNVTSIA YVYTFVTAFG EESEPSALSN VAGWQSGQTR T LTGIQAPP AGRNITKQRF YRSQTGSGGT DLFFIEERAA SAANFVDTHA TNDFGEMLPS LEYNAPPDGL KGLISLPNGM MA AFTGKDL YFCEPFIPHA WPEKYILTMD YQIVALGAYG TTIVVMTEGL PYIVSGTAPE NMQQQRVELN LPCINARGVI DLG YSVAYP SHDGLVMAGS NGMQVITEQL MTRNDWMKTG PGNIVGGQFN GRYFASYEYI EPSGAAFSGT LIFDTTGAAP FIIR SNHKA DAFFHELQTG ALYFLVGKEI FEWDALGQVN ETLSWRSKQF VLPMPTNFGA ILIEGSTAAS EEEQAAYDAE RQRIE VENA TNFALPSIGG EMNGAEVNLF AVNGDMMQRL PAEGFVSVSI YADGKLVKTV SKMNRMARLP SGFLARIWEI EVNSNI NIS DIVLATTGQE LRNV

UniProtKB: Virion-associated phage protein

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分子 #5: gp81 of phage GP4

分子名称: gp81 of phage GP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ralstonia phage GP4 (ファージ)
分子量理論値: 23.197357 KDa
配列文字列: MKPLDVFMPI IHRFAPGCPE PTAFAAIREA AIKFCERTRL WRCDDEFNVG ADECAEVAVP YGAALYEMEL VQFNGRNMRP VSTQWLDEQ VPDWRTTTQS GQAQYVTQQS EDTLTFVPAE AGSVRVYGLL KPTLDADSLP DLLADTYRKT IADGALSELL I IPGKAWMS ...文字列:
MKPLDVFMPI IHRFAPGCPE PTAFAAIREA AIKFCERTRL WRCDDEFNVG ADECAEVAVP YGAALYEMEL VQFNGRNMRP VSTQWLDEQ VPDWRTTTQS GQAQYVTQQS EDTLTFVPAE AGSVRVYGLL KPTLDADSLP DLLADTYRKT IADGALSELL I IPGKAWMS ADLAVFFGTR FDRELDRLST KTIKGQQRAP VRTRAQFF

UniProtKB: Uncharacterized protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 35.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 3.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.1 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 39883
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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