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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3638 | |||||||||
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タイトル | 100S disome from Staphylococcus aureus (Tight conformation) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Khusainov I / Vicens Q / Ayupov R / Usachev K / Myasnikov A / Simonetti A / Validov S / Kieffer B / Yusupova G / Yusupov M / Hashem Y | |||||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2017 タイトル: Structures and dynamics of hibernating ribosomes from mediated by intermolecular interactions of HPF. 著者: Iskander Khusainov / Quentin Vicens / Rustam Ayupov / Konstantin Usachev / Alexander Myasnikov / Angelita Simonetti / Shamil Validov / Bruno Kieffer / Gulnara Yusupova / Marat Yusupov / Yaser Hashem / 要旨: In bacteria, ribosomal hibernation shuts down translation as a response to stress, through reversible binding of stress-induced proteins to ribosomes. This process typically involves the formation of ...In bacteria, ribosomal hibernation shuts down translation as a response to stress, through reversible binding of stress-induced proteins to ribosomes. This process typically involves the formation of 100S ribosome dimers. Here, we present the structures of hibernating ribosomes from human pathogen containing a long variant of the hibernation-promoting factor (SaHPF) that we solved using cryo-electron microscopy. Our reconstructions reveal that the N-terminal domain (NTD) of SaHPF binds to the 30S subunit as observed for shorter variants of HPF in other species. The C-terminal domain (CTD) of SaHPF protrudes out of each ribosome in order to mediate dimerization. Using NMR, we characterized the interactions at the CTD-dimer interface. Secondary interactions are provided by helix 26 of the 16S ribosomal RNA We also show that ribosomes in the 100S particle adopt both rotated and unrotated conformations. Overall, our work illustrates a specific mode of ribosome dimerization by long HPF, a finding that may help improve the selectivity of antimicrobials. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3638.map.gz | 28.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3638-v30.xml emd-3638.xml | 11.5 KB 11.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3638.png | 228.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3638 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3638 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3638_validation.pdf.gz | 258.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3638_full_validation.pdf.gz | 257.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3638_validation.xml.gz | 5.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3638 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3638 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3638.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : 100S disome from Staphylococcus aureus (Tight conformation)
全体 | 名称: 100S disome from Staphylococcus aureus (Tight conformation) |
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要素 |
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-超分子 #1: 100S disome from Staphylococcus aureus (Tight conformation)
超分子 | 名称: 100S disome from Staphylococcus aureus (Tight conformation) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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-超分子 #2: S. aureus 100S ribosome
超分子 | 名称: S. aureus 100S ribosome / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 詳細: Two vacant 70S ribosomes dimerized via SaHPF |
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由来(天然) | 生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) |
-超分子 #3: Ribosome hibernation promoting factor (SaHPF)
超分子 | 名称: Ribosome hibernation promoting factor (SaHPF) / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 5 mM Hepes-KOH pH 7.5 50 mM KCl 10 mM NH4Cl 10 mM Mg(OAc)2 1 mM DTT |
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グリッド | 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot force 5, blot waiting time 30 s. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-8 / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |