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- EMDB-36360: cryo-EM structure of the beta2-AR-mBRIL/1b3 Fab/Glue complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36360
タイトルcryo-EM structure of the beta2-AR-mBRIL/1b3 Fab/Glue complex with a full agonist
マップデータ
試料
  • 複合体: chimeric beta-2AR adrenergic receptor
    • タンパク質・ペプチド: Beta-2 adrenergic receptor,Soluble cytochrome b562
  • リガンド: Olodaterol
キーワードcomplex / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


beta2-adrenergic receptor activity / positive regulation of mini excitatory postsynaptic potential / AMPA selective glutamate receptor signaling pathway / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / adenylate cyclase-inhibiting adrenergic receptor signaling pathway / positive regulation of autophagosome maturation / heat generation / norepinephrine binding / Adrenoceptors / negative regulation of smooth muscle contraction ...beta2-adrenergic receptor activity / positive regulation of mini excitatory postsynaptic potential / AMPA selective glutamate receptor signaling pathway / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / adenylate cyclase-inhibiting adrenergic receptor signaling pathway / positive regulation of autophagosome maturation / heat generation / norepinephrine binding / Adrenoceptors / negative regulation of smooth muscle contraction / positive regulation of cardiac muscle cell contraction / positive regulation of lipophagy / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of multicellular organism growth / adrenergic receptor signaling pathway / response to psychosocial stress / diet induced thermogenesis / endosome to lysosome transport / positive regulation of cAMP/PKA signal transduction / smooth muscle contraction / adenylate cyclase binding / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / potassium channel regulator activity / positive regulation of bone mineralization / bone resorption / neuronal dense core vesicle / intercellular bridge / regulation of sodium ion transport / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / receptor-mediated endocytosis / brown fat cell differentiation / response to cold / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / electron transport chain / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / cellular response to amyloid-beta / mitotic spindle / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of cold-induced thermogenesis / amyloid-beta binding / Clathrin-mediated endocytosis / microtubule cytoskeleton / transcription by RNA polymerase II / G alpha (s) signalling events / early endosome / periplasmic space / electron transfer activity / positive regulation of MAPK cascade / lysosome / cell surface receptor signaling pathway / signaling receptor complex / endosome membrane / endosome / apical plasma membrane / Ub-specific processing proteases / cilium / ciliary basal body / iron ion binding / heme binding / protein-containing complex binding / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / membrane / identical protein binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta 2 adrenoceptor / Adrenoceptor family / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2 adrenergic receptor / Soluble cytochrome b562
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者He BB / Zhong YX / Guo Q / Tao YY
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2024
タイトル: A method for structure determination of GPCRs in various states.
著者: Qiong Guo / Binbin He / Yixuan Zhong / Haizhan Jiao / Yinhang Ren / Qinggong Wang / Qiangqiang Ge / Yongxiang Gao / Xiangyu Liu / Yang Du / Hongli Hu / Yuyong Tao /
要旨: G-protein-coupled receptors (GPCRs) are a class of integral membrane proteins that detect environmental cues and trigger cellular responses. Deciphering the functional states of GPCRs induced by ...G-protein-coupled receptors (GPCRs) are a class of integral membrane proteins that detect environmental cues and trigger cellular responses. Deciphering the functional states of GPCRs induced by various ligands has been one of the primary goals in the field. Here we developed an effective universal method for GPCR cryo-electron microscopy structure determination without the need to prepare GPCR-signaling protein complexes. Using this method, we successfully solved the structures of the β-adrenergic receptor (βAR) bound to antagonistic and agonistic ligands and the adhesion GPCR ADGRL3 in the apo state. For βAR, an intermediate state stabilized by the partial agonist was captured. For ADGRL3, the structure revealed that inactive ADGRL3 adopts a compact fold and that large unusual conformational changes on both the extracellular and intracellular sides are required for activation of adhesion GPCRs. We anticipate that this method will open a new avenue for understanding GPCR structure‒function relationships and drug development.
履歴
登録2023年5月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月6日-
マップ公開2023年9月6日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36360.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36360.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 300 pix.
= 246. Å		0.82 Å/pix.
x 300 pix.
= 246. Å		0.82 Å/pix.
x 300 pix.
= 246. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.196
最小 - 最大-0.76750576 - 1.2772987
平均 (標準偏差)-0.00096729555 (±0.02735974)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 246.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36360_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_36360_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : chimeric beta-2AR adrenergic receptor

全体名称: chimeric beta-2AR adrenergic receptor
要素
  • 複合体: chimeric beta-2AR adrenergic receptor
    • タンパク質・ペプチド: Beta-2 adrenergic receptor,Soluble cytochrome b562
  • リガンド: Olodaterol

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超分子 #1: chimeric beta-2AR adrenergic receptor

超分子名称: chimeric beta-2AR adrenergic receptor / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Beta-2 adrenergic receptor,Soluble cytochrome b562

分子名称: Beta-2 adrenergic receptor,Soluble cytochrome b562 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 51.594102 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDKDEVWVV GMGIVMSLIV LAIVFGNVLV ITAIAKFERL QTVTNYFITS LACADLVMGL AVVPFGAAH ILMKMWTFGN FWCEFWTSID VLCVTASIET LCVIAVDRYF AITSPFKYQS LLTKNKARVI ILMVWIVSGL T SFLPIQMH ...文字列:
MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDKDEVWVV GMGIVMSLIV LAIVFGNVLV ITAIAKFERL QTVTNYFITS LACADLVMGL AVVPFGAAH ILMKMWTFGN FWCEFWTSID VLCVTASIET LCVIAVDRYF AITSPFKYQS LLTKNKARVI ILMVWIVSGL T SFLPIQMH WYRATHQEAI NCYAEETCCD FFTNQAYAIA SSIVSFYVPL VIMVFVYSRV FQEAKRQLAD LEDNWETLND NL KVIEKAD NAAQVKDALT KMRAAALDAQ KASGSGSPEM KDFRHGFDIL VGQIDDALKL ANEGKVKEAQ AAAEQLKTTR NAY IQKYLK FCLKEHKALK TLGIIMGTFT LCWLPFFIVN IVHVIQDNLI RKEVYILLNW IGYVNSGFNP LIYSRSPDFR IAFQ ELLKI AALKEKIAAL KEKIAALKEA EEKRASRLEE ELRRRLTEGS HHHHHHHH

UniProtKB: Beta-2 adrenergic receptor, Soluble cytochrome b562, Beta-2 adrenergic receptor

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分子 #2: Olodaterol

分子名称: Olodaterol / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: DZQ
分子量理論値: 386.442 Da
Chemical component information

ChemComp-DZQ:
Olodaterol / アゴニスト*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッド材質: NICKEL/TITANIUM
凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 52.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 785234
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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