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万見
- EMDB-3623: Microtubule-bound MKLP2 motor domain in the presence of AMPPNP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3623
タイトルMicrotubule-bound MKLP2 motor domain in the presence of AMPPNP
マップデータ'Microtubule-bound MKLP2 motor domain with AMPPNP'
試料
  • 複合体: Complex of 13pf microtubule with bound MKLP2 motor domain in the presence of AMPPNP
    • 複合体: Kinesin-like protein KIF20A
      • タンパク質・ペプチド: Kinesin-like protein KIF20A
    • 複合体: Tubulin alpha and beta chains
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha chain
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta-2B chain
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: TAXOL
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitotic Telophase/Cytokinesis / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation ...Mitotic Telophase/Cytokinesis / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate Formins / Kinesins / MHC class II antigen presentation / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / Aggrephagy / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Separation of Sister Chromatids / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / midbody abscission / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Hedgehog 'off' state / MHC class II antigen presentation / microtubule bundle formation / positive regulation of axon guidance / microtubule motor activity / kinesin complex / intercellular bridge / microtubule-based movement / microtubule-based process / mitotic cytokinesis / regulation of cytokinesis / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / spindle / microtubule cytoskeleton / protein transport / mitotic cell cycle / nervous system development / midbody / microtubule binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / hydrolase activity / protein heterodimerization activity / GTPase activity / GTP binding / protein kinase binding / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. ...Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Tubulin alpha chain / Tubulin alpha-1B chain / Kinesin-like protein KIF20A / Tubulin beta-2B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Bos taurus (ウシ) / Bovine (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.9 Å
データ登録者Atherton J / Yu I-M / Cook A / Muretta JM / Joseph AP / Major J / Sourigues Y / Clause J / Topf M / Rosenfeld SS ...Atherton J / Yu I-M / Cook A / Muretta JM / Joseph AP / Major J / Sourigues Y / Clause J / Topf M / Rosenfeld SS / Houdusse A / Moores CA
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: The divergent mitotic kinesin MKLP2 exhibits atypical structure and mechanochemistry.
著者: Joseph Atherton / I-Mei Yu / Alexander Cook / Joseph M Muretta / Agnel Joseph / Jennifer Major / Yannick Sourigues / Jeffrey Clause / Maya Topf / Steven S Rosenfeld / Anne Houdusse / Carolyn A Moores /
要旨: MKLP2, a kinesin-6, has critical roles during the metaphase-anaphase transition and cytokinesis. Its motor domain contains conserved nucleotide binding motifs, but is divergent in sequence (~35% ...MKLP2, a kinesin-6, has critical roles during the metaphase-anaphase transition and cytokinesis. Its motor domain contains conserved nucleotide binding motifs, but is divergent in sequence (~35% identity) and size (~40% larger) compared to other kinesins. Using cryo-electron microscopy and biophysical assays, we have undertaken a mechanochemical dissection of the microtubule-bound MKLP2 motor domain during its ATPase cycle, and show that many facets of its mechanism are distinct from other kinesins. While the MKLP2 neck-linker is directed towards the microtubule plus-end in an ATP-like state, it does not fully dock along the motor domain. Furthermore, the footprint of the MKLP2 motor domain on the MT surface is altered compared to motile kinesins, and enhanced by kinesin-6-specific sequences. The conformation of the highly extended loop6 insertion characteristic of kinesin-6s is nucleotide-independent and does not contact the MT surface. Our results emphasize the role of family-specific insertions in modulating kinesin motor function.
履歴
登録2017年3月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年8月16日-
マップ公開2017年10月4日-
更新2017年10月4日-
現状2017年10月4日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0322
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0322
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5nd7
  • 表面レベル: 0.0322
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5nd7
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3623.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3623.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 13.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈'Microtubule-bound MKLP2 motor domain with AMPPNP'
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.54 Å/pix.
x 161 pix.
= 247.94 Å		1.54 Å/pix.
x 139 pix.
= 214.06 Å		1.54 Å/pix.
x 160 pix.
= 246.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.54 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0322 / ムービー #1: 0.0322
最小 - 最大-0.030743273 - 0.08448133
平均 (標準偏差)0.0028416982 (±0.010940165)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin7058123
サイズ139160161
Spacing160139161
セルA: 246.4 Å / B: 214.06 Å / C: 247.93999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.541.541.54
M x/y/z160139161
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z246.400214.060247.940
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS5870123
NC/NR/NS160139161
D min/max/mean-0.0310.0840.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of 13pf microtubule with bound MKLP2 motor domain in the ...

全体名称: Complex of 13pf microtubule with bound MKLP2 motor domain in the presence of AMPPNP
要素
  • 複合体: Complex of 13pf microtubule with bound MKLP2 motor domain in the presence of AMPPNP
    • 複合体: Kinesin-like protein KIF20A
      • タンパク質・ペプチド: Kinesin-like protein KIF20A
    • 複合体: Tubulin alpha and beta chains
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha chain
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta-2B chain
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: TAXOL

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超分子 #1: Complex of 13pf microtubule with bound MKLP2 motor domain in the ...

超分子名称: Complex of 13pf microtubule with bound MKLP2 motor domain in the presence of AMPPNP
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 / 詳細: Microtubule bound to taxol
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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超分子 #2: Kinesin-like protein KIF20A

超分子名称: Kinesin-like protein KIF20A / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Microtubule bound to taxol
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

+
超分子 #3: Tubulin alpha and beta chains

超分子名称: Tubulin alpha and beta chains / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 / 詳細: Microtubule bound to taxol

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分子 #1: Kinesin-like protein KIF20A

分子名称: Kinesin-like protein KIF20A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 56.021332 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SPILESTAAD LRSVVRKDLL SDCSVISASL EDKQALLEDT SEKVKVYLRI RPFLTSELDR QEDQGCVCIE NTETLVLQAP KDSFALKSN ERGVGQATHK FTFSQIFGPE VGQVAFFNLT MKEMVKDVLK GQNWLIYTYG VTNSGKTYTI QGTSKDAGIL P QSLALIFN ...文字列:
SPILESTAAD LRSVVRKDLL SDCSVISASL EDKQALLEDT SEKVKVYLRI RPFLTSELDR QEDQGCVCIE NTETLVLQAP KDSFALKSN ERGVGQATHK FTFSQIFGPE VGQVAFFNLT MKEMVKDVLK GQNWLIYTYG VTNSGKTYTI QGTSKDAGIL P QSLALIFN SLQGQLHPTP DLKPLLSNEV IWLDSKQIRQ EEMKKLSLLI GGLQEEELST SVKKRVHTES RIGASNSFDS GV AGLSSTS QFTSSSQLDE TSQLWAQPDT VPVSVPADIR FSVWISFFEI YNELLYDLLE PPSHQHKRQT LRLCEDQNGN PYV KDLNWI HVRDVEEAWK LLKVGRKNQS FASTHMNQQS SRSHSIFSIR ILHLQGEGDI VPKISELSLC DLAGSERCKH QKSG ERLKE AGNINTSLHT LGRCIAALRQ NQQNRSKQNL IPFRDSKLTR VFQGFFTGRG RSCMIVNVNP CASTYDETLH AAKFS ALAS QLVHAPPVHL GIPSLHS

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分子 #2: Tubulin alpha chain

分子名称: Tubulin alpha chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bovine (ウシ)
分子量理論値: 50.107238 KDa
配列文字列: MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL DRIRKLADQC TGLQGFSVFH SFGGGTGSGF TSLLMERLSV D YGKKSKLE ...文字列:
MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL DRIRKLADQC TGLQGFSVFH SFGGGTGSGF TSLLMERLSV D YGKKSKLE FSIYPAPQVS TAVVEPYNSI LTTHTTLEHS DCAFMVDNEA IYDICRRNLD IERPTYTNLN RLIGQIVSSI TA SLRFDGA LNVDLTEFQT NLVPYPRGHF PLATYAPVIS AEKAYHEQLS VAEITNACFE PANQMVKCDP RHGKYMACCL LYR GDVVPK DVNAAIATIK TKRTIQFVDW CPTGFKVGIN YEPPTVVPGG DLAKVQRAVC MLSNTTAIAE AWARLDHKFD LMYA KRAFV HWYVGEGMEE GEFSEAREDM AALEKDYEEV GVDSVEGEGE EEGEEY

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分子 #3: Tubulin beta-2B chain

分子名称: Tubulin beta-2B chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bovine (ウシ)
分子量理論値: 49.90777 KDa
配列文字列: MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGSYHGDS DLQLERINVY YNEAAGNKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKESESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS ...文字列:
MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGSYHGDS DLQLERINVY YNEAAGNKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKESESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS VVPSPKVSDT VVEPYNATLS VHQLVENTDE TYCIDNEALY DICFRTLKLT TPTYGDLNHL VSATMSGVTT CL RFPGQLN ADLRKLAVNM VPFPRLHFFM PGFAPLTSRG SQQYRALTVP ELTQQMFDAK NMMAACDPRH GRYLTVAAVF RGR MSMKEV DEQMLNVQNK NSSYFVEWIP NNVKTAVCDI PPRGLKMSAT FIGNSTAIQE LFKRISEQFT AMFRRKAFLH WYTG EGMDE MEFTEAESNM NDLVSEYQQY QDATADEQGE FEEEEGEDEA

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #5: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: ANP
分子量理論値: 506.196 Da
Chemical component information

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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分子 #6: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #7: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: GDP
分子量理論値: 443.201 Da
Chemical component information

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #8: TAXOL

分子名称: TAXOL / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: TA1
分子量理論値: 853.906 Da
Chemical component information

ChemComp-TA1:
TAXOL / パクリタキセル / 薬剤, 化学療法薬*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 6.8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k)
検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 20.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
詳細: Gold-standard FSCtrue using noise substitution test (Chen et al., 2014)
使用した粒子像数: 10858
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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