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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-35789 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 BA.4/5 spike protein in complex with 1G11 (state 2) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | SARS-CoV-2 / Neutralizing antibody / Cryo-EM / VIRAL PROTEIN | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.81 Å | |||||||||
データ登録者 | Sun H / Jiang Y / Zheng Z / Zheng Q / Li S | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2023 タイトル: Structural basis for broad neutralization of human antibody against Omicron sublineages and evasion by XBB variant. 著者: Hui Sun / Yizhen Wang / Xiuting Chen / Yanan Jiang / Siling Wang / Yang Huang / Liqin Liu / Yu Li / Miaolin Lan / Huilin Guo / Quan Yuan / Yali Zhang / Tingting Li / Hai Yu / Ying Gu / Jun ...著者: Hui Sun / Yizhen Wang / Xiuting Chen / Yanan Jiang / Siling Wang / Yang Huang / Liqin Liu / Yu Li / Miaolin Lan / Huilin Guo / Quan Yuan / Yali Zhang / Tingting Li / Hai Yu / Ying Gu / Jun Zhang / Shaowei Li / Zizheng Zheng / Qingbing Zheng / Ningshao Xia / 要旨: The ongoing COVID-19 pandemic has been characterized by the emergence of new SARS-CoV-2 variants including the highly transmissible Omicron XBB sublineages, which have shown significant resistance to ...The ongoing COVID-19 pandemic has been characterized by the emergence of new SARS-CoV-2 variants including the highly transmissible Omicron XBB sublineages, which have shown significant resistance to neutralizing antibodies (nAbs). This resistance has led to decreased vaccine effectiveness and therefore result in breakthrough infections and reinfections, which continuously threaten public health. To date, almost all available therapeutic nAbs, including those authorized under Emergency Use Authorization nAbs that were previously clinically useful against early strains, have recently been found to be ineffective against newly emerging variants. In this study, we provide a comprehensive structural basis about how the Class 3 nAbs, including 1G11 in this study and noted LY-CoV1404, are evaded by the newly emerged SARS-CoV-2 variants. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_35789.map.gz | 361.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-35789-v30.xml emd-35789.xml | 13.8 KB 13.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_35789.png | 32.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-35789.cif.gz | 3.9 KB | ||
その他 | emd_35789_half_map_1.map.gz emd_35789_half_map_2.map.gz | 677.4 MB 677.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35789 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35789 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_35789_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_35789_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_35789_validation.xml.gz | 20.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_35789_validation.cif.gz | 24.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35789 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35789 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_35789.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 729 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.778 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_35789_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_35789_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SARS-CoV-2 BA.4/5 spike protein in complex with 1G11
全体 | 名称: SARS-CoV-2 BA.4/5 spike protein in complex with 1G11 |
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要素 |
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-超分子 #1: SARS-CoV-2 BA.4/5 spike protein in complex with 1G11
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 BA.4/5 spike protein in complex with 1G11 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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-超分子 #2: SARS-CoV-2 BA.4/5 spike protein
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 BA.4/5 spike protein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
-超分子 #3: nAb 1G11
超分子 | 名称: nAb 1G11 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.81 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 144396 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |