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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3538 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM reconstruction of AaLS-wt | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM map of AaLS-wt | |||||||||
試料 |
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キーワード | cryo-EM / protein cage / dodecahedron / lumazine synthase / Transferase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase activity / riboflavin synthase complex / riboflavin biosynthetic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Aquifex aeolicus (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Sasaki E / Boehringer D | |||||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017 タイトル: Structure and assembly of scalable porous protein cages. 著者: Eita Sasaki / Daniel Böhringer / Michiel van de Waterbeemd / Marc Leibundgut / Reinhard Zschoche / Albert J R Heck / Nenad Ban / Donald Hilvert / 要旨: Proteins that self-assemble into regular shell-like polyhedra are useful, both in nature and in the laboratory, as molecular containers. Here we describe cryo-electron microscopy (EM) structures of ...Proteins that self-assemble into regular shell-like polyhedra are useful, both in nature and in the laboratory, as molecular containers. Here we describe cryo-electron microscopy (EM) structures of two versatile encapsulation systems that exploit engineered electrostatic interactions for cargo loading. We show that increasing the number of negative charges on the lumenal surface of lumazine synthase, a protein that naturally assembles into a ∼1-MDa dodecahedron composed of 12 pentamers, induces stepwise expansion of the native protein shell, giving rise to thermostable ∼3-MDa and ∼6-MDa assemblies containing 180 and 360 subunits, respectively. Remarkably, these expanded particles assume unprecedented tetrahedrally and icosahedrally symmetric structures constructed entirely from pentameric units. Large keyhole-shaped pores in the shell, not present in the wild-type capsid, enable diffusion-limited encapsulation of complementarily charged guests. The structures of these supercharged assemblies demonstrate how programmed electrostatic effects can be effectively harnessed to tailor the architecture and properties of protein cages. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3538.map.gz | 5.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3538-v30.xml emd-3538.xml | 10 KB 10 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3538.png | 100 KB | ||
Filedesc metadata | emd-3538.cif.gz | 4.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3538 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3538 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3538_validation.pdf.gz | 495.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3538_full_validation.pdf.gz | 495.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3538_validation.xml.gz | 5.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_3538_validation.cif.gz | 6.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3538 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3538 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3538.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM map of AaLS-wt | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.39 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : AaLS-wt
全体 | 名称: AaLS-wt |
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要素 |
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-超分子 #1: AaLS-wt
超分子 | 名称: AaLS-wt / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Aquifex aeolicus (バクテリア) |
-分子 #1: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
分子 | 名称: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase |
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由来(天然) | 生物種: Aquifex aeolicus (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 16.728186 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MEIYEGKLTA EGLRFGIVAS RFNHALVDRL VEGAIDCIVR HGGREEDITL VRVPGSWEIP VAAGELARKE DIDAVIAIGV LIRGATPHF DYIASEVSKG LANLSLELRK PITFGVITAD TLEQAIERAG TKHGNKGWEA ALSAIEMANL FKSLR UniProtKB: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 4.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |