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万見
- EMDB-3527: S. pombe microtubule decorated with Cut7 motor domain in the AMPP... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3527
タイトルS. pombe microtubule decorated with Cut7 motor domain in the AMPPNP state
マップデータ
試料
  • 複合体: Cut7 MTD decorated S. pombe microtubule stabilized with Epothilone-B
    • 複合体: Alpha tubulin, Beta tubulin
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha-1 chain
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta chain
    • 複合体: Cut7
      • タンパク質・ペプチド: Kinesin-like protein cut7
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: 7,11-DIHYDROXY-8,8,10,12,16-PENTAMETHYL-3-[1-METHYL-2-(2-METHYL-THIAZOL-4-YL)VINYL]-4,17-DIOXABICYCLO[14.1.0]HEPTADECANE-5,9-DIONE
キーワードS. pombe / microtubule / kinesin-5 / Cut7 motor domain / motor protein
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic spindle pole body duplication / Platelet degranulation / mitotic spindle formation (spindle phase one) / mitotic spindle elongation (spindle phase three) / Kinesins / initial mitotic spindle pole body separation / microtubule plus-end directed mitotic chromosome migration / meiotic spindle assembly / nuclear migration by microtubule mediated pushing forces / meiotic spindle pole ...mitotic spindle pole body duplication / Platelet degranulation / mitotic spindle formation (spindle phase one) / mitotic spindle elongation (spindle phase three) / Kinesins / initial mitotic spindle pole body separation / microtubule plus-end directed mitotic chromosome migration / meiotic spindle assembly / nuclear migration by microtubule mediated pushing forces / meiotic spindle pole / mitotic spindle elongation / nuclear division / mitotic spindle midzone assembly / mitotic spindle midzone / mitotic spindle pole body / astral microtubule / spindle elongation / polar microtubule / minus-end-directed microtubule motor activity / plus-end-directed microtubule motor activity / meiotic spindle / microtubule associated complex / microtubule motor activity / intracellular distribution of mitochondria / cytoplasmic microtubule / mitotic spindle assembly / cytoplasmic microtubule organization / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton / mitotic spindle / kinetochore / microtubule cytoskeleton organization / spindle / microtubule cytoskeleton / mitotic cell cycle / microtubule binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / hydrolase activity / cell division / response to antibiotic / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / Alpha tubulin ...: / : / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Tubulin alpha-1 chain / Tubulin beta chain / Kinesin-like protein cut7
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe 972 (分裂酵母) / Schizosaccharomyces pombe 972h-
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Moores CA / von Loeffelholz O
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilL00190X/1 英国
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2020
タイトル: Corrigendum to "Cryo-EM Structure (4.5 Å) of Yeast Kinesin-5-Microtubule Complex Reveals a Distinct Binding Footprint and Mechanism of Drug Resistance" [J. Mol. Biol. 431 (2019) 864- ...タイトル: Corrigendum to "Cryo-EM Structure (4.5 Å) of Yeast Kinesin-5-Microtubule Complex Reveals a Distinct Binding Footprint and Mechanism of Drug Resistance" [J. Mol. Biol. 431 (2019) 864-872] https://doi.org/10.1016/j.jmb.2019.01.011.
著者: Ottilie von Loeffelholz / Alejandro Peña / Douglas Robert Drummond / Robert Cross / Carolyn Ann Moores /
履歴
登録2016年12月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年1月11日-
マップ公開2018年8月8日-
更新2023年9月20日-
現状2023年9月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0811
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0811
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5mlv
  • 表面レベル: 0.0811
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6s8m
  • 表面レベル: 0.0811
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6s8m
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3527.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3527.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.39 Å/pix.
x 211 pix.
= 293.29 Å		1.39 Å/pix.
x 135 pix.
= 187.65 Å		1.39 Å/pix.
x 125 pix.
= 173.75 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.39 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0811 / ムービー #1: 0.0811
最小 - 最大-0.26908487 - 0.4405258
平均 (標準偏差)0.015761957 (±0.045668256)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ135125211
Spacing125135211
セルA: 173.75 Å / B: 187.65 Å / C: 293.29 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.391.391.39
M x/y/z125135211
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z173.750187.650293.290
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ380380380
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS125135211
D min/max/mean-0.2690.4410.016

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_3527_additional.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: #1

ファイルemd_3527_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cut7 MTD decorated S. pombe microtubule stabilized with Epothilone-B

全体名称: Cut7 MTD decorated S. pombe microtubule stabilized with Epothilone-B
要素
  • 複合体: Cut7 MTD decorated S. pombe microtubule stabilized with Epothilone-B
    • 複合体: Alpha tubulin, Beta tubulin
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha-1 chain
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta chain
    • 複合体: Cut7
      • タンパク質・ペプチド: Kinesin-like protein cut7
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: 7,11-DIHYDROXY-8,8,10,12,16-PENTAMETHYL-3-[1-METHYL-2-(2-METHYL-THIAZOL-4-YL)VINYL]-4,17-DIOXABICYCLO[14.1.0]HEPTADECANE-5,9-DIONE

+
超分子 #1: Cut7 MTD decorated S. pombe microtubule stabilized with Epothilone-B

超分子名称: Cut7 MTD decorated S. pombe microtubule stabilized with Epothilone-B
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3

+
超分子 #2: Alpha tubulin, Beta tubulin

超分子名称: Alpha tubulin, Beta tubulin / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #3
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe 972 (分裂酵母)

+
超分子 #3: Cut7

超分子名称: Cut7 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe 972 (分裂酵母)

+
分子 #1: Tubulin alpha-1 chain

分子名称: Tubulin alpha-1 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe 972h-
分子量理論値: 51.20318 KDa
組換発現生物種: Schizosaccharomyces pombe
配列文字列: MREVISVHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI GPDGFPTENS EVHKNNSYLN DGFGTFFSET GQGKFVPRSI YVDLEPNVID QVRTGPYKD LFHPEQMVTG KEDASNNYAR GHYTVGKEMI DSVLERIRRM ADNCSGLQGF LVFHSFGGGT GSGLGALLLE R LNMEYGKK ...文字列:
MREVISVHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI GPDGFPTENS EVHKNNSYLN DGFGTFFSET GQGKFVPRSI YVDLEPNVID QVRTGPYKD LFHPEQMVTG KEDASNNYAR GHYTVGKEMI DSVLERIRRM ADNCSGLQGF LVFHSFGGGT GSGLGALLLE R LNMEYGKK SNLQFSVYPA PQVSTSVVEP YNSVLTTHAT LDNSDCTFMV DNEACYDICR RNLDIERPTY ENLNRLIAQV VS SITASLR FAGSLNVDLN EFQTNLVPYP RIHFPLVTYS PIVSAAKAFH ESNSVQEITN QCFEPYNQMV KCDPRTGRYM ATC LLYRGD VIPRDVQAAV TSIKSRRTIQ FVDWCPTGFK IGICYEPPQH VPGSGIAKVN RAVCMLSNTT SIAEAWSRLD HKFD LMYSK RAFVHWYVGE GMEEGEFSEA REDLAALERD YEEVGQDSMD NEMYEADEEY

UniProtKB: Tubulin alpha-1 chain

+
分子 #2: Kinesin-like protein cut7

分子名称: Kinesin-like protein cut7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe 972h-
分子量理論値: 47.589062 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAPRVAPGGS QQFLGKQGLK AKNPVSTPNS HFRSASNPRK RREPPTIDTG YPDRSDTNSP TDHALHDENE TNINVVVRVR GRTDQEVRD NSSLAVSTSG AMGAELAIQS DPSSMLVTKT YAFDKVFGPE ADQLMLFENS VAPMLEQVLN GYNCTIFAYG Q TGTGKTYT ...文字列:
MAPRVAPGGS QQFLGKQGLK AKNPVSTPNS HFRSASNPRK RREPPTIDTG YPDRSDTNSP TDHALHDENE TNINVVVRVR GRTDQEVRD NSSLAVSTSG AMGAELAIQS DPSSMLVTKT YAFDKVFGPE ADQLMLFENS VAPMLEQVLN GYNCTIFAYG Q TGTGKTYT MSGDLSDSDG ILSEGAGLIP RALYQLFSSL DNSNQEYAVK CSYYELYNEE IRDLLVSEEL RKPARVFEDT SR RGNVVIT GIEESYIKNA GDGLRLLREG SHRRQVAATK CNDLSSRSHS IFTITLHRKV SSGMTDETNS LTINNNSDDL LRA SKLHMV DLAGSENIGR SGAENKRARE TGMINQSLLT LGRVINALVE KAHHIPYRES KLTRLLQDSL GGKTKTSMIV TVSS TNTNL EETISTLEYA ARAKSIRNKP QNNQLVF

UniProtKB: Kinesin-like protein cut7

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分子 #3: Tubulin beta chain

分子名称: Tubulin beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe 972h-
分子量理論値: 49.518359 KDa
組換発現生物種: Schizosaccharomyces pombe
配列文字列: MREIVHIQAG QCGNQVGAAF WSTIADEHGL DSAGIYHGTS EAQHERLNVY FNEAAGGKYV PRAVLVDLEP GTMDAVKSGK FGNLFRPDN IIYGQSGAGN IWAKGHYTEG AELADAVLDV VRREAEACDA LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLLSKIREEY P DRMMATFS ...文字列:
MREIVHIQAG QCGNQVGAAF WSTIADEHGL DSAGIYHGTS EAQHERLNVY FNEAAGGKYV PRAVLVDLEP GTMDAVKSGK FGNLFRPDN IIYGQSGAGN IWAKGHYTEG AELADAVLDV VRREAEACDA LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLLSKIREEY P DRMMATFS VAPAPKSSDT VVEPYNATLS MHQLVENSDE TFCIDNEALS SIFANTLKIK SPSYDDLNHL VSAVMAGVTT SF RFPGELN SDLRKLAVNM VPFPRLHFFM VGFAPLAAIG SSSFQAVSVP ELTQQMFDAN NMMVAADPRH GRYLTVAALF RGK VSMKEV DEQIRSVQTK NSAYFVEWIP DNVLKAVCSV PPKDLKMSAT FIGNSTSIQE IFRRLGDQFS AMFRRKAFLH WYTG EGMDE MEFTEAESNM NDLVSEYQQY QEAGIDEGDE DYEIEEEKEP LEY

UniProtKB: Tubulin beta chain

+
分子 #4: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 6 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #6: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 6 / 式: ANP
分子量理論値: 506.196 Da
Chemical component information

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

+
分子 #7: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 6 / 式: GDP
分子量理論値: 443.201 Da
Chemical component information

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #8: 7,11-DIHYDROXY-8,8,10,12,16-PENTAMETHYL-3-[1-METHYL-2-(2-METHYL-T...

分子名称: 7,11-DIHYDROXY-8,8,10,12,16-PENTAMETHYL-3-[1-METHYL-2-(2-METHYL-THIAZOL-4-YL)VINYL]-4,17-DIOXABICYCLO[14.1.0]HEPTADECANE-5,9-DIONE
タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 6 / 式: EPB
分子量理論値: 507.683 Da
Chemical component information

ChemComp-EPB:
7,11-DIHYDROXY-8,8,10,12,16-PENTAMETHYL-3-[1-METHYL-2-(2-METHYL-THIAZOL-4-YL)VINYL]-4,17-DIOXABICYCLO[14.1.0]HEPTADECANE-5,9-DIONE / エポチロンB

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 6.5
糖包埋材質: vitreous ice
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN
詳細: reference was low-pass filtered to 8 Angstroms in the final round of alignment.
使用した粒子像数: 12543
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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