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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-35092 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the SIN3S complex from S. pombe | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | SIN3 / SIN3S / Pst2 / Clr6 / deacetylase / DNA BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 histone H4K16 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H4K5 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H4K8 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H3K9 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H3K14 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / HDACs deacetylate histones / histone H4K12 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / SUMOylation of chromatin organization proteins / H3-H4 histone complex chaperone activity / Rpd3L complex ...histone H4K16 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H4K5 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H4K8 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H3K9 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H3K14 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / HDACs deacetylate histones / histone H4K12 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / SUMOylation of chromatin organization proteins / H3-H4 histone complex chaperone activity / Rpd3L complex / Rpd3L-Expanded complex / Rpd3S complex / histone deacetylase / protein lysine deacetylase activity / DNA repair-dependent chromatin remodeling / histone deacetylase activity / NuA4 histone acetyltransferase complex / Sin3-type complex / epigenetic regulation of gene expression / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / heterochromatin formation / mitotic spindle / transcription corepressor activity / histone binding / molecular adaptor activity / chromatin remodeling / DNA repair / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang C / Guo Z / Zhan X | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Discov / 年: 2023 タイトル: Two assembly modes for SIN3 histone deacetylase complexes. 著者: Chengcheng Wang / Zhouyan Guo / Chen Chu / Yichen Lu / Xiaofeng Zhang / Xiechao Zhan / 要旨: The switch-independent 3 (SIN3)/histone deacetylase (HDAC) complexes play essential roles in regulating chromatin accessibility and gene expression. There are two major types of SIN3/HDAC complexes ...The switch-independent 3 (SIN3)/histone deacetylase (HDAC) complexes play essential roles in regulating chromatin accessibility and gene expression. There are two major types of SIN3/HDAC complexes (named SIN3L and SIN3S) targeting different chromatin regions. Here we present the cryo-electron microscopy structures of the SIN3L and SIN3S complexes from Schizosaccharomyces pombe (S. pombe), revealing two distinct assembly modes. In the structure of SIN3L, each Sin3 isoform (Pst1 and Pst3) interacts with one histone deacetylase Clr6, and one WD40-containing protein Prw1, forming two lobes. These two lobes are bridged by two vertical coiled-coil domains from Sds3/Dep1 and Rxt2/Png2, respectively. In the structure of SIN3S, there is only one lobe organized by another Sin3 isoform Pst2; each of the Cph1 and Cph2 binds to an Eaf3 molecule, providing two modules for histone recognition and binding. Notably, the Pst1 Lobe in SIN3L and the Pst2 Lobe in SIN3S adopt similar conformation with their deacetylase active sites exposed to the space; however, the Pst3 Lobe in SIN3L is in a compact state with its active center buried inside and blocked. Our work reveals two classical organization mechanisms for the SIN3/HDAC complexes to achieve specific targeting and provides a framework for studying the histone deacetylase complexes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_35092.map.gz | 167.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-35092-v30.xml emd-35092.xml | 20.7 KB 20.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_35092.png | 63.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-35092.cif.gz | 7.4 KB | ||
その他 | emd_35092_half_map_1.map.gz emd_35092_half_map_2.map.gz | 165.1 MB 165.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35092 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35092 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_35092_validation.pdf.gz | 745.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_35092_full_validation.pdf.gz | 745 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_35092_validation.xml.gz | 15.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_35092_validation.cif.gz | 17.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35092 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35092 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_35092.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.087 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_35092_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_35092_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : The SIN3S complex
全体 | 名称: The SIN3S complex |
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要素 |
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-超分子 #1: The SIN3S complex
超分子 | 名称: The SIN3S complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6 |
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由来(天然) | 生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) |
-分子 #1: Cph1
分子 | 名称: Cph1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) |
分子量 | 理論値: 45.046082 KDa |
配列 | 文字列: MASSINNSSQ PTVPSISNNS HGDSFVNEGP PSNFKNNSLT SSTHSSTDHV NVLPISQDKE MDISSPVKKQ KASYSNKSPN KAPIQKSRG SSLKSHLETE SQQTPVKRRR RKATIRNVDY CSACGGRGLF ICCEGCPCSF HLSCLEPPLT PENIPEGSWF C VTCSIKSH ...文字列: MASSINNSSQ PTVPSISNNS HGDSFVNEGP PSNFKNNSLT SSTHSSTDHV NVLPISQDKE MDISSPVKKQ KASYSNKSPN KAPIQKSRG SSLKSHLETE SQQTPVKRRR RKATIRNVDY CSACGGRGLF ICCEGCPCSF HLSCLEPPLT PENIPEGSWF C VTCSIKSH HPPKHPLSIW SQLYDWIDSQ NPSQYRLPDD LVHYFHGISR GDTGAYKETE GEMDTDEFSA LPTGSSITNL AY CGYCSKP SMGACWVYGC QLCDTFYHKN CKEHAKKCSH DSIGKKGMRV PKNAVVIRTP LVLDTTSNTL NPKVMISGWQ FLM GEFPSD ELLYFPRLPV SCLYKVSEDG LIKDFLYAIG IEAKKFNNER KKRELEVIPP DVKSALLPAR THPNLPIALR TLFN KART UniProtKB: Uncharacterized protein C16C9.05 |
-分子 #2: Paired amphipathic helix protein pst2
分子 | 名称: Paired amphipathic helix protein pst2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) |
分子量 | 理論値: 125.011609 KDa |
配列 | 文字列: MEQTLAILKN DNSTLVAEMQ NQLVHDFSPN GTALPELDIK AFVQKLGQRL CHRPYVYSAF MDVVKALHNE IVDFPGFIER ISVILRDYP DLLEYLNIFL PSSYKYLLSN SGANFTLQFT TPSGPVSTPS TYVATYNDLP CTYHRAIGFV SRVRRALLSN P EQFFKLQD ...文字列: MEQTLAILKN DNSTLVAEMQ NQLVHDFSPN GTALPELDIK AFVQKLGQRL CHRPYVYSAF MDVVKALHNE IVDFPGFIER ISVILRDYP DLLEYLNIFL PSSYKYLLSN SGANFTLQFT TPSGPVSTPS TYVATYNDLP CTYHRAIGFV SRVRRALLSN P EQFFKLQD SLRKFKNSEC SLSELQTIVT SLLAEHPSLA HEFHNFLPSS IFFGSKPPLG SFPLRGIQSS QFTLSNISDL LS QSRPDNL SPFSHLSNES SDFFKNVKNV LTDVETYHEF LKLLNLYVQG IIDRNILVSR GFGFLKSNSG LWRSFLSLTS LSP EEFLSV YNSACSDFPE CGPSYRLLPV EERNISCSGR DDFAWGILND DWVSHPTWAS EESGFIVQRK TPYEEAMTKL EEER YEFDR HIEATSWTIK SLKKIQNRIN ELPEEERETY TLEEGLGLPS KSIYKKTIKL VYTSEHAEEM FKALERMPCL TLPLV ISRL EEKNEEWKSV KRSLQPGWRS IEFKNYDKSL DSQCVYFKAR DKKNVSSKFL LAEADILRSQ AKLHFPLRSR SAFEFS FVY DNEIVLFDTC YMVCTYIVCN SPSGLKKVEH FFKNILPLHF GLEKDKFSIF LDQVFRGPDY DVNAPNIVGN KPVRRKR SN SITQLTEFVK QPKINGQRES RSAAAARKKE ESGNKSQSNS QNSLSDESGN VTPVSKKQLS QPAAAIKASL KYPSHPDS L LEHQDHAGDT ENEMHDDVDK EQFGYSSMYV FFRLFNLLYE RLYELQRLED QVSIIQQRII PNPVSQKQKI WRDRWNDLS DVPDEKTHYE NTYVMILRLI YGIVDQSAFE DYLRFYYGNK AYKIYTIDKL VWSAAKQVHH IVSDGKYKFV TSLVEQNSSA SPKKNYDDF LYRLEIEKLL NPDEILFRFC WINKFKSFGI KIMKRANLIV DQSLDTQRRV WKKYVQNYRI QKLTEEISYK N YRCPFLCR NIEKERTVEQ LVSRLQTKLL RSAELVSGLQ AKLCLDSFKL LYLPRTEDSY IDASYLRLRD TDFLDCQNKR KQ RWRNRWE SLLKSVRGTS DNTAEVNFDA DINALFIP UniProtKB: Paired amphipathic helix protein pst2 |
-分子 #3: Histone deacetylase clr6
分子 | 名称: Histone deacetylase clr6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: histone deacetylase |
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由来(天然) | 生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) |
分子量 | 理論値: 46.165844 KDa |
配列 | 文字列: MGFGKKKVSY FYDEDVGNYH YGPQHPMKPH RVRMVHNLVV NYNLYEKLNV ITPVRATRND MTRCHTDEYI EFLWRVTPDT MEKFQPHQL KFNVGDDCPV FDGLYEFCSI SAGGSIGAAQ ELNSGNAEIA INWAGGLHHA KKREASGFCY VNDIALAALE L LKYHQRVL ...文字列: MGFGKKKVSY FYDEDVGNYH YGPQHPMKPH RVRMVHNLVV NYNLYEKLNV ITPVRATRND MTRCHTDEYI EFLWRVTPDT MEKFQPHQL KFNVGDDCPV FDGLYEFCSI SAGGSIGAAQ ELNSGNAEIA INWAGGLHHA KKREASGFCY VNDIALAALE L LKYHQRVL YIDIDVHHGD GVEEFFYTTD RVMTCSFHKF GEYFPGTGHI KDTGIGTGKN YAVNVPLRDG IDDESYESVF KP VISHIMQ WFRPEAVILQ CGTDSLAGDR LGCFNLSMKG HSMCVDFVKS FNLPMICVGG GGYTVRNVAR VWTYETGLLA GEE LDENLP YNDYLQYYGP DYKLNVLSNN MENHNTRQYL DSITSEIIEN LRNLSFAPSV QMHKTPGDFT FENAEKQNIA KEEI MDERV UniProtKB: Histone deacetylase clr6 |
-分子 #4: RbAp48-related WD40 repeat-containing protein prw1
分子 | 名称: RbAp48-related WD40 repeat-containing protein prw1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) |
分子量 | 理論値: 48.528926 KDa |
配列 | 文字列: MAVSAVPHPS KQAQASEEGI NQEKCINEEY KIWKKNSPFL YDLIITRALE WPCMSLQWYP EQQIFAEHGY TEQKMFLGVR ADVGKYLLA VASIQLPYLN QTVPPTTMEG ASAGDESSLR VNISNLYSHP ESVCSAKLMP QDDSCVATVG NYHNDVLVFD K ESFESYSS ...文字列: MAVSAVPHPS KQAQASEEGI NQEKCINEEY KIWKKNSPFL YDLIITRALE WPCMSLQWYP EQQIFAEHGY TEQKMFLGVR ADVGKYLLA VASIQLPYLN QTVPPTTMEG ASAGDESSLR VNISNLYSHP ESVCSAKLMP QDDSCVATVG NYHNDVLVFD K ESFESYSS ASESPLKPKY RLTKHTQPCT SVCWNFLSKG TLVSGSQDAT LSCWDLNAYN ESDSASVLKV HISSHEKQVS DV RFHYKHQ DLLASVSYDQ YLHVHDIRRP DASTKPARSV HAHSGPIHSV AFNPHNDFIL ATCSTDKTIA LWDLRNLNQR LHT LEGHED IVTKISFSPH EEPILASTSA DRRTLVWDLS RIGEDQPAEE AQDGPPELLF MHGGHTSCTI DMDWCPNYNW TMAT AAEDN ILQIWTPSRS IWGNEQLEED ATAYLS UniProtKB: RbAp48-related WD40 repeat-containing protein prw1 |
-分子 #5: Chromatin modification-related protein eaf3
分子 | 名称: Chromatin modification-related protein eaf3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) |
分子量 | 理論値: 39.191199 KDa |
配列 | 文字列: MAVSYKVNER VLCFHGPLLY EAKIVDTEMK GDVTTYLIHY KGWKNSWDEW VEQDRILQWT EENLKTQKEL KNAAISTRQK PTSKKSASS TSKHDSTGVK TSGKRSRESS TVTVDGDSHE LPSRIKTQKS ESPIPQQVKR DGTTDAKNEE TTKPENNEKD D FEEEPPLP ...文字列: MAVSYKVNER VLCFHGPLLY EAKIVDTEMK GDVTTYLIHY KGWKNSWDEW VEQDRILQWT EENLKTQKEL KNAAISTRQK PTSKKSASS TSKHDSTGVK TSGKRSRESS TVTVDGDSHE LPSRIKTQKS ESPIPQQVKR DGTTDAKNEE TTKPENNEKD D FEEEPPLP KHKISVPDVL KLWLVDDWEN ITKNQQLIAI PRNPTVRAAI AAFRESKISH LNNEIDVDVF EQAMAGLVIY FN KCLGNML LYRFERQQYL EIRQQYPDTE MCDLYGVEHL IRLFVSLPEL IDRTNMDSQS IECLLNYIEE FLKYLVLHKD EYF IKEYQN APPNYRSLVG V UniProtKB: Chromatin modification-related protein eaf3 |
-分子 #6: Uncharacterized protein C2F7.07c
分子 | 名称: Uncharacterized protein C2F7.07c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) |
分子量 | 理論値: 68.871703 KDa |
配列 | 文字列: MDAKPWNHTS EAFQASILED LKIIQKAGAE RNAKSSHGSI NSRSASPNKA TSRRNRAQNG NSNGRASVDN SDDGSKDDLD YSPSVKRKH VNGEGAEKGD HDTSNNGPSI TKLRRKVRRT YDTKDGFVAW NTLDDDFRPI VPDQERSRKI NPQKGNNNNL L KENKSLKT ...文字列: MDAKPWNHTS EAFQASILED LKIIQKAGAE RNAKSSHGSI NSRSASPNKA TSRRNRAQNG NSNGRASVDN SDDGSKDDLD YSPSVKRKH VNGEGAEKGD HDTSNNGPSI TKLRRKVRRT YDTKDGFVAW NTLDDDFRPI VPDQERSRKI NPQKGNNNNL L KENKSLKT TAKDLSDISS SSMKKANNSS KPLFSGKLTF KANIPVPTSE VVTENNVTRN VTVYSNQKHL GNESENFNDM EG RAEDISS NELLPTPEEY PYRYNNDYCS ACHGPGNFLC CETCPNSFHF TCIDPPIEEK NLPDDAWYCN ECKHHSLYNE LDE QEELES NVKEEGTMVD VWMQLCTYID SHNPIQFHLP HSISSFFRGV GSGVMGEYIE TDVLKHLKSS RRSNGEERDP LLLK SKSGT PILCFRCHKS ALVSQSILAC DYCNSYWHPD CLNPPLATLP SNLRKWKCPN HSDHVTPRYR LPEKAKVIRV GLPRG FKNK GNIVIDENED EPSVQTIQLQ GKIRVVPSKP FKLNFLEQIR DNVINLRKMV EQDEQLCIET FSKFDFYATR DCELPL RIL CDVANDNLEN DDYVLALRDL LRISKWDPNQ PVPAPFDLAN LLSY UniProtKB: Uncharacterized protein C2F7.07c |
-分子 #7: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 6 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-分子 #8: POTASSIUM ION
分子 | 名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: K |
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分子量 | 理論値: 39.098 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD 最大 デフォーカス(公称値): 2.3000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 777199 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |