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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of streptavidin | |||||||||
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![]() | Complex / CYTOSOLIC PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.56 Å | |||||||||
![]() | Xu J / Liu N / Wang HW | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Self-assembled monolayers guided free-standing atomic-crystal/molecule superstructure 著者: Zheng L / Xu J / Wang W / Gao X / Liu N / Wang HW / Peng HL | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 28.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 12.6 KB 12.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 87.4 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 4.8 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 27.2 MB 27.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 832.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 832.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.5191 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_34978_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_34978_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : streptavidin
全体 | 名称: streptavidin |
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要素 |
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-超分子 #1: streptavidin
超分子 | 名称: streptavidin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: on graphene/SAMs membranes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Streptavidin
分子 | 名称: Streptavidin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 12.596641 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GITGTWYNQL GSTFIVTAGA DGALTGTYES AVGNAESRYV LTGRYDSAPA TDGSGTALGW TVAWKNNYRN AHSATTWSGQ YVGGAEARI NTQWLLTSGT TEANAWKSTL VGHDTFTKVK UniProtKB: Streptavidin |
-分子 #2: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 19 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 99871 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |