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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM Structures and Translocation Mechanism of Crenarchaeota Ribosome | |||||||||
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![]() | Sulfolobus acidocaldarius ribosome small subunit / RIBOSOME | |||||||||
機能・相同性 | ![]() ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / positive regulation of apoptotic signaling pathway / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding ...ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / positive regulation of apoptotic signaling pathway / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.14 Å | |||||||||
![]() | Wang YH / Zhou J | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-electron microscopy structure and translocation mechanism of the crenarchaeal ribosome. 著者: Ying-Hui Wang / Hong Dai / Ling Zhang / Yun Wu / Jingfen Wang / Chen Wang / Cai-Huang Xu / Hai Hou / Bing Yang / Yongqun Zhu / Xing Zhang / Jie Zhou / ![]() 要旨: Archaeal ribosomes have many domain-specific features; however, our understanding of these structures is limited. We present 10 cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the archaeal ribosome ...Archaeal ribosomes have many domain-specific features; however, our understanding of these structures is limited. We present 10 cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the archaeal ribosome from crenarchaeota Sulfolobus acidocaldarius (Sac) at 2.7-5.7 Å resolution. We observed unstable conformations of H68 and h44 of ribosomal RNA (rRNA) in the subunit structures, which may interfere with subunit association. These subunit structures provided models for 12 rRNA expansion segments and 3 novel r-proteins. Furthermore, the 50S-aRF1 complex structure showed the unique domain orientation of aRF1, possibly explaining P-site transfer RNA (tRNA) release after translation termination. Sac 70S complexes were captured in seven distinct steps of the tRNA translocation reaction, confirming conserved structural features during archaeal ribosome translocation. In aEF2-engaged 70S ribosome complexes, 3D classification of cryo-EM data based on 30S head domain identified two new translocation intermediates with 30S head domain tilted 5-6° enabling its disengagement from the translocated tRNA and its release post-translocation. Additionally, we observed conformational changes to aEF2 during ribosome binding and switching from three different states. Our structural and biochemical data provide new insights into archaeal translation and ribosome translocation. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 10.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 41.1 KB 41.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 134.4 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 126.8 MB 127.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8hkxMC ![]() 8hkuC ![]() 8hkvC ![]() 8hkyC ![]() 8hkzC ![]() 8hl1C ![]() 8hl2C ![]() 8hl3C ![]() 8hl4C ![]() 8hl5C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.087 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_34862_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_34862_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
+全体 : Sulfolobus acidocaldarius ribosome small sbunit
+超分子 #1: Sulfolobus acidocaldarius ribosome small sbunit
+分子 #1: 16s rRNA (1491-MER)
+分子 #2: 30S ribosomal protein S2
+分子 #3: 30S ribosomal protein S4e
+分子 #4: 30S ribosomal protein S4
+分子 #5: 30S ribosomal protein S5
+分子 #6: 30S ribosomal protein S6e
+分子 #7: 30S ribosomal protein S8e
+分子 #8: 30S ribosomal protein S8
+分子 #9: 30S ribosomal protein S11
+分子 #10: 30S ribosomal protein S12
+分子 #11: 30S ribosomal protein S15
+分子 #12: 30S ribosomal protein S17
+分子 #13: 30S ribosomal protein S24e
+分子 #14: 30S ribosomal protein S27e
+分子 #15: 30S ribosomal protein S3Ae
+分子 #16: 30S ribosomal protein S3
+分子 #17: 30S ribosomal protein S7
+分子 #18: 30S ribosomal protein S9
+分子 #19: 30S ribosomal protein S10
+分子 #20: 30S ribosomal protein S13
+分子 #21: 30S ribosomal protein S14 type Z
+分子 #22: 30S ribosomal protein S17e
+分子 #23: 30S ribosomal protein S19e
+分子 #24: 30S ribosomal protein S19
+分子 #25: 30S ribosomal protein S28e
+分子 #26: 50S ribosomal protein L7Ae
+分子 #27: 30S ribosomal protein S27ae
+分子 #28: 30S ribosomal protein
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | 2D array |
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試料調製
濃度 | 5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 26.7 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: ![]() 3f1e |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 98366 |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |