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データを開く
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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Pentamer of FMDV (A/TUR/14/98) in complex with M3F | |||||||||
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![]() | FMDV / VIRUS / Antibody | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
![]() | Li HZ / Dong H / Liu P | |||||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structural and in vivo studies of neutralizing antibody topographical classifications reveal mechanisms underlying differences in immunogenicity and antigenicity between 146S and 12S of ...タイトル: Structural and in vivo studies of neutralizing antibody topographical classifications reveal mechanisms underlying differences in immunogenicity and antigenicity between 146S and 12S of foot-and-mouth disease virus 著者: Li HZ / Dong H | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 78.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15 KB 15 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 69.7 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.5 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 77.6 MB 77.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_34690_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_34690_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Foot-and-mouth disease virus
全体 | 名称: ![]() ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Foot-and-mouth disease virus
超分子 | 名称: Foot-and-mouth disease virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 12110 / 生物種: Foot-and-mouth disease virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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-分子 #1: VP1 of capsid protein
分子 | 名称: VP1 of capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 23.111094 KDa |
配列 | 文字列: TTSAGESADP VTTTVENYGG ETQVQRRHHT DVGFIMDRFV KINNTNPTHV IDLMQTHQHG LVGALLRAAT YYFSDLEIVV RHEGNLTWV PNGAPEAALS NAGNPTAYNK APFTRLALPY TAPHRVLATV YNGTSKYSTT GERTRGDLGA LAARVATQLP A SFNFGAIR ...文字列: TTSAGESADP VTTTVENYGG ETQVQRRHHT DVGFIMDRFV KINNTNPTHV IDLMQTHQHG LVGALLRAAT YYFSDLEIVV RHEGNLTWV PNGAPEAALS NAGNPTAYNK APFTRLALPY TAPHRVLATV YNGTSKYSTT GERTRGDLGA LAARVATQLP A SFNFGAIR ATDISELLVR MKRAELYCPR PLLAVEVTAQ DRHKQKIIAP AKQ |
-分子 #2: VP2 of capsid protein
分子 | 名称: VP2 of capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 24.575779 KDa |
配列 | 文字列: DKKTEETTLL EDRTLTTRNG HTTSTTQSSV GVTYGYSTGE DHVSGPNTSG LETRVTQAER FFKKHLFNWT TDKPFGHLEK LKLPTDHKG VYGHLVDSFA YMRNGWDVEV SAVGNQFNGG CLLVAMVPEW KKFTPREKYQ LTLFPHQFIS PRTNMTAHIT V PYLGVNRY ...文字列: DKKTEETTLL EDRTLTTRNG HTTSTTQSSV GVTYGYSTGE DHVSGPNTSG LETRVTQAER FFKKHLFNWT TDKPFGHLEK LKLPTDHKG VYGHLVDSFA YMRNGWDVEV SAVGNQFNGG CLLVAMVPEW KKFTPREKYQ LTLFPHQFIS PRTNMTAHIT V PYLGVNRY DQYKKHKPWT LVVMVVSPLT TSSIGATEIK VYANIAPTHV HVAGELPSKE |
-分子 #3: VP3 of capsid protein
分子 | 名称: VP3 of capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 24.284121 KDa |
配列 | 文字列: GIVPVACSDG YGGLVTTDPK TADPVYGKVY NPPRTNYPGR FTNLLDVAEA CPTFLCFDDG KPYVVTREDE QRLLAKFDVS LAAKHMSNT YLSGIAQYYA QYSGTINLHF MFTGSTDSKA RYMVAYVPPG VETPPDTPER AAHCIHAEWD TGLNSKFTFS I PYVSAADY ...文字列: GIVPVACSDG YGGLVTTDPK TADPVYGKVY NPPRTNYPGR FTNLLDVAEA CPTFLCFDDG KPYVVTREDE QRLLAKFDVS LAAKHMSNT YLSGIAQYYA QYSGTINLHF MFTGSTDSKA RYMVAYVPPG VETPPDTPER AAHCIHAEWD TGLNSKFTFS I PYVSAADY AYTASDVAET TNVQGWVCIY QITHGKAQND TLVVSVSAGK DFELRLPIDP RTQ |
-分子 #4: M3F
分子 | 名称: M3F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 13.332694 KDa |
組換発現 | 生物種: Yeast centromeric expression vector p416CYC (その他) |
配列 | 文字列: QVQLQQSGGG LVQAGGSLRL SCAASGRAFG YYYMGWFRQA PGKEREFVAA ISWYDGSTSY ADSVKGRFTI SRDNAKNTVD LQMNSLKSE DTAVYYCAGD RSLTVVASSW RYWGQGTQVT VSS |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 232071 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |