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- EMDB-34689: Pentamer of FMDV (A/TUR/14/98) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34689
タイトルPentamer of FMDV (A/TUR/14/98)
マップデータ
試料
  • ウイルス: Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: VP1 of capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: VP2 of capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: VP3 of capsid protein
キーワードVIRAL PROTEIN
生物種Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Li HZ / Dong H
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Foot-and-mouth disease virus antigenic landscape and reduced immunogenicity elucidated in atomic detail.
著者: Haozhou Li / Pan Liu / Hu Dong / Aldo Dekker / Michiel M Harmsen / Huichen Guo / Xiangxi Wang / Shiqi Sun /
要旨: Unlike most other picornaviruses, foot-and-mouth disease (FMD) intact virions (146S) dissociate easily into small pentameric subunits (12S). This causes a dramatically decreased immunogenicity by a ...Unlike most other picornaviruses, foot-and-mouth disease (FMD) intact virions (146S) dissociate easily into small pentameric subunits (12S). This causes a dramatically decreased immunogenicity by a mechanism that remains elusive. Here, we present the high-resolution structures of 12S (3.2 Å) and its immune complex of a single-domain antibody (VHH) targeting the particle interior (3.2 Å), as well as two 146S-specific VHHs complexed to distinct sites on the 146S capsid surface (3.6 Å and 2.9 Å). The antigenic landscape of 146S is depicted using 13 known FMD virus-antibody complexes. Comparison of the immunogenicity of 146S and 12S in pigs, focusing on the resulting antigenic sites and incorporating structural analysis, reveals that dissociation of 146S leads to structural alteration and destruction of multiple epitopes, resulting in significant differences in antibody profiles/lineages induced by 12S and 146S. Furthermore, 146S generates higher synergistic neutralizing antibody titers compared to 12S, whereas both particles induce similar total FMD virus specific antibody titers. This study can guide the structure-based rational design of novel multivalent and broad-spectrum recombinant vaccines for protection against FMD.
履歴
登録2022年11月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月15日-
マップ公開2023年11月15日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34689.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34689.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 280 pix.
= 291.2 Å		1.04 Å/pix.
x 280 pix.
= 291.2 Å		1.04 Å/pix.
x 280 pix.
= 291.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-2.49371 - 4.1549807
平均 (標準偏差)0.004116506 (±0.11097119)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 291.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34689_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34689_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Foot-and-mouth disease virus

全体名称: Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
要素
  • ウイルス: Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: VP1 of capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: VP2 of capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: VP3 of capsid protein

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超分子 #1: Foot-and-mouth disease virus

超分子名称: Foot-and-mouth disease virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 12110 / 生物種: Foot-and-mouth disease virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes

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分子 #1: VP1 of capsid protein

分子名称: VP1 of capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
分子量理論値: 23.111094 KDa
配列文字列: TTSAGESADP VTTTVENYGG ETQVQRRHHT DVGFIMDRFV KINNTNPTHV IDLMQTHQHG LVGALLRAAT YYFSDLEIVV RHEGNLTWV PNGAPEAALS NAGNPTAYNK APFTRLALPY TAPHRVLATV YNGTSKYSTT GERTRGDLGA LAARVATQLP A SFNFGAIR ...文字列:
TTSAGESADP VTTTVENYGG ETQVQRRHHT DVGFIMDRFV KINNTNPTHV IDLMQTHQHG LVGALLRAAT YYFSDLEIVV RHEGNLTWV PNGAPEAALS NAGNPTAYNK APFTRLALPY TAPHRVLATV YNGTSKYSTT GERTRGDLGA LAARVATQLP A SFNFGAIR ATDISELLVR MKRAELYCPR PLLAVEVTAQ DRHKQKIIAP AKQ

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分子 #2: VP2 of capsid protein

分子名称: VP2 of capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
分子量理論値: 24.575779 KDa
配列文字列: DKKTEETTLL EDRTLTTRNG HTTSTTQSSV GVTYGYSTGE DHVSGPNTSG LETRVTQAER FFKKHLFNWT TDKPFGHLEK LKLPTDHKG VYGHLVDSFA YMRNGWDVEV SAVGNQFNGG CLLVAMVPEW KKFTPREKYQ LTLFPHQFIS PRTNMTAHIT V PYLGVNRY ...文字列:
DKKTEETTLL EDRTLTTRNG HTTSTTQSSV GVTYGYSTGE DHVSGPNTSG LETRVTQAER FFKKHLFNWT TDKPFGHLEK LKLPTDHKG VYGHLVDSFA YMRNGWDVEV SAVGNQFNGG CLLVAMVPEW KKFTPREKYQ LTLFPHQFIS PRTNMTAHIT V PYLGVNRY DQYKKHKPWT LVVMVVSPLT TSSIGATEIK VYANIAPTHV HVAGELPSKE

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分子 #3: VP3 of capsid protein

分子名称: VP3 of capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
分子量理論値: 24.284121 KDa
配列文字列: GIVPVACSDG YGGLVTTDPK TADPVYGKVY NPPRTNYPGR FTNLLDVAEA CPTFLCFDDG KPYVVTREDE QRLLAKFDVS LAAKHMSNT YLSGIAQYYA QYSGTINLHF MFTGSTDSKA RYMVAYVPPG VETPPDTPER AAHCIHAEWD TGLNSKFTFS I PYVSAADY ...文字列:
GIVPVACSDG YGGLVTTDPK TADPVYGKVY NPPRTNYPGR FTNLLDVAEA CPTFLCFDDG KPYVVTREDE QRLLAKFDVS LAAKHMSNT YLSGIAQYYA QYSGTINLHF MFTGSTDSKA RYMVAYVPPG VETPPDTPER AAHCIHAEWD TGLNSKFTFS I PYVSAADY AYTASDVAET TNVQGWVCIY QITHGKAQND TLVVSVSAGK DFELRLPIDP RTQ

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 5.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 192654
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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