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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34655 | ||||||||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike trimer (6P) in complex with YB13-292 Fab, focused refinement of Fab region | ||||||||||||
マップデータ | Focused half map 2 of YB13-292 Fab complexed with Omicron S | ||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.95 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Liu B / Gao X / Chen Q / Li Z / Su M / He J / Xiong X | ||||||||||||
資金援助 | 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Somatically hypermutated antibodies isolated from SARS-CoV-2 Delta infected patients cross-neutralize heterologous variants. 著者: Haisheng Yu / Banghui Liu / Yudi Zhang / Xijie Gao / Qian Wang / Haitao Xiang / Xiaofang Peng / Caixia Xie / Yaping Wang / Peiyu Hu / Jingrong Shi / Quan Shi / Pingqian Zheng / Chengqian Feng ...著者: Haisheng Yu / Banghui Liu / Yudi Zhang / Xijie Gao / Qian Wang / Haitao Xiang / Xiaofang Peng / Caixia Xie / Yaping Wang / Peiyu Hu / Jingrong Shi / Quan Shi / Pingqian Zheng / Chengqian Feng / Guofang Tang / Xiaopan Liu / Liliangzi Guo / Xiumei Lin / Jiaojiao Li / Chuanyu Liu / Yaling Huang / Naibo Yang / Qiuluan Chen / Zimu Li / Mengzhen Su / Qihong Yan / Rongjuan Pei / Xinwen Chen / Longqi Liu / Fengyu Hu / Dan Liang / Bixia Ke / Changwen Ke / Feng Li / Jun He / Meiniang Wang / Ling Chen / Xiaoli Xiong / Xiaoping Tang / 要旨: SARS-CoV-2 Omicron variants feature highly mutated spike proteins with extraordinary abilities in evading antibodies isolated earlier in the pandemic. Investigation of memory B cells from patients ...SARS-CoV-2 Omicron variants feature highly mutated spike proteins with extraordinary abilities in evading antibodies isolated earlier in the pandemic. Investigation of memory B cells from patients primarily with breakthrough infections with the Delta variant enables isolation of a number of neutralizing antibodies cross-reactive to heterologous variants of concern (VOCs) including Omicron variants (BA.1-BA.4). Structural studies identify altered complementarity determining region (CDR) amino acids and highly unusual heavy chain CDR2 insertions respectively in two representative cross-neutralizing antibodies-YB9-258 and YB13-292. These features are putatively introduced by somatic hypermutation and they are heavily involved in epitope recognition to broaden neutralization breadth. Previously, insertions/deletions were rarely reported for antiviral antibodies except for those induced by HIV-1 chronic infections. These data provide molecular mechanisms for cross-neutralization of heterologous SARS-CoV-2 variants by antibodies isolated from Delta variant infected patients with implications for future vaccination strategy. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34655.map.gz | 59.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-34655-v30.xml emd-34655.xml | 21.1 KB 21.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_34655_fsc.xml | 11.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_34655.png | 26.1 KB | ||
その他 | emd_34655_half_map_1.map.gz emd_34655_half_map_2.map.gz | 59.4 MB 59.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34655 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34655 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_34655_validation.pdf.gz | 798.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_34655_full_validation.pdf.gz | 798.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_34655_validation.xml.gz | 15.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_34655_validation.cif.gz | 20.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34655 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34655 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8hc8MC 8hc2C 8hc3C 8hc4C 8hc5C 8hc6C 8hc7C 8hc9C 8hcaC 8hcbC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34655.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Focused half map 2 of YB13-292 Fab complexed with Omicron S | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.65 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Focused map of YB13-292 Fab complexed with Omicron S
ファイル | emd_34655_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Focused map of YB13-292 Fab complexed with Omicron S | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Focused half map 1 of YB13-292 Fab complexed with Omicron S
ファイル | emd_34655_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Focused half map 1 of YB13-292 Fab complexed with Omicron S | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike trimer with in complex with YB13-29...
全体 | 名称: SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike trimer with in complex with YB13-292 Fab, focused refinement of Fab region |
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要素 |
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-超分子 #1: SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike trimer with in complex with YB13-29...
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike trimer with in complex with YB13-292 Fab, focused refinement of Fab region タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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-超分子 #2: SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike protein
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike protein / タイプ: complex / ID: 2 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
-超分子 #3: YB13-292 Fab
超分子 | 名称: YB13-292 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Spike protein S1
分子 | 名称: Spike protein S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 21.33207 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: ITNLCPFDEV FNATRFASVY AWNRKRISNC VADYSVLYNL APFFTFKCYG VSPTKLNDLC FTNVYADSFV IRGDEVRQIA PGQTGNIAD YNYKLPDDFT GCVIAWNSNK LDSKVSGNYN YLYRLFRKSN LKPFERDIST EIYQAGNKPC NGVAGFNCYF P LRSYSFRP TYGVGHQPYR VVVLSFEL |
-分子 #2: Heavy chain of YB13-292 Fab
分子 | 名称: Heavy chain of YB13-292 Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 25.283396 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EVQLVESGGG LVKPGGSLRL SCAASGFSFI TYNMNWVRQA PGKGLEWVSS ISSNILSSTS YIYYADSVKG RFTISRDDAA NSLFLQMNS LRVEDTAQYY CARTRSRSVR NCTSATCPVD AFDLWGQGTM VIVSSASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL G CLVKDYFP ...文字列: EVQLVESGGG LVKPGGSLRL SCAASGFSFI TYNMNWVRQA PGKGLEWVSS ISSNILSSTS YIYYADSVKG RFTISRDDAA NSLFLQMNS LRVEDTAQYY CARTRSRSVR NCTSATCPVD AFDLWGQGTM VIVSSASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL G CLVKDYFP EPVTVSWNSG ALTSGVHTFP AVLQSSGLYS LSSVVTVPSS SLGTQTYICN VNHKPSNTKV DKKVEPKSCD |
-分子 #3: Light chain of YB13-292 Fab
分子 | 名称: Light chain of YB13-292 Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.976648 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DIVLTQSPLS LPVTPGEPAS ISCRSSQSLL RSNGYNYLDW YLQKPGQSPH LLIYLGSNRA SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRVEAEDVG VYYCMQALQT PYTFGQGTNL EIKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV ...文字列: DIVLTQSPLS LPVTPGEPAS ISCRSSQSLL RSNGYNYLDW YLQKPGQSPH LLIYLGSNRA SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRVEAEDVG VYYCMQALQT PYTFGQGTNL EIKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV TEQDSKDSTY SLSSTLTLSK ADYEKHKVYA CEVTHQGLSS PVTKSFNRGE C |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |