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- EMDB-34648: CryoEM structure of Helicobacter pylori UreFD/urease complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34648
タイトルCryoEM structure of Helicobacter pylori UreFD/urease complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Helicobacter pylori UreFD/urease complex
    • タンパク質・ペプチド: Urease subunit alphaウレアーゼ
    • タンパク質・ペプチド: Urease subunit betaウレアーゼ
    • タンパク質・ペプチド: Urease accessory protein UreH
    • タンパク質・ペプチド: Urease accessory protein UreF
機能・相同性
機能・相同性情報


urease complex / ウレアーゼ / urease activity / urea catabolic process / : / nickel cation binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Urease accessory protein UreD / UreD urease accessory protein / Urease accessory protein UreF / UreF domain superfamily / UreF / Urease, gamma-beta subunit / Urease active site / Urease active site. / Urease nickel binding site / Urease nickel ligands signature. ...Urease accessory protein UreD / UreD urease accessory protein / Urease accessory protein UreF / UreF domain superfamily / UreF / Urease, gamma-beta subunit / Urease active site / Urease active site. / Urease nickel binding site / Urease nickel ligands signature. / Urease, beta subunit / Urease, alpha subunit / Urease alpha subunit, C-terminal / Urease, beta subunit superfamily / Urease beta subunit / Urease domain profile. / Urease alpha-subunit, N-terminal domain / Urease alpha-subunit, N-terminal domain / Urease, gamma/gamma-beta subunit / Urease, gamma subunit superfamily / Urease, gamma subunit / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Urease subunit alpha / Urease subunit beta / Urease accessory protein UreF / Urease accessory protein UreH
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Nim YS / Fong IYH / Deme J / Tsang KL / Caesar J / Johnson S / Wong KB / Lea SM
資金援助 香港, 米国, 英国, 4件
OrganizationGrant number国
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)C4041-18E, C4033-19EF, C4012-16E, 14117321, AoE/M-403/16, AoE/M-05/12 香港
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
Wellcome Trust219477 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)S021264 英国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Delivering a toxic metal to the active site of urease.
著者: Yap Shing Nim / Ivan Yu Hang Fong / Justin Deme / Ka Lung Tsang / Joseph Caesar / Steven Johnson / Longson Tsz Hin Pang / Nicholas Man Hon Yuen / Tin Long Chris Ng / Tung Choi / Yakie Yat Hei ...著者: Yap Shing Nim / Ivan Yu Hang Fong / Justin Deme / Ka Lung Tsang / Joseph Caesar / Steven Johnson / Longson Tsz Hin Pang / Nicholas Man Hon Yuen / Tin Long Chris Ng / Tung Choi / Yakie Yat Hei Wong / Susan M Lea / Kam-Bo Wong /
要旨: Urease is a nickel (Ni) enzyme that is essential for the colonization of in the human stomach. To solve the problem of delivering the toxic Ni ion to the active site without diffusing into the ...Urease is a nickel (Ni) enzyme that is essential for the colonization of in the human stomach. To solve the problem of delivering the toxic Ni ion to the active site without diffusing into the cytoplasm, cells have evolved metal carrier proteins, or metallochaperones, to deliver the toxic ions to specific protein complexes. Ni delivery requires urease to form an activation complex with the urease accessory proteins UreFD and UreG. Here, we determined the cryo-electron microscopy structures of UreFD/urease and UreD/urease complexes at 2.3- and 2.7-angstrom resolutions, respectively. Combining structural, mutagenesis, and biochemical studies, we show that the formation of the activation complex opens a 100-angstrom-long tunnel, where the Ni ion is delivered through UreFD to the active site of urease.
履歴
登録2022年11月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月3日-
マップ公開2023年5月3日-
更新2023年5月3日-
現状2023年5月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34648.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34648.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 240.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.822 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0026525
最小 - 最大-0.01793784 - 0.053576563
平均 (標準偏差)-8.608922e-05 (±0.0026525364)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ398398398
Spacing398398398
セルA=B=C: 327.156 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34648_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34648_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Helicobacter pylori UreFD/urease complex

全体名称: Helicobacter pylori UreFD/urease complex
要素
  • 複合体: Helicobacter pylori UreFD/urease complex
    • タンパク質・ペプチド: Urease subunit alphaウレアーゼ
    • タンパク質・ペプチド: Urease subunit betaウレアーゼ
    • タンパク質・ペプチド: Urease accessory protein UreH
    • タンパク質・ペプチド: Urease accessory protein UreF

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超分子 #1: Helicobacter pylori UreFD/urease complex

超分子名称: Helicobacter pylori UreFD/urease complex / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)
分子量理論値: 1.76 MDa

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分子 #1: Urease subunit alpha

分子名称: Urease subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ウレアーゼ
由来(天然)生物種: Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌) / 株: ATCC 700392 / 26695
分子量理論値: 26.587662 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKLTPKELDK LMLHYAGELA KKRKEKGIKL NYVEAVALIS AHIMEEARAG KKTAAELMQE GRTLLKPDDV MDGVASMIHE VGIEAMFPD GTKLVTVHTP IEANGKLVPG ELFLKNEDIT INEGKKAVSV KVKNVGDRPV QIGSHFHFFE VNRCLDFDRE K TFGKRLDI ...文字列:
MKLTPKELDK LMLHYAGELA KKRKEKGIKL NYVEAVALIS AHIMEEARAG KKTAAELMQE GRTLLKPDDV MDGVASMIHE VGIEAMFPD GTKLVTVHTP IEANGKLVPG ELFLKNEDIT INEGKKAVSV KVKNVGDRPV QIGSHFHFFE VNRCLDFDRE K TFGKRLDI ASGTAVRFEP GEEKSVELID IGGNRRIFGF NALVDRQADN ESKKIALHRA KERGFHGAKS DDNYVKTIKE

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分子 #2: Urease subunit beta

分子名称: Urease subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ウレアーゼ
由来(天然)生物種: Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌) / 株: ATCC 700392 / 26695
分子量理論値: 61.759508 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKKISRKEYV SMYGPTTGDK VRLGDTDLIA EVEHDYTIYG EELKFGGGKT LREGMSQSNN PSKEELDLII TNALIVDYTG IYKADIGIK DGKIAGIGKG GNKDMQDGVK NNLSVGPATE ALAGEGLIVT AGGIDTHIHF ISPQQIPTAF ASGVTTMIGG G TGPADGTN ...文字列:
MKKISRKEYV SMYGPTTGDK VRLGDTDLIA EVEHDYTIYG EELKFGGGKT LREGMSQSNN PSKEELDLII TNALIVDYTG IYKADIGIK DGKIAGIGKG GNKDMQDGVK NNLSVGPATE ALAGEGLIVT AGGIDTHIHF ISPQQIPTAF ASGVTTMIGG G TGPADGTN ATTITPGRRN LKWMLRAAEE YSMNLGFLAK GNASNDASLA DQIEAGAIGF KIHEDWGTTP SAINHALDVA DK YDVQVAI HTDTLNEAGC VEDTMAAIAG RTMHTFHTEG AGGGHAPDII KVAGEHNILP ASTNPTIPFT VNTEAEHMDM LMV CHHLDK SIKEDVQFAD SRIRPQTIAA EDTLHDMGIF SITSSDSQAM GRVGEVITRT WQTADKNKKE FGRLKEEKGD NDNF RIKRY LSKYTINPAI AHGISEYVGS VEVGKVADLV LWSPAFFGVK PNMIIKGGFI ALSQMGDANA SIPTPQPVYY REMFA HHGK AKYDANITFV SQAAYDKGIK EELGLERQVL PVKNCRNITK KDMQFNDTTA HIEVNPETYH VFVDGKEVTS KPANKV SLA QLFSIF

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分子 #3: Urease accessory protein UreH

分子名称: Urease accessory protein UreH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌) / 株: ATCC 700392 / 26695
分子量理論値: 30.741244 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MNTYAQESKL RLKTKIGADG RCVIEDNFFT PPFKLMAPFY PKDDLAEIML LAVSPGMMRG DAQDVQLNIG PNCKLRITSQ SFEKIHNTE DGFASRDMHI VVGENAFLDF APFPLIPFEN AHFKGNTTIS LRSSSQLLYS AIIVAGRVAR NELFKFNRLH T KISILQDE ...文字列:
MNTYAQESKL RLKTKIGADG RCVIEDNFFT PPFKLMAPFY PKDDLAEIML LAVSPGMMRG DAQDVQLNIG PNCKLRITSQ SFEKIHNTE DGFASRDMHI VVGENAFLDF APFPLIPFEN AHFKGNTTIS LRSSSQLLYS AIIVAGRVAR NELFKFNRLH T KISILQDE KPIYYDNTIL DPKTTDLNNM CMFDGYTHYL NLVLVNCPIE LSGVRECIEE SEGVDGAVSE TASSHLCVKA LA KGSEPLL HLREKIARLV TQTTTQKVWS HPQFEK

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分子 #4: Urease accessory protein UreF

分子名称: Urease accessory protein UreF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌) / 株: ATCC 700392 / 26695
分子量理論値: 28.517635 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDKGKSVKST EKSVGMPPKT PKTDNNAHVD NEFLILQVND AVFPIGSYTH SFGLETYIQQ KKVTNKESAL EYLKANLSSQ FLYTEMLSL KLTYESALQQ DLKKILGVEE VIMLSTSPME LRLANQKLGN RFIKTLQAMN ELDMGEFFNA YAQKTKDPTH A TSYGVFAA ...文字列:
MDKGKSVKST EKSVGMPPKT PKTDNNAHVD NEFLILQVND AVFPIGSYTH SFGLETYIQQ KKVTNKESAL EYLKANLSSQ FLYTEMLSL KLTYESALQQ DLKKILGVEE VIMLSTSPME LRLANQKLGN RFIKTLQAMN ELDMGEFFNA YAQKTKDPTH A TSYGVFAA SLGIELKKAL AHYLDAQTSN MVINCVKSVP LSQNDGQKIL LSLQSPFNQL IEKTLELDES HLCTASVQND IK AMQHESL YSRLYMS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: -1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -0.5 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 48.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

1e9z


詳細: Together with 4HI0
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 68516
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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