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- EMDB-34603: State - II: Spike 3-up RBD with THSC20.HVTR26 (Fab26) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34603
タイトルState - II: Spike 3-up RBD with THSC20.HVTR26 (Fab26)
マップデータState - II: Spike 3-up RBD with THSC20.HVTR26 (Fab26)
試料
  • 複合体: Wuhan SARS-CoV-2 Spike trimer complex with THSC20.HVTR26 (Fab26) [State II - 3-up RBD]
    • 複合体: THSC20.HVTR26(Fab26)
    • 複合体: Wuhan SARS-CoV-2 Spike protein
キーワードMonoclonal antibodies / SARS-CoV-2 / Cryo-EM / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / membrane fusion ...symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / membrane fusion / Attachment and Entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / endocytosis involved in viral entry into host cell / receptor ligand activity / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å
データ登録者Rencilin CF / Ansari MY / Chatterjee A / Deshpande S / Mukherjee S / Singh R / Jayatheertha S / Reddy PM / Das P / Hingankar N ...Rencilin CF / Ansari MY / Chatterjee A / Deshpande S / Mukherjee S / Singh R / Jayatheertha S / Reddy PM / Das P / Hingankar N / Rathore D / Varadarajan R / Bhattacharya J / Dutta S
資金援助 インド, 米国, 4件
OrganizationGrant number国
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/INF/22/SP22844/2017 インド
Science and Engineering Research Board (SERB)SERB-EMR/2016/000608 and SERB-IPA/2020/000094 インド
Bill & Melinda Gates FoundationINV-030592 米国
Department of Biotechnology (DBT, India)IA/TSG/19/1/600019 インド
引用ジャーナル: RSC Adv / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM reveals conformational variability in the SARS-CoV-2 spike protein RBD induced by two broadly neutralizing monoclonal antibodies.
著者: Clayton Fernando Rencilin / Arnab Chatterjee / Mohammad Yousuf Ansari / Suprit Deshpande / Sohini Mukherjee / Randhir Singh / Sowrabha B Jayatheertha / Poorvi M Reddy / Nitin Hingankar / ...著者: Clayton Fernando Rencilin / Arnab Chatterjee / Mohammad Yousuf Ansari / Suprit Deshpande / Sohini Mukherjee / Randhir Singh / Sowrabha B Jayatheertha / Poorvi M Reddy / Nitin Hingankar / Raghavan Varadarajan / Jayanta Bhattacharya / Somnath Dutta /
要旨: SARS-CoV-2 spike proteins play a critical role in infection by interacting with the ACE2 receptors. Their receptor-binding domains and N-terminal domains exhibit remarkable flexibility and can adopt ...SARS-CoV-2 spike proteins play a critical role in infection by interacting with the ACE2 receptors. Their receptor-binding domains and N-terminal domains exhibit remarkable flexibility and can adopt various conformations that facilitate receptor engagement. Previous structural studies have reported the RBD of the spike protein in "up", "down", and various intermediate states, as well as its different conformational changes during ACE2 binding. This flexibility also influences its interactions with the neutralizing antibodies, yet its role in the antibody complexes remains understudied. In this study, we used cryo-electron microscopy to investigate the structural properties of two broadly neutralizing monoclonal antibodies, THSC20.HVTR04 and THSC20.HVTR26. These antibodies were isolated from an unvaccinated individual and demonstrated potent neutralization of multiple SARS-CoV-2 variants. Our analysis revealed distinct binding characteristics and conformational changes in the spike RBD upon binding with the monoclonal antibodies. The structural characterization of the spike protein-monoclonal antibody complexes provided valuable insights into the structural variability of the spike protein and the possible mechanisms for antibody-mediated neutralization.
履歴
登録2022年10月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月8日-
マップ公開2024年5月8日-
更新2025年11月26日-
現状2025年11月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34603.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34603.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈State - II: Spike 3-up RBD with THSC20.HVTR26 (Fab26)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.92 Å/pix.
x 360 pix.
= 331.2 Å		0.92 Å/pix.
x 360 pix.
= 331.2 Å		0.92 Å/pix.
x 360 pix.
= 331.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.92 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.73
最小 - 最大-17.150950999999999 - 31.116049
平均 (標準偏差)0.000000000003438 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 331.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: State - II: Spike 3-up RBD with THSC20.HVTR26 (Fab26) Half map 1

ファイルemd_34603_half_map_1.map
注釈State - II: Spike 3-up RBD with THSC20.HVTR26 (Fab26) Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: State - II: Spike 3-up RBD with THSC20.HVTR26 (Fab26) Half map 2

ファイルemd_34603_half_map_2.map
注釈State - II: Spike 3-up RBD with THSC20.HVTR26 (Fab26) Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Wuhan SARS-CoV-2 Spike trimer complex with THSC20.HVTR26 (Fab26) ...

全体名称: Wuhan SARS-CoV-2 Spike trimer complex with THSC20.HVTR26 (Fab26) [State II - 3-up RBD]
要素
  • 複合体: Wuhan SARS-CoV-2 Spike trimer complex with THSC20.HVTR26 (Fab26) [State II - 3-up RBD]
    • 複合体: THSC20.HVTR26(Fab26)
    • 複合体: Wuhan SARS-CoV-2 Spike protein

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超分子 #1: Wuhan SARS-CoV-2 Spike trimer complex with THSC20.HVTR26 (Fab26) ...

超分子名称: Wuhan SARS-CoV-2 Spike trimer complex with THSC20.HVTR26 (Fab26) [State II - 3-up RBD]
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
株: wuhan

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超分子 #2: THSC20.HVTR26(Fab26)

超分子名称: THSC20.HVTR26(Fab26) / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Wuhan SARS-CoV-2 Spike protein

超分子名称: Wuhan SARS-CoV-2 Spike protein / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
株: Wuhan

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.75 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.25 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

31100

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 48584
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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