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万見- EMDB-33945: Cryo-EM structure of MERS-CoV spike protein, One RBD-up conformation 3 -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33945 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of MERS-CoV spike protein, One RBD-up conformation 3 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | MERS-CoV / Spike / Glycoprotein / Viral protein | |||||||||
生物種 | Human betacoronavirus 2c EMC/2012 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Hsu STD / Chang NE / Weng ZW / Yang TJ / Draczkowski P | |||||||||
資金援助 | 台湾, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2024 タイトル: Rapid simulation of glycoprotein structures by grafting and steric exclusion of glycan conformer libraries. 著者: Yu-Xi Tsai / Ning-En Chang / Klaus Reuter / Hao-Ting Chang / Tzu-Jing Yang / Sören von Bülow / Vidhi Sehrawat / Noémie Zerrouki / Matthieu Tuffery / Michael Gecht / Isabell Louise Grothaus ...著者: Yu-Xi Tsai / Ning-En Chang / Klaus Reuter / Hao-Ting Chang / Tzu-Jing Yang / Sören von Bülow / Vidhi Sehrawat / Noémie Zerrouki / Matthieu Tuffery / Michael Gecht / Isabell Louise Grothaus / Lucio Colombi Ciacchi / Yong-Sheng Wang / Min-Feng Hsu / Kay-Hooi Khoo / Gerhard Hummer / Shang-Te Danny Hsu / Cyril Hanus / Mateusz Sikora / 要旨: Most membrane proteins are modified by covalent addition of complex sugars through N- and O-glycosylation. Unlike proteins, glycans do not typically adopt specific secondary structures and remain ...Most membrane proteins are modified by covalent addition of complex sugars through N- and O-glycosylation. Unlike proteins, glycans do not typically adopt specific secondary structures and remain very mobile, shielding potentially large fractions of protein surface. High glycan conformational freedom hinders complete structural elucidation of glycoproteins. Computer simulations may be used to model glycosylated proteins but require hundreds of thousands of computing hours on supercomputers, thus limiting routine use. Here, we describe GlycoSHIELD, a reductionist method that can be implemented on personal computers to graft realistic ensembles of glycan conformers onto static protein structures in minutes. Using molecular dynamics simulation, small-angle X-ray scattering, cryoelectron microscopy, and mass spectrometry, we show that this open-access toolkit provides enhanced models of glycoprotein structures. Focusing on N-cadherin, human coronavirus spike proteins, and gamma-aminobutyric acid receptors, we show that GlycoSHIELD can shed light on the impact of glycans on the conformation and activity of complex glycoproteins. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33945.map.gz | 30.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-33945-v30.xml emd-33945.xml | 18.9 KB 18.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_33945_fsc.xml | 8.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_33945.png | 21.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-33945.cif.gz | 5.8 KB | ||
その他 | emd_33945_additional_1.map.gz emd_33945_half_map_1.map.gz emd_33945_half_map_2.map.gz | 59.7 MB 59.3 MB 59.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33945 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33945 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_33945_validation.pdf.gz | 753 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_33945_full_validation.pdf.gz | 752.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_33945_validation.xml.gz | 16.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_33945_validation.cif.gz | 21.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33945 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33945 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33945.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ |
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密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_33945_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33945_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : recombinant MERS-CoV (betacoronavirus 2c EMC 2012) fm2P Spike
全体 | 名称: recombinant MERS-CoV (betacoronavirus 2c EMC 2012) fm2P Spike |
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要素 |
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-超分子 #1: recombinant MERS-CoV (betacoronavirus 2c EMC 2012) fm2P Spike
超分子 | 名称: recombinant MERS-CoV (betacoronavirus 2c EMC 2012) fm2P Spike タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Human betacoronavirus 2c EMC/2012 (ウイルス) |
-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human betacoronavirus 2c EMC/2012 (ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MDSWFILVLL GSGLICVSAS YVDVGPDSVK SACIEVDIQQ TFFDKTWPRP IDVSKADGII YPQGRTYSNI TITYQGLFPY QGDHGDMYVY SAGHATGTTP QKLFVANYSQ DVKQFANGFV VRIGAAANST GTVIISPSTS ATIRKIYPAF MLGSSVGNFS DGKMGRFFNH ...文字列: MDSWFILVLL GSGLICVSAS YVDVGPDSVK SACIEVDIQQ TFFDKTWPRP IDVSKADGII YPQGRTYSNI TITYQGLFPY QGDHGDMYVY SAGHATGTTP QKLFVANYSQ DVKQFANGFV VRIGAAANST GTVIISPSTS ATIRKIYPAF MLGSSVGNFS DGKMGRFFNH TLVLLPDGCG TLLRAFYCIL EPRSGNHCPA GNSYTSFATY HTPATDCSDG NYNRNASLNS FKEYFNLRNC TFMYTYNITE DEILEWFGIT QTAQGVHLFS SRYVDLYGGN MFQFATLPVY DTIKYYSIIP HSIRSIQSDR KAWAAFYVYK LQPLTFLLDF SVDGYIRRAI DCGFNDLSQL HCSYESFDVE SGVYSVSSFE AKPSGSVVEQ AEGVECDFSP LLSGTPPQVY NFKRLVFTNC NYNLTKLLSL FSVNDFTCSQ ISPAAIASNC YSSLILDYFS YPLSMKSDLS VSSAGPISQF NYKQSFSNPT CLILATVPHN LTTITKPLKY SYINKCSRLL SDDRTEVPQL VNANQYSPCV SIVPSTVWED GDYYRKQLSP LEGGGWLVAS GSTVAMTEQL QMGFGITVQY GTDTNSVCPK LEFANDTKIA SQLGNCVEYS LYGVSGRGVF QNCTAVGVRQ QRFVYDAYQN LVGYYSDDGN YYCLRACVSV PVSVIYDKET KTHATLFGSV ACEHISSTMS QYSRSTRSML KRRDSTYGPL QTPVGCVLGL VNSSLFVEDC KLPLGQSLCA LPDTPSTLTP ASVGSVPGEM RLASIAFNHP IQVDQLNSSY FKLSIPTNFS FGVTQEYIQT TIQKVTVDCK QYVCNGFQKC EQLLREYGQF CSKINQALHG ANLRQDDSVR NLFASVKSSQ SSPIIPGFGG DFNLTLLEPV SISTGSRSAR SAIEDLLFDK VTIADPGYMQ GYDDCMQQGP ASARDLICAQ YVAGYKVLPP LMDVNMEAAY TSSLLGSIAG VGWTAGLSSF AAIPFAQSIF YRLNGVGITQ QVLSENQKLI ANKFNQALGA MQTGFTTTNE AFQKVQDAVN NNAQALSKLA SELSNTFGAI SASIGDIIQR LDPPEQDAQI DRLINGRLTT LNAFVAQQLV RSESAALSAQ LAKDKVNECV KAQSKRSGFC GQGTHIVSFV VNAPNGLYFM HVGYYPSNHI EVVSAYGLCD AANPTNCIAP VNGYFIKTNN TRIVDEWSYT GSSFYAPEPI TSLNTKYVAP QVTYQNISTN LPPPLLGNST GIDFQDELDE FFKNVSTSIP NFGSLTQINT TLLDLTYEML SLQQVVKALN ESYIDLKELG NYTYEFGSGG YIPEAPRDGQ AYVRKDGEWV LLSTFLKGQD NSADIQHSGR PLESRGPFEQ KLISEEDLNM HTGHHHHHH |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.6 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: -1; waiting time: 30s.. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2886 / 平均電子線量: 40.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 92000 |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
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