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- EMDB-33921: yeast TRiC-plp2 complex at S5 closed TRiC state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33921
タイトルyeast TRiC-plp2 complex at S5 closed TRiC state
マップデータ
試料
  • 複合体: TRiC-plp2 complex at C5 closed TRiC state
    • 複合体: TRiC
      • タンパク質・ペプチド: x 8種
    • 複合体: plp2
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • リガンド: x 4種
キーワードTRiC/CCT / phosducin-like protein / CHAPERONE
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to pheromone / negative regulation of chaperone-mediated protein folding / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / chaperone mediated protein folding independent of cofactor / chaperonin-containing T-complex / negative regulation of signal transduction / Neutrophil degranulation / ATP-dependent protein folding chaperone / G-protein beta/gamma-subunit complex binding ...cellular response to pheromone / negative regulation of chaperone-mediated protein folding / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / chaperone mediated protein folding independent of cofactor / chaperonin-containing T-complex / negative regulation of signal transduction / Neutrophil degranulation / ATP-dependent protein folding chaperone / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / unfolded protein binding / protein folding / actin binding / actin cytoskeleton organization / regulation of cell cycle / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / T-complex protein 1, alpha subunit / T-complex protein 1, eta subunit / T-complex protein 1, theta subunit / T-complex protein 1, zeta subunit / T-complex protein 1, delta subunit / T-complex protein 1, gamma subunit / T-complex protein 1, epsilon subunit / T-complex protein 1, beta subunit / Chaperonins TCP-1 signature 1. ...: / T-complex protein 1, alpha subunit / T-complex protein 1, eta subunit / T-complex protein 1, theta subunit / T-complex protein 1, zeta subunit / T-complex protein 1, delta subunit / T-complex protein 1, gamma subunit / T-complex protein 1, epsilon subunit / T-complex protein 1, beta subunit / Chaperonins TCP-1 signature 1. / : / Chaperonins TCP-1 signature 2. / Chaperonin TCP-1, conserved site / Chaperonins TCP-1 signature 3. / Chaperone tailless complex polypeptide 1 (TCP-1) / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
T-complex protein 1 subunit alpha / T-complex protein 1 subunit beta / T-complex protein 1 subunit gamma / T-complex protein 1 subunit delta / T-complex protein 1 subunit zeta / T-complex protein 1 subunit epsilon / T-complex protein 1 subunit eta / T-complex protein 1 subunit theta / Phosducin-like protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Han WY
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Structural basis of plp2-mediated cytoskeletal protein folding by TRiC/CCT.
著者: Wenyu Han / Mingliang Jin / Caixuan Liu / Qiaoyu Zhao / Shutian Wang / Yifan Wang / Yue Yin / Chao Peng / Yanxing Wang / Yao Cong /
要旨: The cytoskeletal proteins tubulin and actin are the obligate substrates of TCP-1 ring complex/Chaperonin containing TCP-1 (TRiC/CCT), and their folding involves co-chaperone. Through cryo-electron ...The cytoskeletal proteins tubulin and actin are the obligate substrates of TCP-1 ring complex/Chaperonin containing TCP-1 (TRiC/CCT), and their folding involves co-chaperone. Through cryo-electron microscopy analysis, we present a more complete picture of TRiC-assisted tubulin/actin folding along TRiC adenosine triphosphatase cycle, under the coordination of co-chaperone plp2. In the open S1/S2 states, plp2 and tubulin/actin engaged within opposite TRiC chambers. Notably, we captured an unprecedented TRiC-plp2-tubulin complex in the closed S3 state, engaged with a folded full-length -tubulin and loaded with a guanosine triphosphate, and a plp2 occupying opposite rings. Another closed S4 state revealed an actin in the intermediate folding state and a plp2. Accompanying TRiC ring closure, plp2 translocation could coordinate substrate translocation on the CCT6 hemisphere, facilitating substrate stabilization and folding. Our findings reveal the folding mechanism of the major cytoskeletal proteins tubulin/actin under the coordination of the biogenesis machinery TRiC and plp2 and extend our understanding of the links between cytoskeletal proteostasis and related human diseases.
履歴
登録2022年7月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月29日-
マップ公開2023年3月29日-
更新2024年7月3日-
現状2024年7月3日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33921.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33921.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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明度
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.32 Å/pix.
x 256 pix.
= 337.408 Å		1.32 Å/pix.
x 256 pix.
= 337.408 Å		1.32 Å/pix.
x 256 pix.
= 337.408 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.318 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.0032218772 - 1.9224217
平均 (標準偏差)0.0066037793 (±0.06348364)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 337.408 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33921_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_33921_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : TRiC-plp2 complex at C5 closed TRiC state

全体名称: TRiC-plp2 complex at C5 closed TRiC state
要素
  • 複合体: TRiC-plp2 complex at C5 closed TRiC state
    • 複合体: TRiC
      • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit beta
      • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit delta
      • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit epsilon
      • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit gamma
      • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit eta
      • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit theta
      • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit zeta
    • 複合体: plp2
      • タンパク質・ペプチド: Phosducin-like protein 2
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ALUMINUM FLUORIDE
  • リガンド: water

+
超分子 #1: TRiC-plp2 complex at C5 closed TRiC state

超分子名称: TRiC-plp2 complex at C5 closed TRiC state / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4, #6-#9
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
超分子 #2: TRiC

超分子名称: TRiC / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#6, #8-#9
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
超分子 #3: plp2

超分子名称: plp2 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #7

+
分子 #1: T-complex protein 1 subunit alpha

分子名称: T-complex protein 1 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 60.557566 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSQLFNNSRS DTLFLGGEKI SGDDIRNQNV LATMAVANVV KSSLGPVGLD KMLVDDIGDF TVTNDGATIL SLLDVQHPAG KILVELAQQ QDREIGDGTT SVVIIASELL KRANELVKNK IHPTTIITGF RVALREAIRF INEVLSTSVD TLGKETLINI A KTSMSSKI ...文字列:
MSQLFNNSRS DTLFLGGEKI SGDDIRNQNV LATMAVANVV KSSLGPVGLD KMLVDDIGDF TVTNDGATIL SLLDVQHPAG KILVELAQQ QDREIGDGTT SVVIIASELL KRANELVKNK IHPTTIITGF RVALREAIRF INEVLSTSVD TLGKETLINI A KTSMSSKI IGADSDFFSN MVVDALLAVK TQNSKGEIKY PVKAVNVLKA HGKSATESLL VPGYALNCTV ASQAMPKRIA GG NVKIACL DLNLQKARMA MGVQINIDDP EQLEQIRKRE AGIVLERVKK IIDAGAQVVL TTKGIDDLCL KEFVEAKIMG VRR CKKEDL RRIARATGAT LVSSMSNLEG EETFESSYLG LCDEVVQAKF SDDECILIKG TSKHSSSSII LRGANDYSLD EMER SLHDS LSVVKRTLES GNVVPGGGCV EAALNIYLDN FATTVGSREQ LAIAEFAAAL LIIPKTLAVN AAKDSSELVA KLRSY HAAS QMAKPEDVKR RSYRNYGLDL IRGKIVDEIH AGVLEPTISK VKSLKSALEA CVAILRIDTM ITVDPEPPKE DPHDH

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit alpha

+
分子 #2: T-complex protein 1 subunit beta

分子名称: T-complex protein 1 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 57.276254 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSVQIFGDQV TEERAENARL SAFVGAIAVG DLVKSTLGPK GMDKLLQSAS SNTCMVTNDG ATILKSIPLD NPAAKVLVNI SKVQDDEVG DGTTSVTVLS AELLREAEKL IDQSKIHPQT IIEGYRLASA AALDALTKAA VDNSHDKTMF REDLIHIAKT T LSSKILSQ ...文字列:
MSVQIFGDQV TEERAENARL SAFVGAIAVG DLVKSTLGPK GMDKLLQSAS SNTCMVTNDG ATILKSIPLD NPAAKVLVNI SKVQDDEVG DGTTSVTVLS AELLREAEKL IDQSKIHPQT IIEGYRLASA AALDALTKAA VDNSHDKTMF REDLIHIAKT T LSSKILSQ DKDHFAELAT NAILRLKGST NLEHIQIIKI LGGKLSDSFL DEGFILAKKF GNNQPKRIEN AKILIANTTL DT DKVKIFG TKFKVDSTAK LAQLEKAERE KMKNKIAKIS KFGINTFINR QLIYDYPEQL FTDLGINSIE HADFEGVERL ALV TGGEVV STFDEPSKCK LGECDVIEEI MLGEQPFLKF SGCKAGEACT IVLRGATDQT LDEAERSLHD ALSVLSQTTK ETRT VLGGG CAEMVMSKAV DTEAQNIDGK KSLAVEAFAR ALRQLPTILA DNAGFDSSEL VSKLRSSIYN GISTSGLDLN NGTIA DMRQ LGIVESYKLK RAVVSSASEA AEVLLRVDNI IRARPRTANR QHM

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit beta

+
分子 #3: T-complex protein 1 subunit delta

分子名称: T-complex protein 1 subunit delta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 57.68241 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSAKVPSNAT FKNKEKPQEV RKANIIAARS VADAIRTSLG PKGMDKMIKT SRGEIIISND GHTILKQMAI LHPVARMLVE VSAAQDSEA GDGTTSVVIL TGALLGAAER LLNKGIHPTI IADSFQSAAK RSVDILLEMC HKVSLSDREQ LVRAASTSLS S KIVSQYSS ...文字列:
MSAKVPSNAT FKNKEKPQEV RKANIIAARS VADAIRTSLG PKGMDKMIKT SRGEIIISND GHTILKQMAI LHPVARMLVE VSAAQDSEA GDGTTSVVIL TGALLGAAER LLNKGIHPTI IADSFQSAAK RSVDILLEMC HKVSLSDREQ LVRAASTSLS S KIVSQYSS FLAPLAVDSV LKISDENSKN VDLNDIRLVK KVGGTIDDTE MIDGVVLTQT AIKSAGGPTR KEKAKIGLIQ FQ ISPPKPD TENNIIVNDY RQMDKILKEE RAYLLNICKK IKKAKCNVLL IQKSILRDAV NDLALHFLSK LNIMVVKDIE REE IEFLSK GLGCKPIADI ELFTEDRLGS ADLVEEIDSD GSKIVRVTGI RNNNARPTVS VVIRGANNMI IDETERSLHD ALCV IRCLV KERGLIAGGG APEIEISRRL SKEARSMEGV QAFIWQEFAS ALEVIPTTLA ENAGLNSIKV VTELRSKHEN GELND GISV RRSGTTNTYE EHILQPVLVS TSAITLASEC VKSILRIDDI AFSR

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit delta

+
分子 #4: T-complex protein 1 subunit epsilon

分子名称: T-complex protein 1 subunit epsilon / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 61.995004 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MAARPQQPPM EMPDLSNAIV AQDEMGRPFI IVKDQGNKKR QHGLEAKKSH ILAARSVASI IKTSLGPRGL DKILISPDGE ITITNDGAT ILSQMELDNE IAKLLVQLSK SQDDEIGDGT TGVVVLASAL LDQALELIQK GIHPIKIANG FDEAAKLAIS K LEETCDDI ...文字列:
MAARPQQPPM EMPDLSNAIV AQDEMGRPFI IVKDQGNKKR QHGLEAKKSH ILAARSVASI IKTSLGPRGL DKILISPDGE ITITNDGAT ILSQMELDNE IAKLLVQLSK SQDDEIGDGT TGVVVLASAL LDQALELIQK GIHPIKIANG FDEAAKLAIS K LEETCDDI SASNDELFRD FLLRAAKTSL GSKIVSKDHD RFAEMAVEAV INVMDKDRKD VDFDLIKMQG RVGGSISDSK LI NGVILDK DFSHPQMPKC VLPKEGSDGV KLAILTCPFE PPKPKTKHKL DISSVEEYQK LQTYEQDKFK EMIDDVKKAG ADV VICQWG FDDEANHLLL QNDLPAVRWV GGQELEHIAI STNGRIVPRF QDLSKDKLGT CSRIYEQEFG TTKDRMLIIE QSKE TKTVT CFVRGSNKMI VDEAERALHD SLCVVRNLVK DSRVVYGGGA AEVTMSLAVS EEADKQRGID QYAFRGFAQA LDTIP MTLA ENSGLDPIGT LSTLKSKQLK EKISNIGVDC LGYGSNDMKE LFVVDPFIGK KQQILLATQL CRMILKIDNV IISGKD EY

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit epsilon

+
分子 #5: T-complex protein 1 subunit gamma

分子名称: T-complex protein 1 subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5
詳細: fusion protein of T-complex protein 1 subunit gamma,rep-His-CBP and T-complex protein 1 subunit gamma
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 65.423387 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MQAPVVFMNA SQERTTGRQA QISNITAAKA VADVIRTCLG PKAMLKMLLD PMGGLVLTND GHAILREIDV AHPAAKSMLE LSRTQDEEV GDGTTTVIIL AGEILAQCAP YLIEKNIHPV IIIQALKKAL TDALEVIKQV SKPVDVENDA AMKKLIQASI G TKYVIHWS ...文字列:
MQAPVVFMNA SQERTTGRQA QISNITAAKA VADVIRTCLG PKAMLKMLLD PMGGLVLTND GHAILREIDV AHPAAKSMLE LSRTQDEEV GDGTTTVIIL AGEILAQCAP YLIEKNIHPV IIIQALKKAL TDALEVIKQV SKPVDVENDA AMKKLIQASI G TKYVIHWS EKMCELALDA VKTVRKDLGQ TVEGEPNFEI DIKRYVRVEK IPGGDVLDSR VLKGVLLNKD VVHPKMSRHI EN PRVVLLD CPLEYKKGES QTNIEIEKEE DWNRILQIEE EQVQLMCEQI LAVRPTLVIT EKGVSDLAQH YLLKGGCSVL RRV KKSDNN RIARVTGATI VNRVEDLKES DVGTNCGLFK VEMIGDEYFS FLDNCKEPLE GSGSGWSHPQ FEKGSGKRRW KKNF IAVSA ANRFKKISSS GALGSGHHHH HHHHGSGLQK ACTIMLRGGS KDILNEIDRN LQDAMAVARN VMLSPSLSPG GGATE MAVS VKLAEKAKQL EGIQQWPYQA VADAMECIPR TLIQNAGGDP IRLLSQLRAK HAQGNFTTGI DGDKGKIVDM VSYGIW EPE VIKQQSVKTA IESACLLLRV DDIVSGVRKQ E

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit gamma, T-complex protein 1 subunit gamma

+
分子 #6: T-complex protein 1 subunit eta

分子名称: T-complex protein 1 subunit eta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 59.802438 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MNFGSQTPTI VVLKEGTDAS QGKGQIISNI NACVAVQEAL KPTLGPLGSD ILIVTSNQKT TISNDGATIL KLLDVVHPAA KTLVDISRA QDAEVGDGTT SVTILAGELM KEAKPFLEEG ISSHLIMKGY RKAVSLAVEK INELAVDITS EKSSGRELLE R CARTAMSS ...文字列:
MNFGSQTPTI VVLKEGTDAS QGKGQIISNI NACVAVQEAL KPTLGPLGSD ILIVTSNQKT TISNDGATIL KLLDVVHPAA KTLVDISRA QDAEVGDGTT SVTILAGELM KEAKPFLEEG ISSHLIMKGY RKAVSLAVEK INELAVDITS EKSSGRELLE R CARTAMSS KLIHNNADFF VKMCVDAVLS LDRNDLDDKL IGIKKIPGGA MEESLFINGV AFKKTFSYAG FEQQPKKFNN PK ILSLNVE LELKAEKDNA EVRVEHVEDY QAIVDAEWQL IFEKLRQVEE TGANIVLSKL PIGDLATQFF ADRNIFCAGR VSA DDMNRV IQAVGGSIQS TTSDIKPEHL GTCALFEEMQ IGSERYNLFQ GCPQAKTCTL LLRGGAEQVI AEVERSLHDA IMIV KRALQ NKLIVAGGGA TEMEVSKCLR DYSKTIAGKQ QMIINAFAKA LEVIPRQLCE NAGFDAIEIL NKLRLAHSKG EKWYG VVFE TENIGDNFAK FVWEPALVKI NALNSATEAT NLILSVDETI TNKGSESANA GMMPPQGAGR GRGMPM

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit eta

+
分子 #7: Phosducin-like protein 2

分子名称: Phosducin-like protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 32.83627 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MQNEPMFQVQ VDESEDSEWN DILRAKGVIP ERAPSPTAKL EEALEEAIAK QHENRLEDKD LSDLEELEDD EDEDFLEAYK IKRLNEIRK LQERSKFGEV FHINKPEYNK EVTLASQGKK YEGAQTNDNG EEDDGGVYVF VHLSLQSKLQ SRILSHLFQS A ACKFREIK ...文字列:
MQNEPMFQVQ VDESEDSEWN DILRAKGVIP ERAPSPTAKL EEALEEAIAK QHENRLEDKD LSDLEELEDD EDEDFLEAYK IKRLNEIRK LQERSKFGEV FHINKPEYNK EVTLASQGKK YEGAQTNDNG EEDDGGVYVF VHLSLQSKLQ SRILSHLFQS A ACKFREIK FVEIPANRAI ENYPESNCPT LIVYYRGEVI KNMITLLELG GNNSKMEDFE DFMVKVGAVA EGDNRLIMNR DD EESREER KLHYGEKKSI RSGIRGKFNV GIGGNDDGNI NDDDDGFFD

UniProtKB: Phosducin-like protein 2

+
分子 #8: T-complex protein 1 subunit theta

分子名称: T-complex protein 1 subunit theta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 61.735102 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSLRLPQNPN AGLFKQGYNS YSNADGQIIK SIAAIRELHQ MCLTSMGPCG RNKIIVNHLG KIIITNDAAT MLRELDIVHP AVKVLVMAT EQQKIDMGDG TNLVMILAGE LLNVSEKLIS MGLSAVEIIQ GYNMARKFTL KELDEMVVGE ITDKNDKNEL L KMIKPVIS ...文字列:
MSLRLPQNPN AGLFKQGYNS YSNADGQIIK SIAAIRELHQ MCLTSMGPCG RNKIIVNHLG KIIITNDAAT MLRELDIVHP AVKVLVMAT EQQKIDMGDG TNLVMILAGE LLNVSEKLIS MGLSAVEIIQ GYNMARKFTL KELDEMVVGE ITDKNDKNEL L KMIKPVIS SKKYGSEDIL SELVSEAVSH VLPVAQQAGE IPYFNVDSIR VVKIMGGSLS NSTVIKGMVF NREPEGHVKS LS EDKKHKV AVFTCPLDIA NTETKGTVLL HNAQEMLDFS KGEEKQIDAM MKEIADMGVE CIVAGAGVGE LALHYLNRYG ILV LKVPSK FELRRLCRVC GATPLPRLGA PTPEELGLVE TVKTMEIGGD RVTVFKQEQG EISRTSTIIL RGATQNNLDD IERA IDDGV AAVKGLMKPS GGKLLPGAGA TEIELISRIT KYGERTPGLL QLAIKQFAVA FEVVPRTLAE TAGLDVNEVL PNLYA AHNV TEPGAVKTDH LYKGVDIDGE SDEGVKDIRE ENIYDMLATK KFAINVATEA ATTVLSIDQI IMAKKAGGPR APQGPR PGN WDQED

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit theta

+
分子 #9: T-complex protein 1 subunit zeta

分子名称: T-complex protein 1 subunit zeta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 59.997559 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSLQLLNPKA ESLRRDAALK VNVTSAEGLQ SVLETNLGPK GTLKMLVDGA GNIKLTKDGK VLLTEMQIQS PTAVLIARAA AAQDEITGD GTTTVVCLVG ELLRQAHRFI QEGVHPRIIT DGFEIARKES MKFLDEFKIS KTNLSNDREF LLQVARSSLL T KVDADLTE ...文字列:
MSLQLLNPKA ESLRRDAALK VNVTSAEGLQ SVLETNLGPK GTLKMLVDGA GNIKLTKDGK VLLTEMQIQS PTAVLIARAA AAQDEITGD GTTTVVCLVG ELLRQAHRFI QEGVHPRIIT DGFEIARKES MKFLDEFKIS KTNLSNDREF LLQVARSSLL T KVDADLTE VLTPIVTDAV LSVYDAQADN LDLHMVEIMQ MQHLSPKDTT FIKGLVLDHG GRHPDMPTRV KNAYVLILNV SL EYEKTEV NSGFFYSSAD QRDKLAASER KFVDAKLKKI IDLKNEVCGM DPDKGFVIIN QKGIDPMSLD VFAKHNILAL RRA KRRNME RLQLVTGGEA QNSVEDLSPQ ILGFSGLVYQ ETIGEEKFTY VTENTDPKSC TILIKGSTHY ALAQTKDAVR DGLR AVANV LKDKNIIPGA GAFYIALSRY LRSANMNKLG AKGKTKTGIE AFAEALLVIP KTLVKNSGFD PLDVLAMVED ELDDA QDSD ETRYVGVDLN IGDSCDPTIE GIWDSYRVLR NAITGATGIA SNLLLCDELL RAGRSTLKET PQ

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit zeta

+
分子 #10: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 16 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #11: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 16 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #12: ALUMINUM FLUORIDE

分子名称: ALUMINUM FLUORIDE / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 14 / 式: AF3
分子量理論値: 83.977 Da
Chemical component information

ChemComp-AF3:
ALUMINUM FLUORIDE / トリフルオロアルミニウム

+
分子 #13: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 14 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 38.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

0758

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 178976
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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