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- EMDB-33501: Structure of photosynthetic LH1-RC super-complex of Rhodopila glo... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33501
タイトルStructure of photosynthetic LH1-RC super-complex of Rhodopila globiformis
マップデータ
試料
  • 複合体: Photosynthetic LH1-RC complex from the purple phototrophic bacterium Rhodopila globiformis
    • タンパク質・ペプチド: x 7種
  • リガンド: x 12種
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle inner membrane / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / membrane => GO:0016020 / electron transfer activity / iron ion binding ...organelle inner membrane / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / membrane => GO:0016020 / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Light-harvesting protein B beta chain ...Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Antenna complex alpha/beta subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / Multiheme cytochrome superfamily / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosynthetic reaction center subunit H / Reaction center protein L chain / Light-harvesting protein / Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit / Light-harvesting protein / Reaction center protein M chain
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodopila globiformis (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Tani K / Kanno R / Kurosawa K / Takaichi S / Nagashima KVP / Hall M / Yu L-J / Kimura Y / Madigan MT / Mizoguchi A ...Tani K / Kanno R / Kurosawa K / Takaichi S / Nagashima KVP / Hall M / Yu L-J / Kimura Y / Madigan MT / Mizoguchi A / Humbel BM / Wang-Otomo Z-Y
資金援助 日本, 6件
OrganizationGrant number国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101118 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101116 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP16H04174 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP18H05153 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H05086 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H02856 日本
引用
ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: An LH1-RC photocomplex from an extremophilic phototroph provides insight into origins of two photosynthesis proteins.
著者: Kazutoshi Tani / Ryo Kanno / Keigo Kurosawa / Shinichi Takaichi / Kenji V P Nagashima / Malgorzata Hall / Long-Jiang Yu / Yukihiro Kimura / Michael T Madigan / Akira Mizoguchi / Bruno M ...著者: Kazutoshi Tani / Ryo Kanno / Keigo Kurosawa / Shinichi Takaichi / Kenji V P Nagashima / Malgorzata Hall / Long-Jiang Yu / Yukihiro Kimura / Michael T Madigan / Akira Mizoguchi / Bruno M Humbel / Zheng-Yu Wang-Otomo /
要旨: Rhodopila globiformis is the most acidophilic of anaerobic purple phototrophs, growing optimally in culture at pH 5. Here we present a cryo-EM structure of the light-harvesting 1-reaction center (LH1- ...Rhodopila globiformis is the most acidophilic of anaerobic purple phototrophs, growing optimally in culture at pH 5. Here we present a cryo-EM structure of the light-harvesting 1-reaction center (LH1-RC) complex from Rhodopila globiformis at 2.24 Å resolution. All purple bacterial cytochrome (Cyt, encoded by the gene pufC) subunit-associated RCs with known structures have their N-termini truncated. By contrast, the Rhodopila globiformis RC contains a full-length tetra-heme Cyt with its N-terminus embedded in the membrane forming an α-helix as the membrane anchor. Comparison of the N-terminal regions of the Cyt with PufX polypeptides widely distributed in Rhodobacter species reveals significant structural similarities, supporting a longstanding hypothesis that PufX is phylogenetically related to the N-terminus of the RC-bound Cyt subunit and that a common ancestor of phototrophic Proteobacteria contained a full-length tetra-heme Cyt subunit that evolved independently through partial deletions of its pufC gene. Eleven copies of a novel γ-like polypeptide were also identified in the bacteriochlorophyll a-containing Rhodopila globiformis LH1 complex; γ-polypeptides have previously been found only in the LH1 of bacteriochlorophyll b-containing species. These features are discussed in relation to their predicted functions of stabilizing the LH1 structure and regulating quinone transport under the warm acidic conditions.
#1: ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: An LH1-RC photocomplex from an extremophilic phototroph provides insight into origins of two photosynthesis proteins
著者: Tani K / Kanno R / Kurosawa K / Takaichi S / Nagashima KVP / Hall M / Yu L-J / Kimura Y / Madigan MT / Mizoguchi A / Humbel BM / Wang-Otomo Z-Y
履歴
登録2022年5月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月16日-
マップ公開2022年11月16日-
更新2022年11月23日-
現状2022年11月23日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33501.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33501.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.03
最小 - 最大-0.10491291 - 0.3155316
平均 (標準偏差)9.0753754e-05 (±0.0074678315)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 328.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map of odd number

ファイルemd_33501_half_map_1.map
注釈half map of odd number
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map of even number

ファイルemd_33501_half_map_2.map
注釈half map of even number
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Photosynthetic LH1-RC complex from the purple phototrophic bacter...

全体名称: Photosynthetic LH1-RC complex from the purple phototrophic bacterium Rhodopila globiformis
要素
  • 複合体: Photosynthetic LH1-RC complex from the purple phototrophic bacterium Rhodopila globiformis
    • タンパク質・ペプチド: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein L chain
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein M chain
    • タンパク質・ペプチド: Photosynthetic reaction center H subunit
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting protein
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting protein
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting protein LH1 Gamma-like
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
  • リガンド: BACTERIOCHLOROPHYLL A
  • リガンド: BACTERIOPHEOPHYTIN A
  • リガンド: UBIQUINONE-10
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: MENAQUINONE-9
  • リガンド: (6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E},18~{E},20~{E},22~{E},24~{E},26~{E},28~{E})-2,31-dimethoxy-2,6,10,14,19,23,27,31-octamethyl-dotriaconta-6,8,10,12,14,16,18,20,22,24,26,28-dodecaen-5-one
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
  • リガンド: water

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超分子 #1: Photosynthetic LH1-RC complex from the purple phototrophic bacter...

超分子名称: Photosynthetic LH1-RC complex from the purple phototrophic bacterium Rhodopila globiformis
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Rhodopila globiformis (バクテリア)
分子量理論値: 400 KDa

+
分子 #1: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit

分子名称: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodopila globiformis (バクテリア)
分子量理論値: 37.945188 KDa
配列文字列: MNTGVQAALA AAAVAAVAVA GVVFGTFERP PIETVQRGAR GLAMSELYNP RFLAETRAEN VVPASLPRLP DVGLKAGEVY HNVQVLKDV SVGNFTRLMA SMTTWVAPQQ GCGYCHNTNN MASDAKYTKV VARRMIQMVQ HINQDWKVHV MANAPTGVVC Y TCHRGNPV ...文字列:
MNTGVQAALA AAAVAAVAVA GVVFGTFERP PIETVQRGAR GLAMSELYNP RFLAETRAEN VVPASLPRLP DVGLKAGEVY HNVQVLKDV SVGNFTRLMA SMTTWVAPQQ GCGYCHNTNN MASDAKYTKV VARRMIQMVQ HINQDWKVHV MANAPTGVVC Y TCHRGNPV PKNIWFNNPG PLQAGGYAEA EIGKNHPAPF ANNSSLPLDP FTPFLEHAEN IRVQATQALP GTDNSSIKQT YW TYALMAS FTQALGVNCT YCHDSRLWES WDMAPPQRVT AWYGIRMVRD LNNNFLDPLK TTFPDYRRGP LGDSPKVWCA TCH NGVYKP LFGKSMVTTF PELTKVSQ

+
分子 #2: Reaction center protein L chain

分子名称: Reaction center protein L chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodopila globiformis (バクテリア)
分子量理論値: 30.697746 KDa
配列文字列: MAMLSFEPKY RTRGGTLIGG DLFDFWVGPL WVGFFGVTAA FFAILGTLLI VWAAALGPTW NIWRINIAPP DISYGLAFAP LREGGLWQL ITVCACGAFV SWALRQVEIA RKLGMGLHIP FAFSFAILAY FTLVVFRPLL MGAWGYGFPY GILSHLDWVS N TGYQYLHF ...文字列:
MAMLSFEPKY RTRGGTLIGG DLFDFWVGPL WVGFFGVTAA FFAILGTLLI VWAAALGPTW NIWRINIAPP DISYGLAFAP LREGGLWQL ITVCACGAFV SWALRQVEIA RKLGMGLHIP FAFSFAILAY FTLVVFRPLL MGAWGYGFPY GILSHLDWVS N TGYQYLHF HYNPAHMIAI SFFFTNALAL ALHGSLILSA ANPPKGEVVK GAEQENGYFR DVIGYSIGTL GIHRLGVFLA VS AAFWSAV CIIISGPFWT RGWPEWWSWW LNLPMWSH

+
分子 #3: Reaction center protein M chain

分子名称: Reaction center protein M chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodopila globiformis (バクテリア)
分子量理論値: 36.345332 KDa
配列文字列: MPEFQNVFTR VQVKGPVHMG VPLPRGSWAR TGKPFHLYLL GLIGDAQIGP IYLGFSGVAS IIFGFIAIEI IGFNMLASVD WSVPEFFRQ FFWLALEPPA PKYGLGLAPL AEGGWWGMAG FFLTASILLW WVRMYRRARA LGLGTHTAWA FASAIFLYLS L GFIRPILM ...文字列:
MPEFQNVFTR VQVKGPVHMG VPLPRGSWAR TGKPFHLYLL GLIGDAQIGP IYLGFSGVAS IIFGFIAIEI IGFNMLASVD WSVPEFFRQ FFWLALEPPA PKYGLGLAPL AEGGWWGMAG FFLTASILLW WVRMYRRARA LGLGTHTAWA FASAIFLYLS L GFIRPILM GCWCEAPPFG IFPHLDWTAA FSLRYGNLFY NPFHMLSIAF LYGSAVLFAM HGGTVLATTR FGGEREVEQI TD RGTAGER AMLFWRWTMG FNATFESIHR WGWWFAVLVT LTGGIGILLT GTVVDNWFLW GVKHGIAAPW PNVFPHVVDP ALL ATGVGK

+
分子 #4: Photosynthetic reaction center H subunit

分子名称: Photosynthetic reaction center H subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodopila globiformis (バクテリア)
分子量理論値: 28.383367 KDa
配列文字列: MEIGAITQQI DAAQLVLYTF WLFFAGLIIY LRMEDKREGY PLVTEIPGKF LEGFPPMPAP KTFILTHNQG TVTVPRAVPR AEIEYKAEP CAAWPGAPHE PVGPNKMLSG AGPSGYALRF DTPEPTFDTG VPRMAPMRVA TDHVFDEDGP NPIGYDLVGF D GIVAGKIT ...文字列:
MEIGAITQQI DAAQLVLYTF WLFFAGLIIY LRMEDKREGY PLVTEIPGKF LEGFPPMPAP KTFILTHNQG TVTVPRAVPR AEIEYKAEP CAAWPGAPHE PVGPNKMLSG AGPSGYALRF DTPEPTFDTG VPRMAPMRVA TDHVFDEDGP NPIGYDLVGF D GIVAGKIT DAWVDREESL VRYLEAKLTN DKSILVPMPL SRVKDSTGQV LLASLKGEQV LEAPTLANPD QVTLREEDRI AA YFASGHL YATQARQESI L

+
分子 #5: Light-harvesting protein

分子名称: Light-harvesting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodopila globiformis (バクテリア)
分子量理論値: 7.048523 KDa
配列文字列:
(FME)WRMWLLFDP RRILVALGVF LFVLALLIHF ILLSTDRFNW LDGPHRGAVA AQMAPLPAPV K

+
分子 #6: Light-harvesting protein

分子名称: Light-harvesting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodopila globiformis (バクテリア)
分子量理論値: 7.877075 KDa
配列文字列:
MTPGGPSITG LTEAEAKEFH GIFITSFIVF TVIAIVAHLL AWQWRPWLPA VTGYGTAMND AVSFIHATIS QLA

+
分子 #7: Light-harvesting protein LH1 Gamma-like

分子名称: Light-harvesting protein LH1 Gamma-like / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 11 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodopila globiformis (バクテリア)
分子量理論値: 2.542199 KDa
配列文字列:
(FME)AMVWMWILI APAIGIVLLS RQ

+
分子 #8: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 4 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

+
分子 #9: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-...

分子名称: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 18 / 式: PGV
分子量理論値: 749.007 Da
Chemical component information

ChemComp-PGV:
(1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / リン脂質*YM

+
分子 #10: BACTERIOCHLOROPHYLL A

分子名称: BACTERIOCHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 36 / 式: BCL
分子量理論値: 911.504 Da
Chemical component information

ChemComp-BCL:
BACTERIOCHLOROPHYLL A

+
分子 #11: BACTERIOPHEOPHYTIN A

分子名称: BACTERIOPHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 2 / 式: BPH
分子量理論値: 889.215 Da
Chemical component information

ChemComp-BPH:
BACTERIOPHEOPHYTIN A / バクテリオフェオフィチン

+
分子 #12: UBIQUINONE-10

分子名称: UBIQUINONE-10 / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 4 / 式: U10
分子量理論値: 863.343 Da
Chemical component information

ChemComp-U10:
UBIQUINONE-10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略)

+
分子 #13: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 5 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #14: FE (III) ION

分子名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 1 / 式: FE
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #15: MENAQUINONE-9

分子名称: MENAQUINONE-9 / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 1 / 式: MQ9
分子量理論値: 785.233 Da
Chemical component information

ChemComp-MQ9:
MENAQUINONE-9

+
分子 #16: (6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E},18~{E},20~{E},22~{E},24~...

分子名称: (6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E},18~{E},20~{E},22~{E},24~{E},26~{E},28~{E})-2,31-dimethoxy-2,6,10,14,19,23,27,31-octamethyl-dotriaconta-6,8,10,12,14,16,18,20,22,24,26,28-dodecaen-5-one
タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 17 / 式: I7D
分子量理論値: 612.924 Da
Chemical component information

ChemComp-I7D:
(6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E},18~{E},20~{E},22~{E},24~{E},26~{E},28~{E})-2,31-dimethoxy-2,6,10,14,19,23,27,31-octamethyl-dotriaconta-6,8,10,12,14,16,18,20,22,24,26,28-dodecaen-5-one / 1,1′-ジメトキシ-3′,4′-ジデヒドロ-1,1′,2,2′-テトラヒドロ-ψ,ψ-カロテン-4-オン

+
分子 #17: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 9 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #18: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine

分子名称: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 1 / 式: PEE
分子量理論値: 744.034 Da
Chemical component information

ChemComp-PEE:
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE, リン脂質*YM

+
分子 #19: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 538 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP
詳細This sample was monodisperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 38.9 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 128119
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5y5s

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 40 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7xxf:
Structure of photosynthetic LH1-RC super-complex of Rhodopila globiformis

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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