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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32575 | |||||||||
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タイトル | CVB5 expended empty particle | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | CVB5 E-particle / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / DNA replication / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Coxsackievirus B5 (コクサッキーウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 2.95 Å | |||||||||
データ登録者 | Yang P / Wang K | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2022 タイトル: Atomic Structures of Coxsackievirus B5 Provide Key Information on Viral Evolution and Survival. 著者: Peng Yang / Dawei Shi / Jianmeng Fu / Li Zhang / Ruihong Chen / Binyang Zheng / Xiangxi Wang / Sihong Xu / Ling Zhu / Kang Wang / 要旨: Coxsackie virus B5 (CVB5), a main serotype in human Enterovirus B (EVB), can cause severe viral encephalitis and aseptic meningitis among infants and children. Currently, there is no approved vaccine ...Coxsackie virus B5 (CVB5), a main serotype in human Enterovirus B (EVB), can cause severe viral encephalitis and aseptic meningitis among infants and children. Currently, there is no approved vaccine or antiviral therapy available against CVB5 infection. Here, we determined the atomic structures of CVB5 in three forms: mature full (F) particle (2.73 Å), intermediate altered (A) particle (2.81 Å), and procapsid empty (E) particle (2.95 Å). Structural analysis of F particle of CVB5 unveiled similar structures of "canyon," "puff," and "knob" as those other EV-Bs. We observed structural rearrangements that are alike during the transition from F to A particle, indicative of similar antigenicity, cell entry, and uncoating mechanisms shared by all EV-Bs. Further comparison of structures and sequences among all structure-known EV-Bs revealed that while the residues targeted by neutralizing MAbs are diversified and drive the evolution of EV-Bs, the relative conserved residues recognized by uncoating receptors could serve as the basis for the development of antiviral vaccines and therapeutics. As one of the main serotypes in Enterovirus B, CVB5 has been commonly reported in recent years. The atomic structures of CVB5 shown here revealed classical features found in EV-Bs and the structural rearrangement occurring during particle expansion and uncoating. Also, structure- and sequence-based comparison between CVB5 and other structure-known EV-Bs screened out key domains important for viral evolution and survival. All these provide insights into the development of vaccine and therapeutics for EV-Bs. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_32575.map.gz | 166.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-32575-v30.xml emd-32575.xml | 12 KB 12 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_32575.png | 51.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-32575.cif.gz | 5.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32575 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32575 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_32575_validation.pdf.gz | 751.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_32575_full_validation.pdf.gz | 751.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_32575_validation.xml.gz | 6.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_32575_validation.cif.gz | 8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32575 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32575 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7wl3MC 7xb2C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_32575.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.329 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Coxsackievirus B5
全体 | 名称: Coxsackievirus B5 (コクサッキーウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Coxsackievirus B5
超分子 | 名称: Coxsackievirus B5 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 12074 / 生物種: Coxsackievirus B5 / ウイルスタイプ: VIROID / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 339.9 Å |
-分子 #1: Capsid protein
分子 | 名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Coxsackievirus B5 (コクサッキーウイルス) |
分子量 | 理論値: 25.928107 KDa |
配列 | 文字列: NYHSRSESTV ENFLCRSACV FYTTYRNHGT DGDNFGYWVI NTRQVAQLRR KLEMFTYARF DLELTFVITS TQEQSTIQGQ DSPVLTHQI MYVPPGGPVP TKVNSYSWQT STNPSVFWTE GSAPPRMSIP FISIGNAYSM FYDGWAKFDK QGTYGINTLN N MGTLYMRH ...文字列: NYHSRSESTV ENFLCRSACV FYTTYRNHGT DGDNFGYWVI NTRQVAQLRR KLEMFTYARF DLELTFVITS TQEQSTIQGQ DSPVLTHQI MYVPPGGPVP TKVNSYSWQT STNPSVFWTE GSAPPRMSIP FISIGNAYSM FYDGWAKFDK QGTYGINTLN N MGTLYMRH VNDGSPGPIV STVRIYFKPK HVKTWVPRPP RLCQYQKAGN VNFEPTGVTE SRTDITTMQ UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #2: Genome polyprotein
分子 | 名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: picornain 2A |
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由来(天然) | 生物種: Coxsackievirus B5 (コクサッキーウイルス) |
分子量 | 理論値: 27.185674 KDa |
配列 | 文字列: RVRSITLGNS TITTQECANV VVGYGVWPTY LNDDEATAED QPTQPDVATC RFYTLESVMW QQSSPGWWWK FPDALSNMGL FGQNMQYHY LGRAGYTVHV QCNASKFHQG CLLVVCVPEA EMGCATLANK PDQKSLSNGE TANMFESQNS TGQTAVQANV I NAGMGVGV ...文字列: RVRSITLGNS TITTQECANV VVGYGVWPTY LNDDEATAED QPTQPDVATC RFYTLESVMW QQSSPGWWWK FPDALSNMGL FGQNMQYHY LGRAGYTVHV QCNASKFHQG CLLVVCVPEA EMGCATLANK PDQKSLSNGE TANMFESQNS TGQTAVQANV I NAGMGVGV GNLTIFPHQW INLRTNNSAT IVMPYINSVP MDNMFRHNNF TLMIIPFAPL SYSTGATTYV PITVTVAPMC AE YNGLRLA UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #3: Genome polyprotein
分子 | 名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: picornain 2A |
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由来(天然) | 生物種: Coxsackievirus B5 (コクサッキーウイルス) |
分子量 | 理論値: 26.163672 KDa |
配列 | 文字列: GLPTMLTPGS NQFLTSDDFQ SPSAMPQFDV TPEMDIPGQV NNLMEIAEVD SVVPVNNTEG KVLSIESYQI PVQSNSTNGS QVFGFPLMP GASSVLNRTL LGEILNYYTH WSGSIKLTFM FCGSAMATGK FLLAYSPPGA GAPTTRKEAM LGTHVIWDVG L QSSCVLCI ...文字列: GLPTMLTPGS NQFLTSDDFQ SPSAMPQFDV TPEMDIPGQV NNLMEIAEVD SVVPVNNTEG KVLSIESYQI PVQSNSTNGS QVFGFPLMP GASSVLNRTL LGEILNYYTH WSGSIKLTFM FCGSAMATGK FLLAYSPPGA GAPTTRKEAM LGTHVIWDVG L QSSCVLCI PWISQTHYRY VVVDEYTAGG YITCWYQTNI VVPADTQSDC KILCFVSACN DFSVRMLKDT PFIKQDNFYQ UniProtKB: Genome polyprotein |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Phosphotungstic acid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 14497 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-7wl3: |