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- EMDB-32526: Cryo-EM structure of LY341495/NAM-bound mGlu3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32526
タイトルCryo-EM structure of LY341495/NAM-bound mGlu3
マップデータCryo-EM structure of inactive mGlu3 bound to LY341495 and NAM.
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of mGlu3 bound with LY2794193
    • タンパク質・ペプチド: Metabotropic glutamate receptor 3
  • リガンド: 2-[(1S,2S)-2-carboxycyclopropyl]-3-(9H-xanthen-9-yl)-D-alanine
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードGlutamate / G protein-coupled receptor / Cryo-EM / Selective ligand / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


group II metabotropic glutamate receptor activity / negative regulation of adenylate cyclase activity / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / astrocyte projection / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / glutamate receptor activity / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / calcium channel regulator activity / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / G protein-coupled receptor activity ...group II metabotropic glutamate receptor activity / negative regulation of adenylate cyclase activity / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / astrocyte projection / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / glutamate receptor activity / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / calcium channel regulator activity / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / G protein-coupled receptor activity / presynaptic membrane / gene expression / G alpha (i) signalling events / scaffold protein binding / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / dendritic spine / postsynaptic density / axon / glutamatergic synapse / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 3 / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / : / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / GPCR, family 3, conserved site / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. ...GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 3 / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / : / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / GPCR, family 3, conserved site / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3 / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
Metabotropic glutamate receptor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.71 Å
データ登録者Fang W / Yang F
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21825703 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2022
タイトル: Structural basis of the activation of metabotropic glutamate receptor 3.
著者: Wei Fang / Fan Yang / Chanjuan Xu / Shenglong Ling / Li Lin / Yingxin Zhou / Wenjing Sun / Xiaomei Wang / Peng Liu / Philippe Rondard / Pan Shi / Jean-Philippe Pin / Changlin Tian / Jianfeng Liu /
履歴
登録2022年1月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月16日-
マップ公開2022年3月16日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.11
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.11
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7wi6
  • 表面レベル: 0.11
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_32526.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32526.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of inactive mGlu3 bound to LY341495 and NAM.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.01 Å/pix.
x 320 pix.
= 323.2 Å		1.01 Å/pix.
x 320 pix.
= 323.2 Å		1.01 Å/pix.
x 320 pix.
= 323.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.01 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.11 / ムービー #1: 0.11
最小 - 最大-0.6165265 - 1.0490558
平均 (標準偏差)0.00020547834 (±0.01592133)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 323.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.011.011.01
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z323.200323.200323.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ139118109
NX/NY/NZ123164187
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.6171.0490.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of mGlu3 bound with LY2794193

全体名称: Cryo-EM structure of mGlu3 bound with LY2794193
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of mGlu3 bound with LY2794193
    • タンパク質・ペプチド: Metabotropic glutamate receptor 3
  • リガンド: 2-[(1S,2S)-2-carboxycyclopropyl]-3-(9H-xanthen-9-yl)-D-alanine
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Cryo-EM structure of mGlu3 bound with LY2794193

超分子名称: Cryo-EM structure of mGlu3 bound with LY2794193 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Metabotropic glutamate receptor 3

分子名称: Metabotropic glutamate receptor 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 100.021695 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDENLYFQG LGDHNFLRRE IKIEGDLVLG GLFPINEKGT GTEECGRINE DRGIQRLEAM LFAIDEINK DDYLLPGVKL GVHILDTCSR DTYALEQSLE FVRASLTKVD EAEYMCPDGS YAIQENIPLL IAGVIGGSYS S VSIQVANL ...文字列:
MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDENLYFQG LGDHNFLRRE IKIEGDLVLG GLFPINEKGT GTEECGRINE DRGIQRLEAM LFAIDEINK DDYLLPGVKL GVHILDTCSR DTYALEQSLE FVRASLTKVD EAEYMCPDGS YAIQENIPLL IAGVIGGSYS S VSIQVANL LRLFQIPQIS YASTSAKLSD KSRYDYFART VPPDFYQAKA MAEILRFFNW TYVSTVASEG DYGETGIEAF EQ EARLRNI CIATAEKVGR SNIRKSYDSV IRELLQKPNA RVVVLFMRSD DSRELIAAAS RANASFTWVA SDGWGAQESI IKG SEHVAY GAITLELASQ PVRQFDRYFQ SLNPYNNHRN PWFRDFWEQK FQCSLQNKRN HRRVCDKHLA IDSSNYEQES KIMF VVNAV YAMAHALHKM QRTLCPNTTK LCDAMKILDG KKLYKDYLLK INFTAPFNPN KDADSIVKFD TFGDGMGRYN VFNFQ NVGG KYSYLKVGHW AETLSLDVNS IHWSRNSVPT SQCSDPCAPN EMKNMQPGDV CCWICIPCEP YEYLADEFTC MDCGSG QWP TADLTGCYDL PEDYIRWEDA WAIGPVTIAC LGFMCTCMVV TVFIKHNNTP LVKASGRELC YILLFGVGLS YCMTFFF IA KPSPVICALR RLGLGSSFAI CYSALLTKTN CIARIFDGVK NGAQRPKFIS PSSQVFICLG LILVQIVMVS VWLILEAP G TRRYTLAEKR ETVILKCNVK DSSMLISLTY DVILVILCTV YAFKTRKCPE NFNEAKFIGF TMYTTCIIWL AFLPIFYVT SSDYRVQTTT MCISVSLSGF VVLGCLFAPK VHIILFQPQK NVVTHRLHLN RFSVSGTGTT YSQSSASTYV PTVCNGREVL DSTTSSL

UniProtKB: Metabotropic glutamate receptor 3

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分子 #2: 2-[(1S,2S)-2-carboxycyclopropyl]-3-(9H-xanthen-9-yl)-D-alanine

分子名称: 2-[(1S,2S)-2-carboxycyclopropyl]-3-(9H-xanthen-9-yl)-D-alanine
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: Z99
分子量理論値: 353.369 Da
Chemical component information

ChemComp-Z99:
2-[(1S,2S)-2-carboxycyclopropyl]-3-(9H-xanthen-9-yl)-D-alanine / LY-491395 / 抗うつ薬, アンタゴニスト*YM

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 57.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6n52

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.71 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 133783
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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