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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32333 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Subtomogram averaging of PEDV (Pintung 52) S protein with one protomer in the D0-up conformation and two protomers in the D0-down conformation, determined in situ on intact viral particles | |||||||||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | PEDV / Spike / Glycoprotein / VIRAL PROTEIN | |||||||||||||||||||||
生物種 | Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス) | |||||||||||||||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 27.0 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Hsu STD / Draczkowski P / Wang YS / Huang CY | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 台湾, 6件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: In situ structure and dynamics of an alphacoronavirus spike protein by cryo-ET and cryo-EM. 著者: Cheng-Yu Huang / Piotr Draczkowski / Yong-Sheng Wang / Chia-Yu Chang / Yu-Chun Chien / Yun-Han Cheng / Yi-Min Wu / Chun-Hsiung Wang / Yuan-Chih Chang / Yen-Chen Chang / Tzu-Jing Yang / Yu-Xi ...著者: Cheng-Yu Huang / Piotr Draczkowski / Yong-Sheng Wang / Chia-Yu Chang / Yu-Chun Chien / Yun-Han Cheng / Yi-Min Wu / Chun-Hsiung Wang / Yuan-Chih Chang / Yen-Chen Chang / Tzu-Jing Yang / Yu-Xi Tsai / Kay-Hooi Khoo / Hui-Wen Chang / Shang-Te Danny Hsu / 要旨: Porcine epidemic diarrhea (PED) is a highly contagious swine disease caused by porcine epidemic diarrhea virus (PEDV). PED causes enteric disorders with an exceptionally high fatality in neonates, ...Porcine epidemic diarrhea (PED) is a highly contagious swine disease caused by porcine epidemic diarrhea virus (PEDV). PED causes enteric disorders with an exceptionally high fatality in neonates, bringing substantial economic losses in the pork industry. The trimeric spike (S) glycoprotein of PEDV is responsible for virus-host recognition, membrane fusion, and is the main target for vaccine development and antigenic analysis. The atomic structures of the recombinant PEDV S proteins of two different strains have been reported, but they reveal distinct N-terminal domain 0 (D0) architectures that may correspond to different functional states. The existence of the D0 is a unique feature of alphacoronavirus. Here we combined cryo-electron tomography (cryo-ET) and cryo-electron microscopy (cryo-EM) to demonstrate in situ the asynchronous S protein D0 motions on intact viral particles of a highly virulent PEDV Pintung 52 strain. We further determined the cryo-EM structure of the recombinant S protein derived from a porcine cell line, which revealed additional domain motions likely associated with receptor binding. By integrating mass spectrometry and cryo-EM, we delineated the complex compositions and spatial distribution of the PEDV S protein N-glycans, and demonstrated the functional role of a key N-glycan in modulating the D0 conformation. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_32333.map.gz | 132.9 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-32333-v30.xml emd-32333.xml | 13.7 KB 13.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_32333_fsc.xml | 2.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_32333.png | 18.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-32333.cif.gz | 4.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32333 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32333 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_32333_validation.pdf.gz | 363.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_32333_full_validation.pdf.gz | 363.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_32333_validation.xml.gz | 6.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_32333_validation.cif.gz | 8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32333 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32333 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_32333.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 5.558 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Intact Porcine epidemic diarrhea virus (strain Pintung 52)
全体 | 名称: Intact Porcine epidemic diarrhea virus (strain Pintung 52) |
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要素 |
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-超分子 #1: Intact Porcine epidemic diarrhea virus (strain Pintung 52)
超分子 | 名称: Intact Porcine epidemic diarrhea virus (strain Pintung 52) タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 詳細: The PEDV PT52 virus was propagated in Vero C1008 cells (ATCC No. CRL-1586) and then inactivated by 2% formaldehyde. |
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由来(天然) | 生物種: Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス) 株: Pintung 52 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: Blot for 3 seconds before plunging. Force 0. | ||||||||||||
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||||||
詳細 | The PEDV PT52 virus was propagated in Vero C1008 cells (ATCC No. CRL-1586) and then inactivated by 2% formaldehyde. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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詳細 | Tomography 4 Software (Thermo Fisher Scientific) was used for tilt series acquisition |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 2.7 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 6.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 64000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |