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- EMDB-32329: Cryo-EM map of PEDV (Pintung 52) S protein with all three protome... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32329
タイトルCryo-EM map of PEDV (Pintung 52) S protein with all three protomers in the D0-down conformation determined in situ on intact viral particles.
マップデータCryo-EM map of PEDV S protein with all three protomers in the D0-down conformation.
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Intact Porcine epidemic diarrhea virus (strain Pintung 52)
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードPEDV / Spike / Glycoprotein / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Spike glycoprotein, Alphacoronavirus / Spike glycoprotein S1, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S1 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus ...Spike glycoprotein, Alphacoronavirus / Spike glycoprotein S1, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S1 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者Hsu STD / Draczkowski P
資金援助 台湾, 6件
OrganizationGrant number国
Academia Sinica (Taiwan)AS-CDA-109- L08 台湾
Academia Sinica (Taiwan)AS-IDR- 110-08 台湾
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)MOST 109-3114-Y-001-001 台湾
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)110-2113-M-001- 050-MY3 台湾
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)110-2311-B-001-013-MY3 台湾
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)MOST 110-2811-B-001-560 台湾
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: In situ structure and dynamics of an alphacoronavirus spike protein by cryo-ET and cryo-EM.
著者: Cheng-Yu Huang / Piotr Draczkowski / Yong-Sheng Wang / Chia-Yu Chang / Yu-Chun Chien / Yun-Han Cheng / Yi-Min Wu / Chun-Hsiung Wang / Yuan-Chih Chang / Yen-Chen Chang / Tzu-Jing Yang / Yu-Xi ...著者: Cheng-Yu Huang / Piotr Draczkowski / Yong-Sheng Wang / Chia-Yu Chang / Yu-Chun Chien / Yun-Han Cheng / Yi-Min Wu / Chun-Hsiung Wang / Yuan-Chih Chang / Yen-Chen Chang / Tzu-Jing Yang / Yu-Xi Tsai / Kay-Hooi Khoo / Hui-Wen Chang / Shang-Te Danny Hsu /
要旨: Porcine epidemic diarrhea (PED) is a highly contagious swine disease caused by porcine epidemic diarrhea virus (PEDV). PED causes enteric disorders with an exceptionally high fatality in neonates, ...Porcine epidemic diarrhea (PED) is a highly contagious swine disease caused by porcine epidemic diarrhea virus (PEDV). PED causes enteric disorders with an exceptionally high fatality in neonates, bringing substantial economic losses in the pork industry. The trimeric spike (S) glycoprotein of PEDV is responsible for virus-host recognition, membrane fusion, and is the main target for vaccine development and antigenic analysis. The atomic structures of the recombinant PEDV S proteins of two different strains have been reported, but they reveal distinct N-terminal domain 0 (D0) architectures that may correspond to different functional states. The existence of the D0 is a unique feature of alphacoronavirus. Here we combined cryo-electron tomography (cryo-ET) and cryo-electron microscopy (cryo-EM) to demonstrate in situ the asynchronous S protein D0 motions on intact viral particles of a highly virulent PEDV Pintung 52 strain. We further determined the cryo-EM structure of the recombinant S protein derived from a porcine cell line, which revealed additional domain motions likely associated with receptor binding. By integrating mass spectrometry and cryo-EM, we delineated the complex compositions and spatial distribution of the PEDV S protein N-glycans, and demonstrated the functional role of a key N-glycan in modulating the D0 conformation.
履歴
登録2021年12月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月3日-
マップ公開2022年8月3日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32329.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32329.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of PEDV S protein with all three protomers in the D0-down conformation.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.4 Å/pix.
x 220 pix.
= 308. Å		1.4 Å/pix.
x 220 pix.
= 308. Å		1.4 Å/pix.
x 220 pix.
= 308. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-0.5520179 - 1.2125112
平均 (標準偏差)0.0010660114 (±0.060863405)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 308.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Cryo-EM half map (even) of PEDV S protein...

ファイルemd_32329_half_map_1.map
注釈Cryo-EM half map (even) of PEDV S protein with all three protomers in the D0-down conformation.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cryo-EM half map (odd) of PEDV S protein...

ファイルemd_32329_half_map_2.map
注釈Cryo-EM half map (odd) of PEDV S protein with all three protomers in the D0-down conformation.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Intact Porcine epidemic diarrhea virus (strain Pintung 52)

全体名称: Intact Porcine epidemic diarrhea virus (strain Pintung 52)
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Intact Porcine epidemic diarrhea virus (strain Pintung 52)
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Intact Porcine epidemic diarrhea virus (strain Pintung 52)

超分子名称: Intact Porcine epidemic diarrhea virus (strain Pintung 52)
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: The PEDV PT52 virus was propagated in Vero C1008 cells (ATCC No. CRL-1586) and then inactivated by 2% formaldehyde.
由来(天然)生物種: Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス)
株: Pintung 52

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分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス)
分子量理論値: 152.005656 KDa
組換発現生物種: Chlorocebus aethiops aethiops (ミドリザル)
配列文字列: MKSLTYFWLF LPVLSTLSLP QDVTRCSAKT NFRRFFSKFN VQAPAVVVLG GYLPIGENQG VNSTWYCAGQ HPTASGVHGI FVSHIRGGH GFEIGISQEP FDPSGYQLYL HKATNGNTNA TARLRICQFP SIKTLGPTAN NDVTIGRNCL FNKAIPAHMS E HSVVGITW ...文字列:
MKSLTYFWLF LPVLSTLSLP QDVTRCSAKT NFRRFFSKFN VQAPAVVVLG GYLPIGENQG VNSTWYCAGQ HPTASGVHGI FVSHIRGGH GFEIGISQEP FDPSGYQLYL HKATNGNTNA TARLRICQFP SIKTLGPTAN NDVTIGRNCL FNKAIPAHMS E HSVVGITW DNDRVTVFSD KIYYFYFKND WSRVATKCYN SGGCAMQYVY EPTYYMLNVT SAGEDGISYQ PCTANCIGYA AN VFATEPN GHIPEGFSFN NWFLLSNDST LVHGKVVSNQ PLLVNCLLAI PKIYGLGQFF SFNQTIDGVC NGAAVQRAPE ALR FNINDT SVILAEGSIV LHTALGTNFS FVCSNSSNPH LATFAIPLGA TQVPYYCFFK VDTYNSTVYK FLAVLPPTVR EIVI TKYGD VYVNGFGYLH LGLLDAVTIN FTGHGTDDDV SGFWTIASTN FVDALIEVQG TAIQRILYCD DPVSQLKCSQ VAFDL DDGF YPFSSRNLLS HEQPISFVTL PSFNAHSFVN ITVSASFGGH SGANLIASDT TINGFSSFCV DTRQFTISLS YNVTNS YGY VSNSQDSNCP FTLQSVNDYL SFSKFCVSTS LLASACTIDL FGYPEFGSGV KFTSLYFQFT KGELITGTPK PLEGVTD VS FMTLDVCTKY TIYGFKGEGI ITLTNSSFLA GVYYTSDSGQ LLAFKNVTSG AVYSVTPCSF SEQAAYVDDD IVGVISSL S SSTFNSTREL PGFFYHSNDG SNCTEPVLVY SNIGVCKSGS IGYVPSQSGQ VKIAPTVTGN ISIPTNFSMS IRTEYLQLY NTPVSVDCAT YVCNGNSRCK QLLTQYTAAC KTIESALQLS ARLESVEVNS MLTISEEALQ LATISSFNGD GYNFTNVLGV SVYDPARGR VVQKRSFIED LLFNKVVTNG LGTVDEDYKR CSNGRSVADL VCAQYYSGVM VLPGVVDAEK LHMYSASLIG G MVLGGFTA AAALPFSYAV QARLNYLALQ TDVLQRNQQL LAESFNSAIG NITSAFESVK EASSQTSRGL NTVAHALTKV QE VVNSQGA ALTQLTVQLQ HNFQAISSSI DDIYSRLDIL SADVQVDRLI TGRLSALNAF VAQTLTKYTE VQASRKLAQQ KVN ECVKSQ SQRYGFCGGD GEHIFSLVQA APQGLLFLHT VLVPSDFVDV IAIAGLCVND EIALTLREPG LVLFTHELQN HTAT EYFVS SRRMFEPRKP TVSDFVQIES CVVTYVNLTR DQLPDVIPDY IDVNKTRDEI LASLPNRTGP SLPLDVFNAT YLNLT GEIA DLEQRSESLR NTTEELQSLI YNINNTLVDL EWLNRVETYI KWPWWVWLII FIVLIFVVSL LVFCCISTGF CGCFGC CCA CFSGCCRGPR LQPYEVFEKV HVQ

UniProtKB: Spike glycoprotein

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分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 18 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMTristris(hydroxymethyl)aminomethane -
100.0 mMNaClsodium chloride
0.1 mMEDTAethylenediaminetetraacetic acid

詳細: Blot for 3 seconds before plunging. Force 0.
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細The PEDV PT52 virus was propagated in Vero C1008 cells (ATCC No. CRL-1586) and then inactivated by 2% formaldehyde.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3701 / 平均電子線量: 55.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 64000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6vv5

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1) / 詳細: Non-uniform refinement in CryoSparc3.1 / 使用した粒子像数: 19350
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1) / 詳細: Non-uniform refinement in CryoSparc3.1
最終 3次元分類詳細: Non-uniform refinement in CryoSparc3.1
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7w6m:
Cryo-EM map of PEDV (Pintung 52) S protein with all three protomers in the D0-down conformation determined in situ on intact viral particles.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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