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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32219 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Depo32, a Klebsiella phage depolymerase targets the K2 serotype K. pneumoniae | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | Depolymerase / Klebsiella pneumoniae / K2 capsular type / Capsular polysaccharides / HYDROLASE | ||||||||||||
機能・相同性 | biological process involved in interaction with host / Pectin lyase fold/virulence factor / viral life cycle / virion component / Depolymerase 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Klebsiella phage 020009 (ファージ) / Klebsiella phage GH-K3 (ファージ) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.46 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Cai R / Ren Z | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Depo32, a depolymerase of Klebsiella phage, efficiently controls infection caused by Klebsiella pneumoniae with K2 serotype CPS 著者: Cai R / Ren Z / Zhao R / Wang X / Guo Z / Du R / Han W / Ru H / Gu J | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_32219.map.gz | 59.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-32219-v30.xml emd-32219.xml | 19.7 KB 19.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_32219_fsc.xml | 9.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_32219.png | 18.9 KB | ||
その他 | emd_32219_additional_1.map.gz emd_32219_half_map_1.map.gz emd_32219_half_map_2.map.gz | 59 MB 49.8 MB 49.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32219 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32219 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7vz3MC 7vyvC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_32219.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.087 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: sharpened by b-factor -50
ファイル | emd_32219_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | sharpened by b-factor -50 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_32219_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_32219_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Tail spike protein Depo32
全体 | 名称: Tail spike protein Depo32 |
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要素 |
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-超分子 #1: Tail spike protein Depo32
超分子 | 名称: Tail spike protein Depo32 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Klebsiella phage 020009 (ファージ) / 株: vB_KpnS_GH-K3 |
分子量 | 理論値: 300 KDa |
-分子 #1: Depolymerase
分子 | 名称: Depolymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Klebsiella phage GH-K3 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 100.947852 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MMALYREGKA AMAADGTVTG TGTKWQSSLS LIRPGATIMF LSSPIQMAVV NKVVSDTEIK AITTNGAVV ASTDYAILLS DSLTVDGLAQ DVAETLRYYQ SQETVIADAV EFFKEFDFES LQNLANQIKA DSEASESSAA A AAASESKA ...文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MMALYREGKA AMAADGTVTG TGTKWQSSLS LIRPGATIMF LSSPIQMAVV NKVVSDTEIK AITTNGAVV ASTDYAILLS DSLTVDGLAQ DVAETLRYYQ SQETVIADAV EFFKEFDFES LQNLANQIKA DSEASESSAA A AAASESKA KTSEDNAKSS ENAAKNSEVA AETTRDQIQQ IIDNAGDQST LVVLAQPDGF DSIGRVSSFA ALRNLKPKKS GQ HVLLTSY YDGWAAENKM PTGGGEFISS IGTATDDGGY IAAGPGYYWT RVVNNNSFTA EDFGCKTTAT PPPNFNVLPA ELF DNTARM QAAFNLAISK SFKLNLSAGT YYFESSDTLR ITGPIHIEGR PGTVFYHNPS NKANPKTDAF MNISGCSMGR ISSI NCFSN SYLGKGINFD RSVGDNRKLV LEHVYVDTFR WGFYVGEPEC INQIEFHSCR AQSNYFQGIF IESFKEGQEY GHSAP VHFF NTICNGNGPT SFALGATYKT TKNEYIKVMD SVNDVGCQAY FQGLSNVQYI GGQLSGHGSP RNTSLATITQ CNSFII YGT DLEDINGFTT DGTAITADNI DTIESNYLKD ISGAAIVVSS CLGFKIDSPH IFKIKTLSTI KLMNNTYNYE IGGFTPD EA LKYNVWDANG LATNRISGVI HPRLVNSRLG INSVAFDNMS NKLDVSSLIH NETSQIIGLT PSTGSNVPHT RIMWSNGA M YSSTDLNNGF RLNYLSNHNE PLTPMHLYNE FSVSEFGGSV TESNALDEIK YIFIQTTYAN SGDGRFIIQA LDASGSVLS SNWYSPQSFN STFPISGFVR FDVPTGAKKI RYGFVNSANY TGSLRSHFMS GFAYNKRFFL KIYAVYNDLG RYGQFEPPYS VAIDRFRVG DNTTQMPSIP ASSATDVAGV NEVINSLLAS LKANGFMSS UniProtKB: Depolymerase |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 285.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot 3.5 or 4 seconds before plunging. | ||||||||||||
詳細 | This sample was monodisperse |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均露光時間: 2.56 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 81000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-7vz3: |