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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32085 | |||||||||||||||
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タイトル | The apo-state AtALMT1 structure at pH 7.5(ALMT1apo/pH7.5) | |||||||||||||||
マップデータ | the apo-state AtALMT1 structure at pH 5 | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | ALMT1 / Aluminum Resistance / malate transport / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | malate transmembrane transport / malate transmembrane transporter activity / Aluminum-activated malate transporter / Aluminium activated malate transporter / response to aluminum ion / monoatomic ion transmembrane transport / plasma membrane / Aluminum-activated malate transporter 1 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Wang JQ | |||||||||||||||
資金援助 | 中国, 4件
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引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2022 タイトル: Structural basis of ALMT1-mediated aluminum resistance in Arabidopsis. 著者: Jiangqin Wang / Xiafei Yu / Zhong Jie Ding / Xiaokang Zhang / Yanping Luo / Ximing Xu / Yuan Xie / Xiaoxiao Li / Tian Yuan / Shao Jian Zheng / Wei Yang / Jiangtao Guo / 要旨: The plant aluminum (Al)-activated malate transporter ALMT1 mediates the efflux of malate to chelate the Al in acidic soils and underlies the plant Al resistance. Here we present cryo-electron ...The plant aluminum (Al)-activated malate transporter ALMT1 mediates the efflux of malate to chelate the Al in acidic soils and underlies the plant Al resistance. Here we present cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of Arabidopsis thaliana ALMT1 (AtALMT1) in the apo, malate-bound, and Al-bound states at neutral and/or acidic pH at up to 3.0 Å resolution. The AtALMT1 dimer assembles an anion channel and each subunit contains six transmembrane helices (TMs) and six cytosolic α-helices. Two pairs of Arg residues are located in the center of the channel pore and contribute to malate recognition. Al binds at the extracellular side of AtALMT1 and induces conformational changes of the TM1-2 loop and the TM5-6 loop, resulting in the opening of the extracellular gate. These structures, along with electrophysiological measurements, molecular dynamic simulations, and mutagenesis study in Arabidopsis, elucidate the structural basis for Al-activated malate transport by ALMT1. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_32085.map.gz | 20.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-32085-v30.xml emd-32085.xml | 10.3 KB 10.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_32085.png | 33.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-32085.cif.gz | 5.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32085 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32085 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_32085_validation.pdf.gz | 533.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_32085_full_validation.pdf.gz | 532.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_32085_validation.xml.gz | 5.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_32085_validation.cif.gz | 6.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32085 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32085 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_32085.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | the apo-state AtALMT1 structure at pH 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.014 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : the apo-state AtALMT1 structure at pH 7.5(ALMT1apo/pH7.5)
全体 | 名称: the apo-state AtALMT1 structure at pH 7.5(ALMT1apo/pH7.5) |
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要素 |
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-超分子 #1: the apo-state AtALMT1 structure at pH 7.5(ALMT1apo/pH7.5)
超分子 | 名称: the apo-state AtALMT1 structure at pH 7.5(ALMT1apo/pH7.5) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
-分子 #1: Aluminum-activated malate transporter 1
分子 | 名称: Aluminum-activated malate transporter 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
分子量 | 理論値: 56.833668 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MEKVREIVRE GIRVGNEDPR RIIHAFKVGL ALVLVSSFYY YQPFGPFTDY FGINAMWAVM TVVVVFEFSV GATLGKGLNR GVATLVAGG LGIGAHQLAR LSGATVEPIL LVMLVFVQAA LSTFVRFFPW VKTKFDYGIL IFILTFALIS LSGFRDEEIM D LAESRLST ...文字列: MEKVREIVRE GIRVGNEDPR RIIHAFKVGL ALVLVSSFYY YQPFGPFTDY FGINAMWAVM TVVVVFEFSV GATLGKGLNR GVATLVAGG LGIGAHQLAR LSGATVEPIL LVMLVFVQAA LSTFVRFFPW VKTKFDYGIL IFILTFALIS LSGFRDEEIM D LAESRLST VVIGGVSCIL ISIFVCPVWA GQDLHSLLAS NFDTLSHFLQ DFGDEYFEAR EKGDYKVVEK RKKNLERYKS VL DSKSDEE ALANYAEWEP PHGQFRFRHP WKQYVAVGAL LRQCAYRIDA LNSYINSDFQ IPVDIKKKLE TPLRRMSSES GNS MKEMSI SLKQMIKSSS SDIHVSNSQA ACKSLSTLLK SGILNDVEPL QMISLMTTVS MLIDIVNLTE KISESVHELA SAAR FKNKM RPTVLYEKSD SGSIGRAMPI DSHEDHHVVT VLHDVDNDRS NNVDDSRGGS SQDSCHHVAI KIVDDNSNHE KHEDG EIHV HTLSNGHLQL EGGSSGGWSH PQFEK UniProtKB: Aluminum-activated malate transporter 1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 64.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER 詳細: the ALMT1apo/pH7.5 model was built according to the reference ALMT1apo/pH5 model |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 54315 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |