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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32056 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Xenopus laevis nuclear pore complex cytoplasmic ring subunit | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | cytoplasmic ring / cryo-EM / nuclear pore complex / Xenopus laevis / NUCLEAR PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 macromolecule localization / GATOR2 complex / nephron development / nuclear pore outer ring / nuclear pore complex assembly / nuclear pore organization / telomere tethering at nuclear periphery / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore cytoplasmic filaments / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore ...macromolecule localization / GATOR2 complex / nephron development / nuclear pore outer ring / nuclear pore complex assembly / nuclear pore organization / telomere tethering at nuclear periphery / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore cytoplasmic filaments / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / intracellular transport / structural constituent of nuclear pore / RNA export from nucleus / nucleocytoplasmic transport / mitotic metaphase chromosome alignment / nuclear localization sequence binding / ribosomal large subunit export from nucleus / mRNA transport / cellular response to nutrient levels / mRNA export from nucleus / nuclear pore / ribosomal small subunit export from nucleus / positive regulation of TORC1 signaling / nuclear periphery / kinetochore / protein import into nucleus / protein transport / nuclear membrane / lysosomal membrane / cell division / structural molecule activity / RNA binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Tai L / Zhu Y | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Protein Cell / 年: 2022 タイトル: 8 Å structure of the outer rings of the Xenopus laevis nuclear pore complex obtained by cryo-EM and AI. 著者: Linhua Tai / Yun Zhu / He Ren / Xiaojun Huang / Chuanmao Zhang / Fei Sun / 要旨: The nuclear pore complex (NPC), one of the largest protein complexes in eukaryotes, serves as a physical gate to regulate nucleocytoplasmic transport. Here, we determined the 8 Å resolution cryo- ...The nuclear pore complex (NPC), one of the largest protein complexes in eukaryotes, serves as a physical gate to regulate nucleocytoplasmic transport. Here, we determined the 8 Å resolution cryo-electron microscopic (cryo-EM) structure of the outer rings containing nuclear ring (NR) and cytoplasmic ring (CR) from the Xenopus laevis NPC, with local resolutions reaching 4.9 Å. With the aid of AlphaFold2, we managed to build a pseudoatomic model of the outer rings, including the Y complexes and flanking components. In this most comprehensive and accurate model of outer rings to date, the almost complete Y complex structure exhibits much tighter interaction in the hub region. In addition to two copies of Y complexes, each asymmetric subunit in CR contains five copies of Nup358, two copies of the Nup214 complex, two copies of Nup205 and one copy of newly identified Nup93, while that in NR contains one copy of Nup205, one copy of ELYS and one copy of Nup93. These in-depth structural features represent a great advance in understanding the assembly of NPCs. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_32056.map.gz | 117.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-32056-v30.xml emd-32056.xml | 39.5 KB 39.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_32056_fsc.xml | 11.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_32056.png | 33.5 KB | ||
マスクデータ | emd_32056_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-32056.cif.gz | 15.2 KB | ||
その他 | emd_32056_half_map_1.map.gz emd_32056_half_map_2.map.gz | 113.6 MB 113.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32056 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32056 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_32056_validation.pdf.gz | 969.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_32056_full_validation.pdf.gz | 969.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_32056_validation.xml.gz | 18.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_32056_validation.cif.gz | 24.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32056 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32056 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_32056.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.24 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_32056_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_32056_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_32056_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : nuclear pore complex cytoplasmic ring
+超分子 #1: nuclear pore complex cytoplasmic ring
+分子 #1: Nuclear pore complex protein Nup85
+分子 #2: MGC154553 protein
+分子 #3: Nucleoporin SEH1-A
+分子 #4: Nucleoporin 160kDa
+分子 #5: MGC83926 protein
+分子 #6: Nuclear pore complex protein Nup96
+分子 #7: GATOR complex protein SEC13
+分子 #8: Nuclear pore complex protein
+分子 #9: outer Nup133
+分子 #10: MGC83295 protein
+分子 #11: Nuclear pore complex protein Nup93
+分子 #12: Nup358
+分子 #13: Nucleoporin CAN
+分子 #14: Nup88A protein
+分子 #15: IL4I1 protein
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |