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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of alphavirus, Getah virus | |||||||||
![]() | Cryo-EM structure of Getah virus, Block-based reconstruction method. | |||||||||
![]() | alphavirus != Getah virus alphavirus
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![]() | alphavirus / Getah virus / Togaviridae / structural genomics / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | ![]() togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / RNA binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.0 Å | |||||||||
![]() | Wang M / Sun ZZ / Wang JF | |||||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Implications for the pathogenicity and antigenicity of alpha viruses revealed by a 3.5 angstrom Cryo-EM structure of Getah virus 著者: Wang M / Sun ZZ / Wang JF | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 12.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 11.2 KB 11.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 110.4 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 468 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 467.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7vgaMC ![]() 7wc2C ![]() 7wcoC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of Getah virus, Block-based reconstruction method. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.36 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : alphavirus
全体 | 名称: ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Getah virus
超分子 | 名称: Getah virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 59300 / 生物種: Getah virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Spike glycoprotein E1
分子 | 名称: Spike glycoprotein E1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 47.62077 KDa |
配列 | 文字列: YEHTATIPNV VGFPYKAHIE RNGFSPMTLQ LEVLGTSLEP TLNLEYITCE YKTVVPSPYI KCCGTSECRS MERPDYQCQV YTGVYPFMW GGAYCFCDTE NTQLSEAYVD RSDVCKHDHA AAYKAHTAAM KATIRISYGN LNQTTTAFVN GEHTVTVGGS R FTFGPIST ...文字列: YEHTATIPNV VGFPYKAHIE RNGFSPMTLQ LEVLGTSLEP TLNLEYITCE YKTVVPSPYI KCCGTSECRS MERPDYQCQV YTGVYPFMW GGAYCFCDTE NTQLSEAYVD RSDVCKHDHA AAYKAHTAAM KATIRISYGN LNQTTTAFVN GEHTVTVGGS R FTFGPIST AWTPFDNKIV VYKNDVYNQD FPPYGSGQPG RFGDIQSRTV ESKDLYANTA LKLSRPSSGT VHVPYTQTPS SF KYWIKER GTSLNDKAPF GCVIKTNPVR AENCAVGNIP VSMDIPDTAF TRVIDAPAVT NLECQVAVCT HSSDFGGIAT LTF KTDKPG KCAVHSHSNV ATIQEAAVDI KTDGKITLHF STASASPAFK VSVCSAKTTC MAACEPPKDH IVPYGASHNN QVFP DMSGT AMTWVQRVAG GLGGLTLAAV AVLILVTCVT MRR UniProtKB: Structural polyprotein |
-分子 #2: Spike glycoprotein E2
分子 | 名称: Spike glycoprotein E2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 46.416793 KDa |
配列 | 文字列: SVTEHFNVYK ATKPYLAYCA DCGDGQFCYS PVAIEKIRDE ASDGMIKIQV AAQIGINKGG THEHNKIRYI AGHDMKEANR DSLQVHTSG VCAIRGTMGH FIVAYCPPGD ELKVQFQDAE SHTQACKVQY KHAPAPVGRE KFTVRPHFGI EVPCTTYQLT T APTEEEID ...文字列: SVTEHFNVYK ATKPYLAYCA DCGDGQFCYS PVAIEKIRDE ASDGMIKIQV AAQIGINKGG THEHNKIRYI AGHDMKEANR DSLQVHTSG VCAIRGTMGH FIVAYCPPGD ELKVQFQDAE SHTQACKVQY KHAPAPVGRE KFTVRPHFGI EVPCTTYQLT T APTEEEID MHTPPDIPDI TLLSQQSGNV KITAGGKTIR YNCTCGSGNV GTTSSDKTIN SCKIAQCHAA VTNHDKWQYT SS FVPRADQ LSRKGKVHVP FPLTNSTCRV PVARAPGVTY GKRELTVKLH PDHPTLLTYR SLGADPRPYE EWIDRYVERT IPV TEEGIE YRWGNNPPVR LWAQLTTEGK PHGWPHEIIL YYYGLYPAAT IAAVSAAGLA VVLSLLASCY MFATARRKCL TPYA LTPGA VVPVTLGVLC CAPRAHA UniProtKB: Structural polyprotein |
-分子 #3: Capsid protein
分子 | 名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 30.200117 KDa |
配列 | 文字列: MNYIPTQTFY GRRWRPRPAY RPWRVPMQPA PPMVIPELQT PIVQAQQMQQ LISAVSALTT KQNGKAPKKP KKKPQKAKAK KNEQQKKNE NKKPPPKQKN PAKKKKPGKR ERMCMKIEND CIFEVKLDGK VTGYACLVGD KVMKPAHVKG VIDNPDLAKL T YKKSSKYD ...文字列: MNYIPTQTFY GRRWRPRPAY RPWRVPMQPA PPMVIPELQT PIVQAQQMQQ LISAVSALTT KQNGKAPKKP KKKPQKAKAK KNEQQKKNE NKKPPPKQKN PAKKKKPGKR ERMCMKIEND CIFEVKLDGK VTGYACLVGD KVMKPAHVKG VIDNPDLAKL T YKKSSKYD LECAQIPVHM KSDASKYTHE KPEGHYNWHH GAVQYSGGRF TIPTGAGKPG DSGRPIFDNK GRVVAIVLGG AN EGARTAL SVVTWTKDMV TRYTPEGTEE W UniProtKB: Structural polyprotein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | cell |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: NITROGEN |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 35.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |