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- EMDB-31381: Cryo-EM structure of cyanobacterial phycobilisome from Anabaena s... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31381
タイトルCryo-EM structure of cyanobacterial phycobilisome from Anabaena sp. PCC 7120
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of cyanobacterial phycobilisome from Anabaena sp. PCC 7120
    • タンパク質・ペプチド: x 12種
  • リガンド: x 1種
機能・相同性
機能・相同性情報


付加脱離酵素（リアーゼ） / phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis / lyase activity
類似検索 - 分子機能
Allophycocyanin linker protein / Allophycocyanin linker chain / Phycobilisome linker protein / Allophycocyanin, beta subunit / Phycobilisome linker domain / Phycobilisome linker domain superfamily / Phycobilisome Linker polypeptide / Phycobilisome (PBS) linker domain profile. / Phycocyanin, alpha subunit / Phycocyanin, beta subunit ...Allophycocyanin linker protein / Allophycocyanin linker chain / Phycobilisome linker protein / Allophycocyanin, beta subunit / Phycobilisome linker domain / Phycobilisome linker domain superfamily / Phycobilisome Linker polypeptide / Phycobilisome (PBS) linker domain profile. / Phycocyanin, alpha subunit / Phycocyanin, beta subunit / CpcD-like domain / CpcD/allophycocyanin linker domain / CpcD-like domain profile. / CpcD/allophycocyanin linker domain / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
C-phycocyanin beta subunit / C-phycocyanin alpha subunit / Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod / Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG1 / Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG2 / Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG4 / Allophycocyanin subunit alpha 1 / Allophycocyanin subunit alpha-B / Allophycocyanin subunit beta / Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core ...C-phycocyanin beta subunit / C-phycocyanin alpha subunit / Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod / Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG1 / Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG2 / Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG4 / Allophycocyanin subunit alpha 1 / Allophycocyanin subunit alpha-B / Allophycocyanin subunit beta / Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core / Phycobiliprotein ApcE / Allophycocyanin subunit beta-18
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Zheng L / Zheng Z / Li X / Wang G / Zhang K / Wei P / Zhao J / Gao N
資金援助1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China)
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural insight into the mechanism of energy transfer in cyanobacterial phycobilisomes.
著者: Lvqin Zheng / Zhenggao Zheng / Xiying Li / Guopeng Wang / Kun Zhang / Peijun Wei / Jindong Zhao / Ning Gao /
要旨: Phycobilisomes (PBS) are the major light-harvesting machineries for photosynthesis in cyanobacteria and red algae and they have a hierarchical structure of a core and peripheral rods, with both ...Phycobilisomes (PBS) are the major light-harvesting machineries for photosynthesis in cyanobacteria and red algae and they have a hierarchical structure of a core and peripheral rods, with both consisting of phycobiliproteins and linker proteins. Here we report the cryo-EM structures of PBS from two cyanobacterial species, Anabaena 7120 and Synechococcus 7002. Both PBS are hemidiscoidal in shape and share a common triangular core structure. While the Anabaena PBS has two additional hexamers in the core linked by the 4th linker domain of ApcE (L). The PBS structures predict that, compared with the PBS from red algae, the cyanobacterial PBS could have more direct routes for energy transfer to ApcD. Structure-based systematic mutagenesis analysis of the chromophore environment of ApcD and ApcF subunits reveals that aromatic residues are critical to excitation energy transfer (EET). The structures also suggest that the linker protein could actively participate in the process of EET in both rods and the cores. These results provide insights into the organization of chromophores and the mechanisms of EET within cyanobacterial PBS.
履歴
登録2021年5月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年10月6日-
マップ公開2021年10月6日-
更新2021年10月6日-
現状2021年10月6日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0195
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0195
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7eyd
  • 表面レベル: 0.0195
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31381.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31381.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 500 pix.
= 527.5 Å		1.06 Å/pix.
x 500 pix.
= 527.5 Å		1.06 Å/pix.
x 500 pix.
= 527.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.055 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0195 / ムービー #1: 0.0195
最小 - 最大-0.034992184 - 0.08293841
平均 (標準偏差)0.00041137394 (±0.005623475)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 527.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0551.0551.055
M x/y/z500500500
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z527.500527.500527.500
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ256256256
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS500500500
D min/max/mean-0.0350.0830.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of cyanobacterial phycobilisome from Anabaena s...

全体名称: Cryo-EM structure of cyanobacterial phycobilisome from Anabaena sp. PCC 7120
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of cyanobacterial phycobilisome from Anabaena sp. PCC 7120
    • タンパク質・ペプチド: Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG2
    • タンパク質・ペプチド: C-phycocyanin alpha subunit
    • タンパク質・ペプチド: C-phycocyanin beta subunit
    • タンパク質・ペプチド: Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod
    • タンパク質・ペプチド: Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG4
    • タンパク質・ペプチド: Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG1
    • タンパク質・ペプチド: Allophycocyanin subunit alpha 1
    • タンパク質・ペプチド: Allophycocyanin subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
    • タンパク質・ペプチド: Phycobiliprotein ApcE
    • タンパク質・ペプチド: Allophycocyanin subunit beta-18
    • タンパク質・ペプチド: Allophycocyanin subunit alpha-B
  • リガンド: PHYCOCYANOBILIN

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超分子 #1: Cryo-EM structure of cyanobacterial phycobilisome from Anabaena s...

超分子名称: Cryo-EM structure of cyanobacterial phycobilisome from Anabaena sp. PCC 7120
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#12
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
分子量理論値: 7 MDa

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分子 #1: Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG2

分子名称: Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
株: PCC 7120
分子量理論値: 28.688434 KDa
組換発現生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
配列文字列: MSIPLLEYKP SSQNQRVPGY EVPNEDTPRI YRIEDAAYDS ELKELIWATY RQVFSEHVIL KFFRQGNLES QLKNRAISVR DFVRGLAKS EAFKTLVIKS NSNYRLVELA LKRLLGRAPY NKDEEIAWSI KIATNGWDGF VDALLDSEEY QSNFGENIVP Y QRRRYKDR ...文字列:
MSIPLLEYKP SSQNQRVPGY EVPNEDTPRI YRIEDAAYDS ELKELIWATY RQVFSEHVIL KFFRQGNLES QLKNRAISVR DFVRGLAKS EAFKTLVIKS NSNYRLVELA LKRLLGRAPY NKDEEIAWSI KIATNGWDGF VDALLDSEEY QSNFGENIVP Y QRRRYKDR PFNLVTPRYG NYWRDKLESE RYIEGDIKNF LELAKSIEIK TVTFTPVSTA NIKIPDTTRN TTPTGIPISV NP SANFPVR

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分子 #2: C-phycocyanin alpha subunit

分子名称: C-phycocyanin alpha subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 84 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
株: PCC 7120
分子量理論値: 17.475451 KDa
組換発現生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
配列文字列:
MVKTPITEAI AAADTQGRFL GNTELQSARG RYERAAASLE AARGLTSNAQ RLIDGATQAV YQKFPYTTQT PGPQFAADSR GKSKCARDV GHYLRIITYS LVAGGTGPLD EYLIAGLAEI NSTFDLSPSW YVEALKHIKA NHGLSGQAAN EANTYIDYAI N ALS

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分子 #3: C-phycocyanin beta subunit

分子名称: C-phycocyanin beta subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 84 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
株: PCC 7120
分子量理論値: 18.403758 KDa
組換発現生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
配列文字列:
MTLDVFTKVV SQADSRGEFL SNEQLDALAN VVKEGNKRLD VVNRITSNAS AIVTNAARAL FEEQPQLIAP GGNAYTNRRM AACLRDMEI ILRYVTYAIL AGDASVLDDR CLNGLRETYQ ALGTPGSSVA VGVQKMKDAA VGIANDPNGI TKGDCSQLIS E VASYFDRA AAAVG

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分子 #4: Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod

分子名称: Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
株: PCC 7120
分子量理論値: 32.254086 KDa
組換発現生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
配列文字列: MAITTAASRL GTEPFSDAPK VELRPKASRE EVESVIRAVY RHVLGNDYIL ASERLVSAES LLRDGNLTVR EFVRSVAKSE LYKKKFFYN SFQTRLIELN YKHLLGRAPY DESEVVYHLD LYQNKGYDAE IDSYIDSWEY QSNFGDNVVP YYRGFETQVG Q KTAGFNRI ...文字列:
MAITTAASRL GTEPFSDAPK VELRPKASRE EVESVIRAVY RHVLGNDYIL ASERLVSAES LLRDGNLTVR EFVRSVAKSE LYKKKFFYN SFQTRLIELN YKHLLGRAPY DESEVVYHLD LYQNKGYDAE IDSYIDSWEY QSNFGDNVVP YYRGFETQVG Q KTAGFNRI FRLYRGYANS DRAQVEGTKS RLARELASNK ASTIVGPSGT NDSWGFRASA DVAPKKNLGN AVGEGDRVYR LE VTGIRSP GYPSVRRSST VFIVPYERLS DKIQQVHKQG GKIVSVTSA

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分子 #5: Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG4

分子名称: Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
株: PCC 7120
分子量理論値: 29.362826 KDa
組換発現生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
配列文字列: MALPLLQYKP SSQNHRVTSF GAADQNEDTP YIYRIEDVSS YTDIQNIIWA SYRQVFSEHE ILKFNRQKTL ESQVKNGSIS VRDFIRGLA KSEAFYRLVV SVNNNYRLVD ITLKRLLGRS SYNKDEQIAW SIVIGTKGFS GFVDALIDSE EYTKNFGENI V PYQRKRME ...文字列:
MALPLLQYKP SSQNHRVTSF GAADQNEDTP YIYRIEDVSS YTDIQNIIWA SYRQVFSEHE ILKFNRQKTL ESQVKNGSIS VRDFIRGLA KSEAFYRLVV SVNNNYRLVD ITLKRLLGRS SYNKDEQIAW SIVIGTKGFS GFVDALIDSE EYTKNFGENI V PYQRKRME GRPHNLVTPR YGEDFQEKAG TVQTDWRFTL DKFYSRKSQE KQLREGDPRK FADLAASVGN QGNYAQRISA FD IDYLNAV PNRSRR

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分子 #6: Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG1

分子名称: Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
株: PCC 7120
分子量理論値: 31.973932 KDa
組換発現生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
配列文字列: MSIPLLEYAP SSQNQRVEGY EVPNEDTPTI YRLAAAIDDA DVDAIIWAGY RQIFSEHLII KSNRQSFLES QLRNRAINVR DFIRGLGKS EVYRTQVADL NSNYRLVDIT LKRFLGRAAY NQDEEIAWSI VIGSQGLHGF IDALLDSDEY RENFGDDIVP Y QRRRYKDR ...文字列:
MSIPLLEYAP SSQNQRVEGY EVPNEDTPTI YRLAAAIDDA DVDAIIWAGY RQIFSEHLII KSNRQSFLES QLRNRAINVR DFIRGLGKS EVYRTQVADL NSNYRLVDIT LKRFLGRAAY NQDEEIAWSI VIGSQGLHGF IDALLDSDEY RENFGDDIVP Y QRRRYKDR PFNLVNPRYN AYWRDRQTLN ALGGRSFYSA RTSGTLTKDD IRRAIPANFM ALAGKILTPE RNYQRTIASV TS QIKDIKI PDTSREVTTP EVTVKPVAVA LPYRYIPGNK TT

+
分子 #7: Allophycocyanin subunit alpha 1

分子名称: Allophycocyanin subunit alpha 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 44 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
株: PCC 7120
分子量理論値: 17.362617 KDa
組換発現生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
配列文字列:
MSIVTKSIVN ADAEARYLSP GELDRIKSFV AGGQQRLRIA QALTDNRERL VKQAGDQLFQ KRPDVVSPGG NAYGQEMTAT CLRDLDYYL RLVTYGIVAG DVTPIEEIGV IGVREMYKSL GTPIEAVGEG VRALKNAAST LLSAEDAAEA GSYFDYVVGA L Q

+
分子 #8: Allophycocyanin subunit beta

分子名称: Allophycocyanin subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 46 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
株: PCC 7120
分子量理論値: 17.320695 KDa
組換発現生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
配列文字列:
MAQDAITAVI NSADVQGKYL DTAALEKLKA YFSTGELRVR AATTISANAA AIVKEAVAKS LLYSDITRPG GNMYTTRRYA ACIRDLDYY LRYATYAMLA GDPSILDERV LNGLKETYNS LGVPVGATVQ AIQAIKEVTA SLVGADAGKE MGIYLDYISS G LS

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分子 #9: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associa...

分子名称: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
株: PCC 7120
分子量理論値: 7.852082 KDa
組換発現生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
配列文字列:
MSRLFKITAL VPSLSRTRTQ RELQNTYFTK LVPYENWFRE QQRIQKAGGK IIKVELATGK QGTNAGLQ

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分子 #10: Phycobiliprotein ApcE

分子名称: Phycobiliprotein ApcE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 付加脱離酵素（リアーゼ）
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
株: PCC 7120
分子量理論値: 127.045812 KDa
組換発現生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
配列文字列: MSVKASGGSS VARPQLYQTL AVATITQAEQ QDRFLGRGEL DELASYFASG AKRLEIAQLL TENSEIIVSR AANRIFVGGS PMAFLEKPR EPELAMAAVG GGGDVRESMK LGTVTYVETR GGFLENLRSI FNTSPSGPTP PGFRPINIAR YGPSNMAKSL R DLSWFLRY ...文字列:
MSVKASGGSS VARPQLYQTL AVATITQAEQ QDRFLGRGEL DELASYFASG AKRLEIAQLL TENSEIIVSR AANRIFVGGS PMAFLEKPR EPELAMAAVG GGGDVRESMK LGTVTYVETR GGFLENLRSI FNTSPSGPTP PGFRPINIAR YGPSNMAKSL R DLSWFLRY ATYAIVAGDP NIIVVNTRGL REIIENACSG EATIVALQEI KAASLSYFRK DPEAAEIVSQ YMDVLITEFK AP TPSNKLR QRPSGDQQGL QLPQIYFSAA ERRPKFVMKT GLSATEKNEV IKAAYRQIFE RDITRAYSLS ISDLESKVKN GDI SMKEFV RRLAKSPLYQ KQFYQPFINS RVIELAFRHI LGRGPSSREE VQKYFSIISN GGLPALVDAL VDSAEYSDYF GEET VPYLR GLGQEAQECR NWGPQQDLFN YSAPFRKVPQ FITTFAAYDR PLPDQHPYGS GNDPLEIQFG AIFPKETRNP STSPA PFGK DTRRILIHQG PGINNQVSNP SARGLAPGSL GPKVFKLDQL PGTIGKKAAK GASVKFSESS TQAVIKATYL QVFGRD VYE GQRLKVQEIK LENGEISVRD FVRALAKSDL FRKLYWTPFY VCKAIEYIHR RLLGRPTYGR QENNKYFDIA SKKGLYA VV DAILDSLEYT ETFGEDTVPY ERYLTPAGVA LRQLRVGTIR EDVANVEKQE TPRFVELGTV KENRTQPDID FRINQGVT K QREQTKVFKR VAGIKDKAAI KTLISAAYRQ IFERDIAPYI AQNEFSGWES KLGNGEITVK EFIEGLGYSN LYLKEFYTP YPNTKVIELG TKHFLGRAPI DQAEIRKYNQ ILATQGIRAF INALVNSQEY NEVFGEDTVP YRRFPTLPAA NFPNTQKLYN QLTKQNNDV VIPSFKPVQA RIQSDKTPIL AKAIADLAAQ AKQMDKSKPL FIELGRSYND GRGQSVEVGV GTTRRKPARI Y RLTNGIGQ AEKQLVINAI YRQVLDVFSG QVPDYYRRTE LDSKLRNGEI SVREFVREIA SSEIYRKRFY TPYPNTKVIE FL FRHLLGR APATQGEIRQ YNKLLADNGL RAAVEAIVDS PEYSRYFGED VVPYPRFPSL PAGNYLGSVQ AAADLVKQSW SSL SPSTLT GRPGDR

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分子 #11: Allophycocyanin subunit beta-18

分子名称: Allophycocyanin subunit beta-18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
株: PCC 7120
分子量理論値: 18.657016 KDa
組換発現生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
配列文字列:
MRDAVTSLIK NYDVAGRYFD RNAIDTLKDY FDSGTARVQA AAAINSNAAA LVKQAGSKLF EELPELIRPG GNAYTTRRLA ACLRDMDYY LRYATYALVA GNTNVLDERV LQGLRETYNS LGVPIGPTVR GVQILKDLVK EQVAGAGIAN TTFVEEPFDH I TRELSERD V

+
分子 #12: Allophycocyanin subunit alpha-B

分子名称: Allophycocyanin subunit alpha-B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
株: PCC 7120
分子量理論値: 17.828438 KDa
組換発現生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
配列文字列:
MTVISQVILQ ADDELRYPSS GELKSISDFL QTGVQRTRIV ATLAENEKKI VQEATKQLWQ KRPDFIAPGG NAYGERQRAL CIRDFGWYL RLITYGVLAG DIEPIEKIGI IGVREMYNSL GVPVPGMVEA INSLKKASLD LLSSEDAAAA APYFDYIIQA M S

+
分子 #13: PHYCOCYANOBILIN

分子名称: PHYCOCYANOBILIN / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 348 / 式: CYC
分子量理論値: 588.694 Da
Chemical component information

ChemComp-CYC:
PHYCOCYANOBILIN

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 64.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 62439
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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