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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31378 | |||||||||
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タイトル | Local CryoEM structure of the SARS-CoV-2 S6PV2 in complex with BD-771 Fab and BD-821 Fab | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human coronavirus 229E (ヒトコロナウイルス 229E) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang ZY | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2021 タイトル: Structures of SARS-CoV-2 B.1.351 neutralizing antibodies provide insights into cocktail design against concerning variants. 著者: Shuo Du / Pulan Liu / Zhiying Zhang / Tianhe Xiao / Ayijiang Yasimayi / Weijin Huang / Youchun Wang / Yunlong Cao / Xiaoliang Sunney Xie / Junyu Xiao / | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31378.map.gz | 230.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31378-v30.xml emd-31378.xml | 14.5 KB 14.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_31378.png | 30.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31378 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31378 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31378_validation.pdf.gz | 399.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_31378_full_validation.pdf.gz | 399.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31378_validation.xml.gz | 6.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_31378_validation.cif.gz | 7.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31378 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31378 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31378.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.09 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Local CryoEM structure of the SARS-CoV-2 S6PV2 in complex with BD...
全体 | 名称: Local CryoEM structure of the SARS-CoV-2 S6PV2 in complex with BD-771 Fab and BD-821 Fab |
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要素 |
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-超分子 #1: Local CryoEM structure of the SARS-CoV-2 S6PV2 in complex with BD...
超分子 | 名称: Local CryoEM structure of the SARS-CoV-2 S6PV2 in complex with BD-771 Fab and BD-821 Fab タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Human coronavirus 229E (ヒトコロナウイルス 229E) |
組換発現 | 生物種: Phaseolus vulgaris (インゲン) |
-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 142.066094 KDa |
組換発現 | 生物種: Phaseolus vulgaris (インゲン) |
配列 | 文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNFTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFA NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF ...文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNFTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFA NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF EYVSQPFLMD LEGKQGNFKN LREFVFKNID GYFKIYSKHT PINLVRGLPQ GFSALEPLVD LPIGINITRF QT LHRSYLT PGDSSSGWTA GAAAYYVGYL QPRTFLLKYN ENGTITDAVD CALDPLSETK CTLKSFTVEK GIYQTSNFRV QPT ESIVRF PNITNLCPFG EVFNATRFAS VYAWNRKRIS NCVADYSVLY NSASFSTFKC YGVSPTKLND LCFTNVYADS FVIR GDEVR QIAPGQTGNI ADYNYKLPDD FTGCVIAWNS NNLDSKVGGN YNYLYRLFRK SNLKPFERDI STEIYQAGST PCNGV KGFN CYFPLQSYGF QPTYGVGYQP YRVVVLSFEL LHAPATVCGP KKSTNLVKNK CVNFNFNGLT GTGVLTESNK KFLPFQ QFG RDIADTTDAV RDPQTLEILD ITPCSFGGVS VITPGTNTSN QVAVLYQGVN CTEVPVAIHA DQLTPTWRVY STGSNVF QT RAGCLIGAEH VNNSYECDIP IGAGICASYQ TQTNSPGSAS SVASQSIIAY TMSLGVENSV AYSNNSIAIP TNFTISVT T EILPVSMTKT SVDCTMYICG DSTECSNLLL QYGSFCTQLN RALTGIAVEQ DKNTQEVFAQ VKQIYKTPPI KDFGGFNFS QILPDPSKPS KRSPIEDLLF NKVTLADAGF IKQYGDCLGD IAARDLICAQ KFNGLTVLPP LLTDEMIAQY TSALLAGTIT SGWTFGAGP ALQIPFPMQM AYRFNGIGVT QNVLYENQKL IANQFNSAIG KIQDSLSSTP SALGKLQDVV NQNAQALNTL V KQLSSNFG AISSVLNDIL SRLDPPEAEV QIDRLITGRL QSLQTYVTQQ LIRAAEIRAS ANLAATKMSE CVLGQSKRVD FC GKGYHLM SFPQSAPHGV VFLHVTYVPA QEKNFTTAPA ICHDGKAHFP REGVFVSNGT HWFVTQRNFY EPQIITTDNT FVS GNCDVV IGIVNNTVYD PLQPELDSFK EELDKYFKNH TSPDVDLGDI SGINASVVNI QKEIDRLNEV AKNLNESLID LQEL GKYEQ GSGYIPEAPR DGQAYVRKDG EWVLLSTFLG RSLEVLFQGP GHHHHHHHHS AWSHPQFEKG GGSGGGGSGG SAWSH PQFE K |
-分子 #2: BD-821H
分子 | 名称: BD-821H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 24.878969 KDa |
組換発現 | 生物種: Phaseolus vulgaris (インゲン) |
配列 | 文字列: ELQLVQSGAE VKKPGESLKI SCKYSGNISP NFWIGWVRQM AGKGLEWMGI IYPDDSDSRY SPSFQGQVII SADKSITTAL LHWSSLKVS DTAKYYCVYG SGSPSNWFHP WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS ...文字列: ELQLVQSGAE VKKPGESLKI SCKYSGNISP NFWIGWVRQM AGKGLEWMGI IYPDDSDSRY SPSFQGQVII SADKSITTAL LHWSSLKVS DTAKYYCVYG SGSPSNWFHP WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKKV EPKSCDKHHH HHH |
-分子 #3: BD-821L
分子 | 名称: BD-821L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.689248 KDa |
組換発現 | 生物種: Phaseolus vulgaris (インゲン) |
配列 | 文字列: EVVMTQSPAT LSVSPGERAT LSCRASQSVR YNLAWYQQKP GQAPRLLIYD ASTRATGIPG RFSGSGSGTE FTLTISSLQS EDFAVYYCQ QYDNWPPWTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列: EVVMTQSPAT LSVSPGERAT LSCRASQSVR YNLAWYQQKP GQAPRLLIYD ASTRATGIPG RFSGSGSGTE FTLTISSLQS EDFAVYYCQ QYDNWPPWTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC |
-分子 #4: BD-771H
分子 | 名称: BD-771H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 26.0751 KDa |
組換発現 | 生物種: Phaseolus vulgaris (インゲン) |
配列 | 文字列: EVQLVESGGG FVKPGGSLRL SCAASGFKFS DAWMNWVRQA PGKGLEWVGR IKSKADGQTT DYAAPVKGRF SISRDDSKNT LFLQIHNLE SDDTAVYYCT TGALVESRYF DWFTGYYFDY WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV K DYFPEPVT ...文字列: EVQLVESGGG FVKPGGSLRL SCAASGFKFS DAWMNWVRQA PGKGLEWVGR IKSKADGQTT DYAAPVKGRF SISRDDSKNT LFLQIHNLE SDDTAVYYCT TGALVESRYF DWFTGYYFDY WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV K DYFPEPVT VSWNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKKV EPKSCDKHHH HH H |
-分子 #5: BD-771L
分子 | 名称: BD-771L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.281967 KDa |
組換発現 | 生物種: Phaseolus vulgaris (インゲン) |
配列 | 文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRTSQGIY NYLAWYQQKP GKVPKLLIYG ASTLQSGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDVATYYCQ KYKSAPLTFG GGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRTSQGIY NYLAWYQQKP GKVPKLLIYG ASTLQSGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDVATYYCQ KYKSAPLTFG GGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC |
-実験情報
-構造解析
解析 | 単粒子再構成法 |
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試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 |
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-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 59.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 425986 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |