+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31390 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CryoEM structure of the SARS-CoV-2 S6PV2 in complex with BD-812 Fab and BD-836 Fab | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu PL | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2021 タイトル: Structures of SARS-CoV-2 B.1.351 neutralizing antibodies provide insights into cocktail design against concerning variants. 著者: Shuo Du / Pulan Liu / Zhiying Zhang / Tianhe Xiao / Ayijiang Yasimayi / Weijin Huang / Youchun Wang / Yunlong Cao / Xiaoliang Sunney Xie / Junyu Xiao / | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31390.map.gz | 168.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-31390-v30.xml emd-31390.xml | 12.3 KB 12.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_31390.png | 89.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31390 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31390 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31390_validation.pdf.gz | 349.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_31390_full_validation.pdf.gz | 349.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31390_validation.xml.gz | 7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_31390_validation.cif.gz | 8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31390 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31390 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31390.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : CryoEM structure of the SARS-CoV-2 S6PV2 in complex with BD-812 F...
全体 | 名称: CryoEM structure of the SARS-CoV-2 S6PV2 in complex with BD-812 Fab and BD-836 Fab |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: CryoEM structure of the SARS-CoV-2 S6PV2 in complex with BD-812 F...
超分子 | 名称: CryoEM structure of the SARS-CoV-2 S6PV2 in complex with BD-812 Fab and BD-836 Fab タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Phaseolus vulgaris (インゲン) |
-分子 #1: spike
分子 | 名称: spike / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
配列 | 文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNFTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFA NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF ...文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNFTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFA NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF EYVSQPFLMD LEGKQGNFKN LREFVFKNID GYFKIYSKHT PINLVRGLPQ GFSALEPLVD LPIGINITRF QT LHRSYLT PGDSSSGWTA GAAAYYVGYL QPRTFLLKYN ENGTITDAVD CALDPLSETK CTLKSFTVEK GIYQTSNFRV QPT ESIVRF PNITNLCPFG EVFNATRFAS VYAWNRKRIS NCVADYSVLY NSASFSTFKC YGVSPTKLND LCFTNVYADS FVIR GDEVR QIAPGQTGNI ADYNYKLPDD FTGCVIAWNS NNLDSKVGGN YNYLYRLFRK SNLKPFERDI STEIYQAGST PCNGV KGFN CYFPLQSYGF QPTYGVGYQP YRVVVLSFEL LHAPATVCGP KKSTNLVKNK CVNFNFNGLT GTGVLTESNK KFLPFQ QFG RDIADTTDAV RDPQTLEILD ITPCSFGGVS VITPGTNTSN QVAVLYQGVN CTEVPVAIHA DQLTPTWRVY STGSNVF QT RAGCLIGAEH VNNSYECDIP IGAGICASYQ TQTNSPGSAS SVASQSIIAY TMSLGVENSV AYSNNSIAIP TNFTISVT T EILPVSMTKT SVDCTMYICG DSTECSNLLL QYGSFCTQLN RALTGIAVEQ DKNTQEVFAQ VKQIYKTPPI KDFGGFNFS QILPDPSKPS KRSPIEDLLF NKVTLADAGF IKQYGDCLGD IAARDLICAQ KFNGLTVLPP LLTDEMIAQY TSALLAGTIT SGWTFGAGP ALQIPFPMQM AYRFNGIGVT QNVLYENQKL IANQFNSAIG KIQDSLSSTP SALGKLQDVV NQNAQALNTL V KQLSSNFG AISSVLNDIL SRLDPPEAEV QIDRLITGRL QSLQTYVTQQ LIRAAEIRAS ANLAATKMSE CVLGQSKRVD FC GKGYHLM SFPQSAPHGV VFLHVTYVPA QEKNFTTAPA ICHDGKAHFP REGVFVSNGT HWFVTQRNFY EPQIITTDNT FVS GNCDVV IGIVNNTVYD PLQPELDSFK EELDKYFKNH TSPDVDLGDI SGINASVVNI QKEIDRLNEV AKNLNESLID LQEL GKYEQ GSGYIPEAPR DGQAYVRKDG EWVLLSTFLG RSLEVLFQGP GHHHHHHHHS AWSHPQFEKG GGSGGGGSGG SAWSH PQFE K |
-分子 #2: BD-812L
分子 | 名称: BD-812L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MGWSCIILFL VATATGVHSD IEITQSPSSL SASVGDRVTI SCRASQDIRT YVAWYQQRPG KVPRLLIYAA STLQSGVPSR FSGRGSGTDF TLTISSLQPE DVATYYCQQY NSAPLTFGGG AKVEIKRTVA APSVFIFPPS DEQLKSGTAS VVCLLNNFYP REAKVQWKVD ...文字列: MGWSCIILFL VATATGVHSD IEITQSPSSL SASVGDRVTI SCRASQDIRT YVAWYQQRPG KVPRLLIYAA STLQSGVPSR FSGRGSGTDF TLTISSLQPE DVATYYCQQY NSAPLTFGGG AKVEIKRTVA APSVFIFPPS DEQLKSGTAS VVCLLNNFYP REAKVQWKVD NALQSGNSQE SVTEQDSKDS TYSLSSTLTL SKADYEKHKV YACEVTHQGL SSPVTKSFNR GEC |
-分子 #3: BD-812H
分子 | 名称: BD-812H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MGWSLILLFL VAVATRVLSE VQLVQSGAEV KKPGESLKIS CQFSEYKLIS FWIAWVRQRP GKGLEWMGII YPDDSDTKYS PSSQGQVTIS ADKSIRTAYL QWSSLMASDT AMYYCTSGSY YGTLDFWGQG TLVTVSSAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA ALGCLVKDYF ...文字列: MGWSLILLFL VAVATRVLSE VQLVQSGAEV KKPGESLKIS CQFSEYKLIS FWIAWVRQRP GKGLEWMGII YPDDSDTKYS PSSQGQVTIS ADKSIRTAYL QWSSLMASDT AMYYCTSGSY YGTLDFWGQG TLVTVSSAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA ALGCLVKDYF PEPVTVSWNS GALTSGVHTF PAVLQSSGLY SLSSVVTVPS SSLGTQTYIC NVNHKPSNTK VDKKVEPKSC DKHHHHHH |
-分子 #4: BD-836L
分子 | 名称: BD-836L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MGWSCIILFL VATATGVHSE IVLTQSPGTL SLSPGERATL SCRASQSVRS GYFAWYQQRP GRAPRLLIYG ASSRATAIPD RFSGSGSGTD FTLTINRLEP EDFAVYYCQQ YGTSPWTFGQ GTKVEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV ...文字列: MGWSCIILFL VATATGVHSE IVLTQSPGTL SLSPGERATL SCRASQSVRS GYFAWYQQRP GRAPRLLIYG ASSRATAIPD RFSGSGSGTD FTLTINRLEP EDFAVYYCQQ YGTSPWTFGQ GTKVEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ ESVTEQDSKD STYSLSSTLT LSKADYEKHK VYACEVTHQG LSSPVTKSFN RGEC |
-分子 #5: BD-836H
分子 | 名称: BD-836H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MGWSLILLFL VAVATRVLSQ VQLVQSGPEV KKPGTSVRVS CKASGFTFST SAVQWVRQAR GQRLEWIGWI AVGSGKTDYL QKFQERVTMT RDESTNTAYM QLSSLRSEDT AVYYCAAPHC SGGTCYDGFD IWGQGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL ...文字列: MGWSLILLFL VAVATRVLSQ VQLVQSGPEV KKPGTSVRVS CKASGFTFST SAVQWVRQAR GQRLEWIGWI AVGSGKTDYL QKFQERVTMT RDESTNTAYM QLSSLRSEDT AVYYCAAPHC SGGTCYDGFD IWGQGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT VSWNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKKV EPKSCDKHHH HHH |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | 3D array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 59.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 257589 |
---|---|
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |