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- EMDB-31305: The cryo-EM structure of A. thaliana Pol IV-RDR2 backtracked complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31305
タイトルThe cryo-EM structure of A. thaliana Pol IV-RDR2 backtracked complex
マップデータ
試料
  • 複合体: A. thaliana Pol IV-RDR2 backtracked complex
    • タンパク質・ペプチド: x 11種
    • DNA: x 2種
    • RNA: x 2種
  • リガンド: x 2種
キーワードDNA-directed RNA polymerase IV / RNA- dependent RNA polymerase 2 / RNA-directed DNA methylation pathway / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


stomatal complex patterning / siRNA-mediated long-distance post-transcriptional gene silencing / RNA polymerase IV complex / retrotransposon silencing by siRNA-directed DNA methylation / RNA polymerase V complex / nuclear RNA-directed RNA polymerase complex / stomatal complex development / siRNA transcription / DNA/RNA hybrid binding / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing ...stomatal complex patterning / siRNA-mediated long-distance post-transcriptional gene silencing / RNA polymerase IV complex / retrotransposon silencing by siRNA-directed DNA methylation / RNA polymerase V complex / nuclear RNA-directed RNA polymerase complex / stomatal complex development / siRNA transcription / DNA/RNA hybrid binding / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / siRNA processing / RNA polymerase complex / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / regulation of immune response / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / defense response to fungus / transcription-coupled nucleotide-excision repair / heterochromatin / RNA polymerase III activity / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / RNA polymerase II activity / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / single-stranded RNA binding / protein dimerization activity / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleolus / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA-dependent RNA polymerase, eukaryotic-type / RNA dependent RNA polymerase / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 ...RNA-dependent RNA polymerase, eukaryotic-type / RNA dependent RNA polymerase / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RPB6/omega subunit-like superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerases II and IV subunit 5A / RNA-dependent RNA polymerase 2 / DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 11 / DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 3 / DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 9A / DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 10 / DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 6A / DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 12 / DNA-directed RNA polymerases IV and V subunit 2 / DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 8B
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.16 Å
データ登録者Fang CL / Wu XX
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31822001 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Pol IV and RDR2: A two-RNA-polymerase machine that produces double-stranded RNA.
著者: Kun Huang / Xiao-Xian Wu / Cheng-Li Fang / Zhou-Geng Xu / Hong-Wei Zhang / Jian Gao / Chuan-Miao Zhou / Lin-Lin You / Zhan-Xi Gu / Wen-Hui Mu / Yu Feng / Jia-Wei Wang / Yu Zhang /
要旨: DNA methylation affects gene expression and maintains genome integrity. The DNA-dependent RNA polymerase IV (Pol IV), together with the RNA-dependent RNA polymerase RDR2, produces double-stranded ...DNA methylation affects gene expression and maintains genome integrity. The DNA-dependent RNA polymerase IV (Pol IV), together with the RNA-dependent RNA polymerase RDR2, produces double-stranded small interfering RNA precursors essential for establishing and maintaining DNA methylation in plants. We determined the cryo–electron microscopy structures of the Pol IV–RDR2 holoenzyme and the backtracked transcription elongation complex. These structures reveal that Pol IV and RDR2 form a complex with their active sites connected by an interpolymerase channel, through which the Pol IV–generated transcript is handed over to the RDR2 active site after being backtracked, where it is used as the template for double-stranded RNA (dsRNA) synthesis. Our results describe a ‘backtracking-triggered RNA channeling’ mechanism underlying dsRNA synthesis and also shed light on the evolutionary trajectory of eukaryotic RNA polymerases.
履歴
登録2021年5月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年12月29日-
マップ公開2021年12月29日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.019
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.019
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7eu0
  • 表面レベル: 0.019
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31305.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31305.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.019 / ムービー #1: 0.019
最小 - 最大-0.121107146 - 0.18833259
平均 (標準偏差)0.00037514162 (±0.0053238384)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 296.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z296.800296.800296.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ320320320
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-0.1210.1880.000

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_31305_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_31305_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_31305_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : A. thaliana Pol IV-RDR2 backtracked complex

全体名称: A. thaliana Pol IV-RDR2 backtracked complex
要素
  • 複合体: A. thaliana Pol IV-RDR2 backtracked complex
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase IV subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases IV and V subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases II and IV subunit 5A
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 6A
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 8B
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 9A
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 10
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 11
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 12
    • タンパク質・ペプチド: RNA-dependent RNA polymerase 2
    • DNA: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*TP*AP*GP*AP*GP*TP*G)-3')
    • RNA: RNA (39-MER)
    • DNA: DNA (33-MER)
    • RNA: RNA (5'-R(*CP*CP*GP*A)-3')
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

+
超分子 #1: A. thaliana Pol IV-RDR2 backtracked complex

超分子名称: A. thaliana Pol IV-RDR2 backtracked complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#15
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 550 KDa

+
分子 #1: DNA-directed RNA polymerase IV subunit 1

分子名称: DNA-directed RNA polymerase IV subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 169.535281 KDa
配列文字列: MEDDCEELQV PVGTLTSIGF SISNNNDRDK MSVLEVEAPN QVTDSRLGLP NPDSVCRTCG SKDRKVCEGH FGVINFAYSI INPYFLKEV AALLNKICPG CKYIRKKQFQ ITEDQPERCR YCTLNTGYPL MKFRVTTKEV FRRSGIVVEV NEESLMKLKK R GVLTLPPD ...文字列:
MEDDCEELQV PVGTLTSIGF SISNNNDRDK MSVLEVEAPN QVTDSRLGLP NPDSVCRTCG SKDRKVCEGH FGVINFAYSI INPYFLKEV AALLNKICPG CKYIRKKQFQ ITEDQPERCR YCTLNTGYPL MKFRVTTKEV FRRSGIVVEV NEESLMKLKK R GVLTLPPD YWSFLPQDSN IDESCLKPTR RIITHAQVYA LLLGIDQRLI KKDIPMFNSL GLTSFPVTPN GYRVTEIVHQ FN GARLIFD ERTRIYKKLV GFEGNTLELS SRVMECMQYS RLFSETVSSS KDSANPYQKK SDTPKLCGLR FMKDVLLGKR SDH TFRTVV VGDPSLKLNE IGIPESIAKR LQVSEHLNQC NKERLVTSFV PTLLDNKEMH VRRGDRLVAI QVNDLQTGDK IFRS LMDGD TVLMNRPPSI HQHSLIAMTV RILPTTSVVS LNPICCLPFR GDFDGDCLHG YVPQSIQAKV ELDELVALDK QLINR QNGR NLLSLGQDSL TAAYLVNVEK NCYLNRAQMQ QLQMYCPFQL PPPAIIKASP SSTEPQWTGM QLFGMLFPPG FDYTYP LNN VVVSNGELLS FSEGSAWLRD GEGNFIERLL KHDKGKVLDI IYSAQEMLSQ WLLMRGLSVS LADLYLSSDL QSRKNLT EE ISYGLREAEQ VCNKQQLMVE SWRDFLAVNG EDKEEDSVSD LARFCYERQK SATLSELAVS AFKDAYRDVQ ALAYRYGD Q SNSFLIMSKA GSKGNIGKLV QHSMCIGLQN SAVSLSFGFP RELTCAAWND PNSPLRGAKG KDSTTTESYV PYGVIENSF LTGLNPLESF VHSVTSRDSS FSGNADLPGT LSRRLMFFMR DIYAAYDGTV RNSFGNQLVQ FTYETDGPVE DITGEALGSL SACALSEAA YSALDQPISL LETSPLLNLK NVLECGSKKG QREQTMSLYL SEYLSKKKHG FEYGSLEIKN HLEKLSFSEI V STSMIIFS PSSNTKVPLS PWVCHFHISE KVLKRKQLSA ESVVSSLNEQ YKSRNRELKL DIVDLDIQNT NHCSSDDQAM KD DNVCITV TVVEASKHSV LELDAIRLVL IPFLLDSPVK GDQGIKKVNI LWTDRPKAPK RNGNHLAGEL YLKVTMYGDR GKR NCWTAL LETCLPIMDM IDWGRSHPDN IRQCCSVYGI DAGRSIFVAN LESAVSDTGK EILREHLLLV ADSLSVTGEF VALN AKGWS KQRQVESTPA PFTQACFSSP SQCFLKAAKE GVRDDLQGSI DALAWGKVPG FGTGDQFEII ISPKVHGFTT PVDVY DLLS STKTMRRTNS APKSDKATVQ PFGLLHSAFL KDIKVLDGKG IPMSLLRTIF TWKNIELLSQ SLKRILHSYE INELLN ERD EGLVKMVLQL HPNSVEKIGP GVKGIRVAKS KHGDSCCFEV VRIDGTFEDF SYHKCVLGAT KIIAPKKMNF YKSKYLK NG TLESGGFSEN PGSGSGSDYK DHDGDYKDHD IDYKDDDDKE NLYFQGHHHH HHHHHHSSNF PDRSNIWQ

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerases IV and V subunit 2

分子名称: DNA-directed RNA polymerases IV and V subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 132.848047 KDa
配列文字列: MPDMDIDVKD LEEFEATTGE INLSELGEGF LQSFCKKAAT SFFDKYGLIS HQLNSYNYFI EHGLQNVFQS FGEMLVEPSF DVVKKKDND WRYATVKFGE VTVEKPTFFS DDKELEFLPW HARLQNMTYS ARIKVNVQVE VFKNTVVKSD KFKTGQDNYV E KKILDVKK ...文字列:
MPDMDIDVKD LEEFEATTGE INLSELGEGF LQSFCKKAAT SFFDKYGLIS HQLNSYNYFI EHGLQNVFQS FGEMLVEPSF DVVKKKDND WRYATVKFGE VTVEKPTFFS DDKELEFLPW HARLQNMTYS ARIKVNVQVE VFKNTVVKSD KFKTGQDNYV E KKILDVKK QDILIGSIPV MVKSILCKTS EKGKENCKKG DCAFDQGGYF VIKGAEKVFI AQEQMCTKRL WISNSPWTVS FR SENKRNR FIVRLSENEK AEDYKRREKV LTVYFLSTEI PVWLLFFALG VSSDKEAMDL IAFDGDDASI TNSLIASIHV ADA VCEAFR CGNNALTYVE QQIKSTKFPP AESVDECLHL YLFPGLQSLK KKARFLGYMV KCLLNSYAGK RKCENRDSFR NKRI ELAGE LLEREIRVHL AHARRKMTRA MQKHLSGDGD LKPIEHYLDA SVITNGLSRA FSTGAWSHPF RKMERVSGVV ANLGR ANPL QTLIDLRRTR QQVLYTGKVG DARYPHPSHW GRVCFLSTPD GENCGLVKNM SLLGLVSTQS LESVVEKLFA CGMEEL MDD TCTPLFGKHK VLLNGDWVGL CADSESFVAE LKSRRRQSEL PREMEIKRDK DDNEVRIFTD AGRLLRPLLV VENLQKL KQ EKPSQYPFDH LLDHGILELI GIEEEEDCNT AWGIKQLLKE PKIYTHCELD LSFLLGVSCA VVPFANHDHG RRVLYQSQ K HCQQAIGFSS TNPNIRCDTL SQQLFYPQKP LFKTLASECL KKEVLFNGQN AIVAVNVHLG YNQEDSIVMN KASLERGMF RSEQIRSYKA EVDAKDSEKR KKMDELVQFG KTHSKIGKVD SLEDDGFPFI GANMSTGDIV IGRCTESGAD HSIKLKHTER GIVQKVVLS SNDEGKNFAA VSLRQVRSPC LGDKFSSMHG QKGVLGYLEE QQNFPFTIQG IVPDIVINPH AFPSRQTPGQ L LEAALSKG IACPIQKEGS SAAYTKLTRH ATPFSTPGVT EITEQLHRAG FSRWGNERVY NGRSGEMMRS MIFMGPTFYQ RL VHMSEDK VKFRNTGPVH PLTRQPVADR KRFGGIKFGE MERDCLIAHG ASANLHERLF TLSDSSQMHI CRKCKTYANV IER TPSSGR KIRGPYCRVC VSSDHVVRVY VPYGAKLLCQ ELFSMGITLN FDTKLC

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases IV and V subunit 2

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 3

分子名称: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 35.503219 KDa
配列文字列: MDGATYQRFP KIKIRELKDD YAKFELRETD VSMANALRRV MISEVPTVAI DLVEIEVNSS VLNDEFIAHR LGLIPLTSER AMSMRFSRD CDACDGDGQC EFCSVEFRLS SKCVTDQTLD VTSRDLYSAD PTVTPVDFTI DSSVSDSSEH KGIIIVKLRR G QELKLRAI ...文字列:
MDGATYQRFP KIKIRELKDD YAKFELRETD VSMANALRRV MISEVPTVAI DLVEIEVNSS VLNDEFIAHR LGLIPLTSER AMSMRFSRD CDACDGDGQC EFCSVEFRLS SKCVTDQTLD VTSRDLYSAD PTVTPVDFTI DSSVSDSSEH KGIIIVKLRR G QELKLRAI ARKGIGKDHA KWSPAATVTF MYEPDIIINE DMMDTLSDEE KIDLIESSPT KVFGMDPVTR QVVVVDPEAY TY DEEVIKK AEAMGKPGLI EISPKDDSFI FTVESTGAVK ASQLVLNAID LLKQKLDAVR LSDDTVEADD QFGELGAHMR GG

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 3

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerases II and IV subunit 5A

分子名称: DNA-directed RNA polymerases II and IV subunit 5A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 24.340389 KDa
配列文字列: MLTEEELKRL YRIQKTLMQM LRDRGYFIAD SELTMTKQQF IRKHGDNMKR EDLVTLKAKR NDNSDQLYIF FPDEAKVGVK TMKMYTNRM KSENVFRAIL VVQQNLTPFA RTCISEISSK FHLEVFQEAE MLVNIKEHVL VPEHQVLTTE EKKTLLERYT V KETQLPRI ...文字列:
MLTEEELKRL YRIQKTLMQM LRDRGYFIAD SELTMTKQQF IRKHGDNMKR EDLVTLKAKR NDNSDQLYIF FPDEAKVGVK TMKMYTNRM KSENVFRAIL VVQQNLTPFA RTCISEISSK FHLEVFQEAE MLVNIKEHVL VPEHQVLTTE EKKTLLERYT V KETQLPRI QVTDPIARYF GLKRGQVVKI IRPSETAGRY VTYRYVV

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases II and IV subunit 5A

+
分子 #5: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 6A

分子名称: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 6A
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 16.670346 KDa
配列文字列:
MADEDYNDVD DLGYEDEPAE PEIEEGVEED VEMKENDDVN GEPIEAEDKV ETEPVQRPRK TSKFMTKYER ARILGTRALQ ISMNAPVMV ELEGETDPLE IAMKELRQRK IPFTIRRYLP DGSFEEWGVD ELIVEDSWKR QVGGD

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 6A

+
分子 #6: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 8B

分子名称: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 8B
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 16.626299 KDa
配列文字列:
MASNIIMFED IFVVDKLDPD GKKFDKVTRV EARSHNLEMF MHLDVNTEVY PLAVGDKFTL AMAPTLNLDG TPDTGYFTPG AKKTLADKY EYIMHGKLYK ISERDGKTPK AELYVSFGGL LMLLQGDPAH ISHFELDQRL FLLMRKL

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 8B

+
分子 #7: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 9A

分子名称: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 9A
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 13.297145 KDa
配列文字列:
MSTMKFCREC NNILYPKEDK EQKILLYACR NCDHQEVADN SCVYRNEVHH SVSERTQILT DVASDPTLPR TKAVRCSKCQ HREAVFFQA TARGEEGMTL FFVCCNPNCG HRWRE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 9A

+
分子 #8: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 10

分子名称: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 10
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 8.32369 KDa
配列文字列:
MIIPVRCFTC GKVIGNKWDQ YLDLLQLDYT EGDALDALQL VRYCCRRMLM THVDLIEKLL NYNTLEKSDN S

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 10

+
分子 #9: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 11

分子名称: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 11
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 13.582286 KDa
配列文字列:
MNAPERYERF VVPEGTKKVS YDRDTKIINA ASFTVEREDH TIGNIVRMQL HRDENVLFAG YQLPHPLKYK IIVRIHTTSQ SSPMQAYNQ AINDLDKELD YLKNQFEAEV AKFSNQF

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 11

+
分子 #10: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 12

分子名称: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 12
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 5.905768 KDa
配列文字列:
MDPAPEPVTY VCGDCGQENT LKSGDVIQCR ECGYRILYKK RTRRVVQYEA R

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 12

+
分子 #11: RNA-dependent RNA polymerase 2

分子名称: RNA-dependent RNA polymerase 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 129.494531 KDa
配列文字列: MVSETTTNRS TVKISNVPQT IVADELLRFL ELHLGEDTVF ALEIPTTRDN WKPRDFARVQ FTTLEVKSRA QLLSSQSKLL FKTHNLRLS EAYDDIIPRP VDPRKRLDDI VLTVGFPESD EKRFCALEKW DGVRCWILTE KRRVEFWVWE SGDCYKIEVR F EDIIETLS ...文字列:
MVSETTTNRS TVKISNVPQT IVADELLRFL ELHLGEDTVF ALEIPTTRDN WKPRDFARVQ FTTLEVKSRA QLLSSQSKLL FKTHNLRLS EAYDDIIPRP VDPRKRLDDI VLTVGFPESD EKRFCALEKW DGVRCWILTE KRRVEFWVWE SGDCYKIEVR F EDIIETLS CCVNGDASEI DAFLLKLKYG PKVFKRVTVH IATKFKSDRY RFCKEDFDFM WIRTTDFSGS KSIGTSTCFC LE VHNGSTM LDIFSGLPYY REDTLSLTYV DGKTFASAAQ IVPLLNAAIL GLEFPYEILF QLNALVHAQK ISLFAASDME LIK ILRGMS LETALVILKK LHQQSSICYD PVFFVKTQMQ SVVKKMKHSP ASAYKRLTEQ NIMSCQRAYV TPSKIYLLGP ELET ANYVV KNFAEHVSDF MRVTFVEEDW SKLPANALSV NSKEGYFVKP SRTNIYNRVL SILGEGITVG PKRFEFLAFS ASQLR GNSV WMFASNEKVK AEDIREWMGC FRKIRSISKC AARMGQLFSA SRQTLIVRAQ DVEQIPDIEV TTDGADYCFS DGIGKI SLA FAKQVAQKCG LSHVPSAFQI RYGGYKGVIA VDRSSFRKLS LRDSMLKFDS NNRMLNVTRW TESMPCFLNR EIICLLS TL GIEDAMFEAM QAVHLSMLGN MLEDRDAALN VLQKLSGENS KNLLVKMLLQ GYAPSSEPYL SMMLRVHHES QLSELKSR C RILVPKGRIL IGCMDEMGIL EYGQVYVRVT LTKAELKSRD QSYFRKIDEE TSVVIGKVVV TKNPCLHPGD IRVLDAIYE VHFEEKGYLD CIIFPQKGER PHPNECSGGD LDGDQFFVSW DEKIIPSEMD PPMDYAGSRP RLMDHDVTLE EIHKFFVDYM ISDTLGVIS TAHLVHADRD PEKARSQKCL ELANLHSRAV DFAKTGAPAE MPYALKPREF PDFLERFEKP TYISESVFGK L YRAVKSSL AQRKPEAESE DTVAYDVTLE EAGFESFIET AKAHRDMYGE KLTSLMIYYG AANEEEILTG ILKTKEMYLA RD NRRYGDM KDRITLSVKD LHKEAMGWFE KSCEDEQQKK KLASAWYYVT YNPNHRDEKL TFLSFPWIVG DVLLDIKAEN AQR QSVEEK TSGLVSI

UniProtKB: RNA-dependent RNA polymerase 2

+
分子 #12: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*TP*AP*GP*AP*GP*...

分子名称: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*TP*AP*GP*AP*GP*TP*G)-3')
タイプ: dna / ID: 12 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 6.196 KDa
配列文字列:
(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DT) (DC)(DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DT)(DG)

+
分子 #14: DNA (33-MER)

分子名称: DNA (33-MER) / タイプ: dna / ID: 14 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 9.954427 KDa
配列文字列:
(DC)(DA)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DC)(DG) (DA)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA)(DC) (DG)(DT)(DA)(DC)(DC)(DT)(DC)(DT)(DC) (DC)(DT)(DA)(DT)

+
分子 #13: RNA (39-MER)

分子名称: RNA (39-MER) / タイプ: rna / ID: 13 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 12.21502 KDa
配列文字列:
UUUUAUCGAG AGGUACUUUU CUUUUCUUUC UUCUUCGGU

+
分子 #15: RNA (5'-R(*CP*CP*GP*A)-3')

分子名称: RNA (5'-R(*CP*CP*GP*A)-3') / タイプ: rna / ID: 15 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 1.239818 KDa
配列文字列:
CCGA

+
分子 #16: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 8 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #17: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mmol/LC2H18N2O4SHEPES
100.0 mmol/LNaClSodium chloride
5.0 mmol/LMgCl2magnesium chloride
2.0 mmol/LC4H10O2S2DL-dithiothreitol
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 120 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 282.65 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-32 / 平均電子線量: 1.95 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 使用した粒子像数: 63253
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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