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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31060 | |||||||||
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タイトル | EV-D68 in complex with 2H12 Fab (State 3) | |||||||||
マップデータ | 2H12 A2 | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization ...picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / induction by virus of host autophagy / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / virus-mediated perturbation of host defense response / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Enterovirus D68 (エンテロウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ) / EV68, EV-68 / mouse (ネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Xu C / Cong Y | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Functional and structural characterization of a two-MAb cocktail for delayed treatment of enterovirus D68 infections. 著者: Chao Zhang / Cong Xu / Wenlong Dai / Yifan Wang / Zhi Liu / Xueyang Zhang / Xuesong Wang / Haikun Wang / Sitang Gong / Yao Cong / Zhong Huang / 要旨: Enterovirus D68 (EV-D68) is an emerging pathogen associated with respiratory diseases and/or acute flaccid myelitis. Here, two MAbs, 2H12 and 8F12, raised against EV-D68 virus-like particle (VLP), ...Enterovirus D68 (EV-D68) is an emerging pathogen associated with respiratory diseases and/or acute flaccid myelitis. Here, two MAbs, 2H12 and 8F12, raised against EV-D68 virus-like particle (VLP), show distinct preference in binding VLP and virion and in neutralizing different EV-D68 strains. A combination of 2H12 and 8F12 exhibits balanced and potent neutralization effects and confers broader protection in mice than single MAbs when given at onset of symptoms. Cryo-EM structures of EV-D68 virion complexed with 2H12 or 8F12 show that both antibodies bind to the canyon region of the virion, creating steric hindrance for sialic acid receptor binding. Additionally, 2H12 binding can impair virion integrity and trigger premature viral uncoating. We also capture an uncoating intermediate induced by 2H12 binding, not previously described for picornaviruses. Our study elucidates the structural basis and neutralizing mechanisms of the 2H12 and 8F12 MAbs and supports further development of the 2H12/8F12 cocktail as a broad-spectrum therapeutic agent against EV-D68 infections in humans. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31060.map.gz | 287 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31060-v30.xml emd-31060.xml | 14 KB 14 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_31060.png | 247.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31060 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31060 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31060_validation.pdf.gz | 615.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_31060_full_validation.pdf.gz | 614.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31060_validation.xml.gz | 7.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_31060_validation.cif.gz | 8.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31060 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31060 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31060.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 2H12 A2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.318 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Enterovirus D68 in complex with 2H12 Fab
全体 | 名称: Enterovirus D68 in complex with 2H12 Fab |
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要素 |
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-超分子 #1: Enterovirus D68 in complex with 2H12 Fab
超分子 | 名称: Enterovirus D68 in complex with 2H12 Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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-超分子 #2: Enterovirus D68
超分子 | 名称: Enterovirus D68 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Enterovirus D68 (エンテロウイルス) |
-超分子 #3: 2H12 Fab
超分子 | 名称: 2H12 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#5 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-分子 #1: Capsid protein VP1
分子 | 名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: EV68, EV-68 |
分子量 | 理論値: 32.920309 KDa |
配列 | 文字列: IESIIKTATD TVKSEINAEL GVVPSLNAVE TGATSNTEPE EAIQTRTVIN QHGVSETLVE NFLSRAALVS KRSFEYKDHT SSTARADKN FFKWTINTRS FVQLRRKLEL FTYLRFDAEI TILTTVAVNG SGNNTYVGLP DLTLQAMFVP TGALTPEKQD S FHWQSGSN ...文字列: IESIIKTATD TVKSEINAEL GVVPSLNAVE TGATSNTEPE EAIQTRTVIN QHGVSETLVE NFLSRAALVS KRSFEYKDHT SSTARADKN FFKWTINTRS FVQLRRKLEL FTYLRFDAEI TILTTVAVNG SGNNTYVGLP DLTLQAMFVP TGALTPEKQD S FHWQSGSN ASVFFKISDP PARITIPFMC INSAYSVFYD GFAGFEKNGL YGINPADTIG NLCVRIVNEH QPVGFTVTVR VY MKPKHIK AWAPRPPRTL PYMSIANANY KGKERAPNAL SAIIGNRDSV KTMPHNIVNT |
-分子 #2: Capsid protein VP3
分子 | 名称: Capsid protein VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: EV68, EV-68 |
分子量 | 理論値: 27.112814 KDa |
配列 | 文字列: GVPTYLLPGS GQFLTTDDHS SAPALPCFNP TPEMHIPGQV RNMLEVVQVE SMMEINNTES AVGMERLKVD ISALTDVDQL LFNIPLDIQ LDGPLRNTLV GNISRYYTHW SGSLEMTFMF CGSFMAAGKL ILCYTPPGGS CPTTRETAML GTHIVWDFGL Q SSVTLIIP ...文字列: GVPTYLLPGS GQFLTTDDHS SAPALPCFNP TPEMHIPGQV RNMLEVVQVE SMMEINNTES AVGMERLKVD ISALTDVDQL LFNIPLDIQ LDGPLRNTLV GNISRYYTHW SGSLEMTFMF CGSFMAAGKL ILCYTPPGGS CPTTRETAML GTHIVWDFGL Q SSVTLIIP WISGSHYRMF NNDAKSTNAN VGYVTCFMQT NLIVPSESSD TCSLIGFIAA KDDFSLRLMR DSPDIGQLDH LH AAEAAYQ |
-分子 #3: Capsid protein VP2
分子 | 名称: Capsid protein VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: EV68, EV-68 |
分子量 | 理論値: 27.567135 KDa |
配列 | 文字列: SPSAEACGYS DRVLQLKLGN SAIVTQEAAN YCCAYGEWPN YLPDHEAVAI DKPTQPETAT DRFYTLKSVK WETGSTGWWW KLPDALNNI GMFGQNVQHH YLYRSGFLIH VQCNATKFHQ GALLVVAIPE HQRGAHNTNT SPGFDDIMKG EEGGTFNHPY V LDDGTSLA ...文字列: SPSAEACGYS DRVLQLKLGN SAIVTQEAAN YCCAYGEWPN YLPDHEAVAI DKPTQPETAT DRFYTLKSVK WETGSTGWWW KLPDALNNI GMFGQNVQHH YLYRSGFLIH VQCNATKFHQ GALLVVAIPE HQRGAHNTNT SPGFDDIMKG EEGGTFNHPY V LDDGTSLA CATIFPHQWI NLRTNNSATI VLPWMNAAPM DFPLRHNQWT LAIIPVVPLG TRTTSSMVPI TVSIAPMCCE FN GLRHAIT Q |
-分子 #4: Fab 2H12 heavy chain
分子 | 名称: Fab 2H12 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: mouse (ネズミ) |
分子量 | 理論値: 22.990736 KDa |
配列 | 文字列: QVQLQQPGAE LVMPGASVKM SCKASGYTFT DYWMHWVKQR PGQGLEWIGA IDTSDSYTTY NRKFKGKATL TVDESSSTAY MQLISLTSE DSAVYYCARG GGGNSPFAYW GQGTLVTVSA AKTTAPSVYP LAPVCGDTTG SSVTLGCLVK GYFPEPVTLT W NSGSLSSG ...文字列: QVQLQQPGAE LVMPGASVKM SCKASGYTFT DYWMHWVKQR PGQGLEWIGA IDTSDSYTTY NRKFKGKATL TVDESSSTAY MQLISLTSE DSAVYYCARG GGGNSPFAYW GQGTLVTVSA AKTTAPSVYP LAPVCGDTTG SSVTLGCLVK GYFPEPVTLT W NSGSLSSG VHTFPAVLQS DLYTLSSSVT VTSSTWPSQS ITCNVAHPAS STKVDKKI |
-分子 #5: Fab 2H12 light chain
分子 | 名称: Fab 2H12 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: mouse (ネズミ) |
分子量 | 理論値: 23.58292 KDa |
配列 | 文字列: DIQMTQSPSS LSASLGERVS LTCRASQDIG SSLNWLQQEP DGTIKRLIYA TSSLDSGVPK RFSGSRSGSD YSLTISSLES EDFVDYYCL QYASFPLTFG AGTKLELKRA DAAPTVSIFP PSSEQLTSGG ASVVCFLNNF YPKDINVKWK IDGSERQNGV L NSWTDQDS ...文字列: DIQMTQSPSS LSASLGERVS LTCRASQDIG SSLNWLQQEP DGTIKRLIYA TSSLDSGVPK RFSGSRSGSD YSLTISSLES EDFVDYYCL QYASFPLTFG AGTKLELKRA DAAPTVSIFP PSSEQLTSGG ASVVCFLNNF YPKDINVKWK IDGSERQNGV L NSWTDQDS KDSTYSMSST LTLTKDEYER HNSYTCEATH KTSTSPIVKS FNRNEC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 38.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 2647 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |