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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30957 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of hDisp1NNN-3C-Cleavage | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 patched ligand maturation / diaphragm development / embryonic pattern specification / dorsal/ventral pattern formation / peptide transmembrane transporter activity / determination of left/right symmetry / peptide transport / smoothened signaling pathway / regulation of protein secretion / protein homotrimerization ...patched ligand maturation / diaphragm development / embryonic pattern specification / dorsal/ventral pattern formation / peptide transmembrane transporter activity / determination of left/right symmetry / peptide transport / smoothened signaling pathway / regulation of protein secretion / protein homotrimerization / basolateral plasma membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.68 Å | |||||||||
データ登録者 | Li W / Wang L / Gong X | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Structural insights into proteolytic activation of the human Dispatched1 transporter for Hedgehog morphogen release. 著者: Wanqiu Li / Linlin Wang / Bradley M Wierbowski / Mo Lu / Feitong Dong / Wenchen Liu / Sisi Li / Peiyi Wang / Adrian Salic / Xin Gong / 要旨: The membrane protein Dispatched (Disp), which belongs to the RND family of small molecule transporters, is essential for Hedgehog (Hh) signaling, by catalyzing the extracellular release of palmitate- ...The membrane protein Dispatched (Disp), which belongs to the RND family of small molecule transporters, is essential for Hedgehog (Hh) signaling, by catalyzing the extracellular release of palmitate- and cholesterol-modified Hh ligands from producing cells. Disp function requires Furin-mediated proteolytic cleavage of its extracellular domain, but how this activates Disp remains obscure. Here, we employ cryo-electron microscopy to determine atomic structures of human Disp1 (hDisp1), before and after cleavage, and in complex with lipid-modified Sonic hedgehog (Shh) ligand. These structures, together with biochemical data, reveal that proteolytic cleavage opens the extracellular domain of hDisp1, removing steric hindrance to Shh binding. Structure-guided functional experiments demonstrate the role of hDisp1-Shh interactions in ligand release. Our results clarify the mechanisms of hDisp1 activation and Shh morphogen release, and highlight how a unique proteolytic cleavage event enabled acquisition of a protein substrate by a member of a family of small molecule transporters. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30957.map.gz | 21.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30957-v30.xml emd-30957.xml | 12.9 KB 12.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30957.png | 41.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30957 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30957 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_30957_validation.pdf.gz | 454.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_30957_full_validation.pdf.gz | 454 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_30957_validation.xml.gz | 5.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_30957_validation.cif.gz | 6.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30957 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30957 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30957.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 23.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : hDisp1NNN-3C
全体 | 名称: hDisp1NNN-3C |
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要素 |
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-超分子 #1: hDisp1NNN-3C
超分子 | 名称: hDisp1NNN-3C / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Mammalian expression vector EGFP-MCS-pcDNA3.1 (その他) |
分子量 | 理論値: 150 KDa |
-分子 #1: Protein dispatched homolog 1
分子 | 名称: Protein dispatched homolog 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 29.497619 KDa |
組換発現 | 生物種: Mammalian expression vector EGFP-MCS-pcDNA3.1 (その他) |
配列 | 文字列: MAMSNGNNDF VVLSNSSIAT SAANPSPLTP CDGDHAAQQL TPKEATRTKV SPNGCLQLNG TVKSSFLPLD NQRMPQMLPQ CCHPCPYHH PLTSHSSHQE CHPEAGPAAP SALASCCMQP HSEYSASLCP NHSPVYQTTC CLQPSPSFCL HHPWPDHFQH Q PVQQHIAN ...文字列: MAMSNGNNDF VVLSNSSIAT SAANPSPLTP CDGDHAAQQL TPKEATRTKV SPNGCLQLNG TVKSSFLPLD NQRMPQMLPQ CCHPCPYHH PLTSHSSHQE CHPEAGPAAP SALASCCMQP HSEYSASLCP NHSPVYQTTC CLQPSPSFCL HHPWPDHFQH Q PVQQHIAN IRPSRPFKLP KSYAALIADW PVVVLGMCTM FIVVCALVGV LVPELPDFSD PLLGFEPRGT AIGQRLVTWN NM VKNTGYK ATLANYPFKY ADEQASSLEV LFQ |
-分子 #2: Protein dispatched homolog 1
分子 | 名称: Protein dispatched homolog 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 140.427594 KDa |
組換発現 | 生物種: Mammalian expression vector EGFP-MCS-pcDNA3.1 (その他) |
配列 | 文字列: GPGSEVDWNF HKDSFFCDVP SDRYSRVVFT SSGGETLWNL PAIKSMCNVD NSRIRSHPQF GDLCQRTTAA SCCPSWTLGN YIAILNNRS SCQKIVERDV SHTLKLLRTC AKHYQNGTLG PDCWDMAARR KDQLKCTNVP RKCTKYNAVY QILHYLVDKD F MTPKTADY ...文字列: GPGSEVDWNF HKDSFFCDVP SDRYSRVVFT SSGGETLWNL PAIKSMCNVD NSRIRSHPQF GDLCQRTTAA SCCPSWTLGN YIAILNNRS SCQKIVERDV SHTLKLLRTC AKHYQNGTLG PDCWDMAARR KDQLKCTNVP RKCTKYNAVY QILHYLVDKD F MTPKTADY ATPALKYSML FSPTEKGESM MNIYLDNFEN WNSSDGVTTI TGIEFGIKHS LFQDYLLMDT VYPAIAIVIV LL VMCVYTK SMFITLMTMF AIISSLIVSY FLYRVVFHFE FFPFMNLTAL IILVGIGANN AFVLCDVWNY TKFDKPHAET SET VSITLQ HAALSMFVTS FTTAAAFYAN YVSNITAIRC FGVYAGTAIL VNYVLMVTWL PAVVVLHERY LLNIFTCFKK PQQQ IYDNK SCWTVACQKC HKVLFAISEA SRIFFEKVLP CIVIKFRYLW LFWFLALTVG GAYIVCINPK MKLPSLELSE FQVFR SSHP FERYDAEYKK LFMFERVHHG EELHMPITVI WGVSPEDNGN PLNPKSKGKL TLDSSFNIAS PASQAWILHF CQKLRN QTF FYQTDEQDFT SCFIETFKQW MENQDCDEPA LYPCCSHWSF PYKQEIFELC IKRAIMELER STGYHLDSKT PGPRFDI ND TIRAVVLEFQ STYLFTLAYE KMHQFYKEVD SWISSELSSA PEGLSNGWFV SNLEFYDLQD SLSDGTLIAM GLSVAVAF S VMLLTTWNII ISLYAIISIA GTIFVTVGSL VLLGWELNVL ESVTISVAVG LSVNFAVHYG VAYRLAPDPD REGKVIFSL SRVGSAMAMA ALTTFVAGAM MMPSTVLAYT QLGTFMMLIM CISWAFATFF FQCMCRCLGP QGTCGQIPLP KKLQCSAFSH ALSTSPSDK GQSKTHTINA YHLDPRGPKS ELEHEFYELE PLASHSCTAP EKTTYEETHI CSEFFNSQAK NLGMPVHAAY N SELSKSTE SDAGSALLQP PLEQHTVCHF FSLNQRCSCP DAYKHLNYGP HSCQQMGDCL CHQCSPTTSS FVQIQNGVAP LK ATHQAVE GFVHPITHIH HCPCLQGRVK PAGMQNSLPR NFFLHPVQHI QAQEKIGKTN VHSLQRSIEE HLPKMAEPSS FVC RSTGSL LKTCCDPENK QRELCKNRDV SNLESSGGTE NKAGGKVELS LSQTDASVNS EHFNQNEPKV LFNHLMGEAG CRSC PNNSQ SCGRIVRVKC NSVDCQMPNM EANVPAVLTH SELSGESLLI KTL |
-分子 #3: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
分子 | 名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 8 / 式: Y01 |
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分子量 | 理論値: 486.726 Da |
Chemical component information | ChemComp-Y01: |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 7.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 63043 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |