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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30932 | |||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | LHCII-1 in the state transition supercomplex PSI-LHCI-LHCII from the LhcbM1 lacking mutant of Chlamydomonas reinhardtii | |||||||||||||||||||||||||||
マップデータ | Local refined map of LHCII-1 in the PSI-LHCI-LHCII supercomplex from LhcbM1 lacking mutant of Chlamydomonas reinhardtii | |||||||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Supercomplex / LHCII / state transition / green alga / Chlamydomonas reinhardtii / PHOTOSYNTHESIS | |||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) | |||||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.75 Å | |||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Pan XW / Li AJ | |||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 日本, 8件
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引用 | ジャーナル: Nat Plants / 年: 2021 タイトル: Structural basis of LhcbM5-mediated state transitions in green algae. 著者: Xiaowei Pan / Ryutaro Tokutsu / Anjie Li / Kenji Takizawa / Chihong Song / Kazuyoshi Murata / Tomohito Yamasaki / Zhenfeng Liu / Jun Minagawa / Mei Li / 要旨: In green algae and plants, state transitions serve as a short-term light-acclimation process in the regulation of the light-harvesting capacity of photosystems I and II (PSI and PSII, respectively). ...In green algae and plants, state transitions serve as a short-term light-acclimation process in the regulation of the light-harvesting capacity of photosystems I and II (PSI and PSII, respectively). During the process, a portion of light-harvesting complex II (LHCII) is phosphorylated, dissociated from PSII and binds with PSI to form the supercomplex PSI-LHCI-LHCII. Here, we report high-resolution structures of PSI-LHCI-LHCII from Chlamydomonas reinhardtii, revealing the mechanism of assembly between the PSI-LHCI complex and two phosphorylated LHCII trimers containing all four types of LhcbM protein. Two specific LhcbM isoforms, namely LhcbM1 and LhcbM5, directly interact with the PSI core through their phosphorylated amino terminal regions. Furthermore, biochemical and functional studies on mutant strains lacking either LhcbM1 or LhcbM5 indicate that only LhcbM5 is indispensable in supercomplex formation. The results unravel the specific interactions and potential excitation energy transfer routes between green algal PSI and two phosphorylated LHCIIs. | |||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30932.map.gz | 5.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30932-v30.xml emd-30932.xml | 14.3 KB 14.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30932.png | 47.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-30932.cif.gz | 5.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30932 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30932 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_30932_validation.pdf.gz | 323.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_30932_full_validation.pdf.gz | 322.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_30932_validation.xml.gz | 5.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_30932_validation.cif.gz | 6.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30932 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30932 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30932.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Local refined map of LHCII-1 in the PSI-LHCI-LHCII supercomplex from LhcbM1 lacking mutant of Chlamydomonas reinhardtii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : State transition complex PSI-LHCI-LHCII from green algae
全体 | 名称: State transition complex PSI-LHCI-LHCII from green algae |
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要素 |
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-超分子 #1: State transition complex PSI-LHCI-LHCII from green algae
超分子 | 名称: State transition complex PSI-LHCI-LHCII from green algae タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) |
-分子 #1: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
分子 | 名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) |
分子量 | 理論値: 26.67535 KDa |
配列 | 文字列: MAAIMKSAVR SSVRPTVSGR SARVVPRAAI EWYGPDRPKF LGPFSEGDTP AYLTGEFPGD YGWDTAGLSA DPETFKRYRE LELIHARWA MLGALGCITP ELLAKNGIPF GEAVWFKAGA QIFAEGGLNY LGNENLIHAQ SIIATLAFQV VVMGLAEAYR A NGGPLGEG ...文字列: MAAIMKSAVR SSVRPTVSGR SARVVPRAAI EWYGPDRPKF LGPFSEGDTP AYLTGEFPGD YGWDTAGLSA DPETFKRYRE LELIHARWA MLGALGCITP ELLAKNGIPF GEAVWFKAGA QIFAEGGLNY LGNENLIHAQ SIIATLAFQV VVMGLAEAYR A NGGPLGEG LDPLHPGGAF DPLGLADDPD TFAELKVKEI KNGRLAMFSM FGFFVQAIVT GKGPIQNLDD HLANPTAVNA FA YATKFTP SA UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic |
-分子 #2: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
分子 | 名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) |
分子量 | 理論値: 27.405008 KDa |
配列 | 文字列: MAFALSFSRK ALQVSAKATG KKGTGKTAAK QAPASSGIEF YGPNRAKWLG PYSENATPAY LTGEFPGDYG WDTAGLSADP ETFKRYREL ELIHARWAML GALGCITPEL LAKSGTQFGE AVWFKAGAQI FSEGGLDYLG NPSLVHAQNI VATLAVQVIL M GLVEGYRV ...文字列: MAFALSFSRK ALQVSAKATG KKGTGKTAAK QAPASSGIEF YGPNRAKWLG PYSENATPAY LTGEFPGDYG WDTAGLSADP ETFKRYREL ELIHARWAML GALGCITPEL LAKSGTQFGE AVWFKAGAQI FSEGGLDYLG NPSLVHAQNI VATLAVQVIL M GLVEGYRV NGGPAGEGLD PLYPGESFDP LGLADDPDTF AELKVKEIKN GRLAMFSMFG FFVQAIVTGK GPIQNLDDHL SN PTVNNAF AFATKFTPSA UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic |
-分子 #3: CHLOROPHYLL B
分子 | 名称: CHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 18 / 式: CHL |
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分子量 | 理論値: 907.472 Da |
Chemical component information | ChemComp-CHL: |
-分子 #4: CHLOROPHYLL A
分子 | 名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 24 / 式: CLA |
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分子量 | 理論値: 893.489 Da |
Chemical component information | ChemComp-CLA: |
-分子 #5: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
分子 | 名称: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 6 / 式: LUT |
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分子量 | 理論値: 568.871 Da |
Chemical component information | ChemComp-LUT: |
-分子 #6: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...
分子 | 名称: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: XAT |
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分子量 | 理論値: 600.87 Da |
Chemical component information | ChemComp-XAT: |
-分子 #7: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY...
分子 | 名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5- ...名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 3 / 式: NEX |
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分子量 | 理論値: 600.87 Da |
Chemical component information | ChemComp-NEX: |
-分子 #8: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子 | 名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 3 / 式: LHG |
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分子量 | 理論値: 722.97 Da |
Chemical component information | ChemComp-LHG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 1.5625 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 123997 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |