+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30911 | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Human 46QHuntingtin-HAP40 complex structure | |||||||||||||||
マップデータ | Human 46QHuntingtin-HAP40 complex structure | |||||||||||||||
試料 |
| |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 vesicle cytoskeletal trafficking / regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / : / positive regulation of inositol 1,4,5-trisphosphate-sensitive calcium-release channel activity / microtubule-based transport / vocal learning / regulation of CAMKK-AMPK signaling cascade / negative regulation of proteasomal protein catabolic process / positive regulation of mitophagy / profilin binding ...vesicle cytoskeletal trafficking / regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / : / positive regulation of inositol 1,4,5-trisphosphate-sensitive calcium-release channel activity / microtubule-based transport / vocal learning / regulation of CAMKK-AMPK signaling cascade / negative regulation of proteasomal protein catabolic process / positive regulation of mitophagy / profilin binding / vesicle transport along microtubule / positive regulation of cilium assembly / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / presynaptic cytosol / positive regulation of aggrephagy / positive regulation of lipophagy / dynein intermediate chain binding / postsynaptic cytosol / beta-tubulin binding / Golgi organization / establishment of mitotic spindle orientation / dynactin binding / Regulation of MECP2 expression and activity / autophagosome / inclusion body / heat shock protein binding / centriole / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / protein destabilization / cytoplasmic vesicle membrane / kinase binding / p53 binding / late endosome / transmembrane transporter binding / early endosome / nuclear body / positive regulation of apoptotic process / axon / dendrite / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Guo Q / Fernandez-Busnadiego R | |||||||||||||||
資金援助 | ドイツ, European Union, 4件
| |||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2021 タイトル: Pathological polyQ expansion does not alter the conformation of the Huntingtin-HAP40 complex. 著者: Bin Huang / Qiang Guo / Marie L Niedermeier / Jingdong Cheng / Tatjana Engler / Melanie Maurer / Alexander Pautsch / Wolfgang Baumeister / Florian Stengel / Stefan Kochanek / Rubén Fernández-Busnadiego / 要旨: The abnormal amplification of a CAG repeat in the gene coding for huntingtin (HTT) leads to Huntington's disease (HD). At the protein level, this translates into the expansion of a polyglutamine ...The abnormal amplification of a CAG repeat in the gene coding for huntingtin (HTT) leads to Huntington's disease (HD). At the protein level, this translates into the expansion of a polyglutamine (polyQ) stretch located at the HTT N terminus, which renders HTT aggregation prone by unknown mechanisms. Here we investigated the effects of polyQ expansion on HTT in a complex with its stabilizing interaction partner huntingtin-associated protein 40 (HAP40). Surprisingly, our comprehensive biophysical, crosslinking mass spectrometry and cryo-EM experiments revealed no major differences in the conformation of HTT-HAP40 complexes of various polyQ length, including 17QHTT-HAP40 (wild type), 46QHTT-HAP40 (typical polyQ length in HD patients), and 128QHTT-HAP40 (extreme polyQ length). Thus, HTT polyQ expansion does not alter the global conformation of HTT when associated with HAP40. | |||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30911.map.gz | 10.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-30911-v30.xml emd-30911.xml | 15.5 KB 15.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30911.png | 180.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30911 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30911 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7dxjMC 7dxkC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10667 (タイトル: Human 46QHuntingtin-HAP40 complex structure / Data size: 59.2 Data #1: Aligned micrographs of Human 46QHuntingtin-HAP40 sample [micrographs - single frame]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30911.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Human 46QHuntingtin-HAP40 complex structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Human 46QHuntingtin-HAP40 complex structure
全体 | 名称: Human 46QHuntingtin-HAP40 complex structure |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Human 46QHuntingtin-HAP40 complex structure
超分子 | 名称: Human 46QHuntingtin-HAP40 complex structure / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
-分子 #1: Huntingtin
分子 | 名称: Huntingtin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: 46Q-Huntingtin / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 351.191312 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
配列 | 文字列: MATLEKLMKA FESLKSFQQQ QQQQQQQQQQ QQQQQQQQQQ QQQQQQQQQQ QQQQQQQQQQ QQQPPPPPPP PPPPQLPQPP PQAQPLLPQ PQPPPPPPPP PPGPAVAEEP LHRPKKELSA TKKDRVNHCL TICENIVAQS VRNSPEFQKL LGIAMELFLL C SDDAESDV ...文字列: MATLEKLMKA FESLKSFQQQ QQQQQQQQQQ QQQQQQQQQQ QQQQQQQQQQ QQQQQQQQQQ QQQPPPPPPP PPPPQLPQPP PQAQPLLPQ PQPPPPPPPP PPGPAVAEEP LHRPKKELSA TKKDRVNHCL TICENIVAQS VRNSPEFQKL LGIAMELFLL C SDDAESDV RMVADECLNK VIKALMDSNL PRLQLELYKE IKKNGAPRSL RAALWRFAEL AHLVRPQKCR PYLVNLLPCL TR TSKRPEE SVQETLAAAV PKIMASFGNF ANDNEIKVLL KAFIANLKSS SPTIRRTAAG SAVSICQHSR RTQYFYSWLL NVL LGLLVP VEDEHSTLLI LGVLLTLRYL VPLLQQQVKD TSLKGSFGVT RKEMEVSPSA EQLVQVYELT LHHTQHQDHN VVTG ALELL QQLFRTPPPE LLQTLTAVGG IGQLTAAKEE SGGRSRSGSI VELIAGGGSS CSPVLSRKQK GKVLLGEEEA LEDDS ESRS DVSSSALTAS VKDEISGELA ASSGVSTPGS AGHDIITEQP RSQHTLQADS VDLASCDLTS SATDGDEEDI LSHSSS QVS AVPSDPAMDL NDGTQASSPI SDSSQTTTEG PDSAVTPSDS SEIVLDGTDN QYLGLQIGQP QDEDEEATGI LPDEASE AF RNSSMALQQA HLLKNMSHCR QPSDSSVDKF VLRDEATEPG DQENKPCRIK GDIGQSTDDD SAPLVHCVRL LSASFLLT G GKNVLVPDRD VRVSVKALAL SCVGAAVALH PESFFSKLYK VPLDTTEYPE EQYVSDILNY IDHGDPQVRG ATAILCGTL ICSILSRSRF HVGDWMGTIR TLTGNTFSLA DCIPLLRKTL KDESSVTCKL ACTAVRNCVM SLCSSSYSEL GLQLIIDVLT LRNSSYWLV RTELLETLAE IDFRLVSFLE AKAENLHRGA HHYTGLLKLQ ERVLNNVVIH LLGDEDPRVR HVAAASLIRL V PKLFYKCD QGQADPVVAV ARDQSSVYLK LLMHETQPPS HFSVSTITRI YRGYNLLPSI TDVTMENNLS RVIAAVSHEL IT STTRALT FGCCEALCLL STAFPVCIWS LGWHCGVPPL SASDESRKSC TVGMATMILT LLSSAWFPLD LSAHQDALIL AGN LLAASA PKSLRSSWAS EEEANPAATK QEEVWPALGD RALVPMVEQL FSHLLKVINI CAHVLDDVAP GPAIKAALPS LTNP PSLSP IRRKGKEKEP GEQASVPLSP KKGSEASAAS RQSDTSGPVT TSKSSSLGSF YHLPSYLRLH DVLKATHANY KVTLD LQNS TEKFGGFLRS ALDVLSQILE LATLQDIGKC VEEILGYLKS CFSREPMMAT VCVQQLLKTL FGTNLASQFD GLSSNP SKS QGRAQRLGSS SVRPGLYHYC FMAPYTHFTQ ALADASLRNM VQAEQENDTS GWFDVLQKVS TQLKTNLTSV TKNRADK NA IHNHIRLFEP LVIKALKQYT TTTCVQLQKQ VLDLLAQLVQ LRVNYCLLDS DQVFIGFVLK QFEYIEVGQF RESEAIIP N IFFFLVLLSY ERYHSKQIIG IPKIIQLCDG IMASGRKAVT HAIPALQPIV HDLFVLRGTN KADAGKELET QKEVVVSML LRLIQYHQVL EMFILVLQQC HKENEDKWKR LSRQIADIIL PMLAKQQMHI DSHEALGVLN TLFEILAPSS LRPVDMLLRS MFVTPNTMA SVSTVQLWIS GILAILRVLI SQSTEDIVLS RIQELSFSPY LISCTVINRL RDGDSNSTLE EHSEGKQIKN L PEETFSRF LLQLVGILLE DIVTKQLKVE MSEQQHTFYC QELGTLLMCL IHIFKSGMFR RITAAATRLF RSDGCGGSFY TL DSLNLRA RSMITTHPAL VLLWCQILLL VNHTDYRWWA EVQQTPKRHS LSSTKLLSPQ MSGEEEDSDL AAKLGMCNRE IVR RGALIL FCDYVCQNLH DSEHLTWLIV NHIQDLISLS HEPPVQDFIS AVHRNSAASG LFIQAIQSRC ENLSTPTMLK KTLQ CLEGI HLSQSGAVLT LYVDRLLCTP FRVLARMVDI LACRRVEMLL AANLQSSMAQ LPMEELNRIQ EYLQSSGLAQ RHQRL YSLL DRFRLSTMQD SLSPSPPVSS HPLDGDGHVS LETVSPDKDW YVHLVKSQCW TRSDSALLEG AELVNRIPAE DMNAFM MNS EFNLSLLAPC LSLGMSEISG GQKSALFEAA REVTLARVSG TVQQLPAVHH VFQPELPAEP AAYWSKLNDL FGDAALY QS LPTLARALAQ YLVVVSKLPS HLHLPPEKEK DIVKFVVATL EALSWHLIHE QIPLSLDLQA GLDCCCLALQ LPGLWSVV S STEFVTHACS LIHCVHFILE AVAVQPGEQL LSPERRTNTP KAISEEEEEV DPNTQNPKYI TAACEMVAEM VESLQSVLA LGHKRNSGVP AFLTPLLRNI IISLARLPLV NSYTRVPPLV WKLGWSPKPG GDFGTAFPEI PVEFLQEKEV FKEFIYRINT LGWTSRTQF EETWATLLGV LVTQPLVMEQ EESPPEEDTE RTQINVLAVQ AITSLVLSAM TVPVAGNPAV SCLEQQPRNK P LKALDTRF GRKLSIIRGI VEQEIQAMVS KRENIATHHL YQAWDPVPSL SPATTGALIS HEKLLLQINP ERELGSMSYK LG QVSIHSV WLGNSITPLR EEEWDEEEEE EADAPAPSSP PTSPVNSRKH RAGVDIHSCS QFLLELYSRW ILPSSSARRT PAI LISEVV RSLLVVSDLF TERNQFELMY VTLTELRRVH PSEDEILAQY LVPATCKAAA VLGMDKAVAE PVSRLLESTL RSSH LPSRV GALHGVLYVL ECDLLDDTAK QLIPVISDYL LSNLKGIAHC VNIHSQQHVL VMCATAFYLI ENYPLDVGPE FSASI IQMC GVMLSGSEES TPSIIYHCAL RGLERLLLSE QLSRLDAESL VKLSVDRVNV HSPHRAMAAL GLMLTCMYTG KEKVSP GRT SDPNPAAPDS ESVIVAMERV SVLFDRIRKG FPCEARVVAR ILPQFLDDFF PPQDIMNKVI GEFLSNQQPY PQFMATV VY KVFQTLHSTG QSSMVRDWVM LSLSNFTQRA PVAMATWSLS CFFVSASTSP WVAAILPHVI SRMGKLEQVD VNLFCLVA T DFYRHQIEEE LDRRAFQSVL EVVAAPGSPY HRLLTCLRNV HKVTTC |
-分子 #2: 40-kDa huntingtin-associated protein
分子 | 名称: 40-kDa huntingtin-associated protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 39.141879 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAAAAAGLGG GGAGPGPEAG DFLARYRLVS NKLKKRFLRK PNVAEAGEQF GQLGRELRAQ ECLPYAAWCQ LAVARCQQAL FHGPGEALA LTEAARLFLR QERDARQRLV CPAAYGEPLQ AAASALGAAV RLHLELGQPA AAAALCLELA AALRDLGQPA A AAGHFQRA ...文字列: MAAAAAGLGG GGAGPGPEAG DFLARYRLVS NKLKKRFLRK PNVAEAGEQF GQLGRELRAQ ECLPYAAWCQ LAVARCQQAL FHGPGEALA LTEAARLFLR QERDARQRLV CPAAYGEPLQ AAASALGAAV RLHLELGQPA AAAALCLELA AALRDLGQPA A AAGHFQRA AQLQLPQLPL AALQALGEAA SCQLLARDYT GALAVFTRMQ RLAREHGSHP VQSLPPPPPP APQPGPGATP AL PAALLPP NSGSAAPSPA ALGAFSDVLV RCEVSRVLLL LLLQPPPAKL LPEHAQTLEK YSWEAFDSHG QESSGQLPEE LFL LLQSLV MATHEKDTEA IKSLQVEMWP LLTAEQNHLL HLVLQETISP SGQGV |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
---|---|
グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 192473 |
---|---|
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION |