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- EMDB-30843: Complex of FMDV and M8 Nab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30843
タイトルComplex of FMDV and M8 Nab
マップデータ
試料
  • 複合体: FMDV in complex with M8 Nab
    • 複合体: M8 Nab
      • タンパク質・ペプチド: M8 Nab
    • 複合体: FMDV
      • タンパク質・ペプチド: VP1 of O type FMDV capsid
      • タンパク質・ペプチド: VP2 of O-type FMDV capsid
      • タンパク質・ペプチド: VP3 of O-type FMDV capsid
      • タンパク質・ペプチド: VP4 of O-type FMDV capsid
キーワードNab / complex / FMDV / VIRUS
生物種Vicugna pacos (アルパカ) / Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Dong H / Liu P
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)No. 31941011, 12034006, 31672592, 31873023, 31811540395, 31772739, 315725153 and 1811540395 中国
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2022
タイトル: Structural and molecular basis for foot-and-mouth disease virus neutralization by two potent protective antibodies.
著者: Hu Dong / Pan Liu / Manyuan Bai / Kang Wang / Rui Feng / Dandan Zhu / Yao Sun / Suyu Mu / Haozhou Li / Michiel Harmsen / Shiqi Sun / Xiangxi Wang / Huichen Guo /
履歴
登録2021年1月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月31日-
マップ公開2021年3月31日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7dss
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7dss
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30843.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30843.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.35 Å/pix.
x 400 pix.
= 540. Å		1.35 Å/pix.
x 400 pix.
= 540. Å		1.35 Å/pix.
x 400 pix.
= 540. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.08405144 - 0.14477538
平均 (標準偏差)0.0004934146 (±0.008252276)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 540.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z540.000540.000540.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.0840.1450.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : FMDV in complex with M8 Nab

全体名称: FMDV in complex with M8 Nab
要素
  • 複合体: FMDV in complex with M8 Nab
    • 複合体: M8 Nab
      • タンパク質・ペプチド: M8 Nab
    • 複合体: FMDV
      • タンパク質・ペプチド: VP1 of O type FMDV capsid
      • タンパク質・ペプチド: VP2 of O-type FMDV capsid
      • タンパク質・ペプチド: VP3 of O-type FMDV capsid
      • タンパク質・ペプチド: VP4 of O-type FMDV capsid

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超分子 #1: FMDV in complex with M8 Nab

超分子名称: FMDV in complex with M8 Nab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Vicugna pacos (アルパカ)

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超分子 #2: M8 Nab

超分子名称: M8 Nab / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)

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超分子 #3: FMDV

超分子名称: FMDV / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#5

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分子 #1: M8 Nab

分子名称: M8 Nab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vicugna pacos (アルパカ)
分子量理論値: 13.932477 KDa
組換発現生物種: Lama glama (ラマ)
配列文字列:
GGSQVQLQES GGGLVQPGGS LRLSCVASGT VFSINDISIN HLGWYRQAPG KERELVAAIT ADGTSAYEDS VKGRFIISRD DAKKMVYLQ MNSLKPEDTA VYYCNGLRAS NAGWEPRFGT WGQGTQVTVS S

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分子 #2: VP1 of O type FMDV capsid

分子名称: VP1 of O type FMDV capsid / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
分子量理論値: 22.849139 KDa
配列文字列: TTSTGESADP VTATVENYGG ETQVQRRHHT DVSFILDRFV KVTPKDSINV LDLMQTPSHT LVGALLRTAT YYFADLEVAV KHKGDLTWV PNGAPVAALD NTTNPTAYHK APLTRLALPY TAPHRVLATV YNGKCKYAEG SLPNVRGDLQ VLAQKAARPL P TSFNYGAI ...文字列:
TTSTGESADP VTATVENYGG ETQVQRRHHT DVSFILDRFV KVTPKDSINV LDLMQTPSHT LVGALLRTAT YYFADLEVAV KHKGDLTWV PNGAPVAALD NTTNPTAYHK APLTRLALPY TAPHRVLATV YNGKCKYAEG SLPNVRGDLQ VLAQKAARPL P TSFNYGAI KATRVTELLY RMKRAETYCP RPLLAVHPSA ARHKQKIVAP

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分子 #3: VP2 of O-type FMDV capsid

分子名称: VP2 of O-type FMDV capsid / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
分子量理論値: 23.091078 KDa
配列文字列: RILTTRNGHT TSTTQSSVGI THGYATAEDF VNGPNTSGLE TRVVQAERFF KTHLFDWVTS DPFGRYYLLE LPTDHKGVYG SLTDSYAYM RNGWDVEVTA VGNQFNGGCL LVAMVPELCS IEQRELFQLT LFPHQFINPR TNMTAHIKVP FVGVNRYDQY K VHKPWTLV ...文字列:
RILTTRNGHT TSTTQSSVGI THGYATAEDF VNGPNTSGLE TRVVQAERFF KTHLFDWVTS DPFGRYYLLE LPTDHKGVYG SLTDSYAYM RNGWDVEVTA VGNQFNGGCL LVAMVPELCS IEQRELFQLT LFPHQFINPR TNMTAHIKVP FVGVNRYDQY K VHKPWTLV VMVVAPLTVN TEGAPQIKVY ANIAPTNVHV AGEFPSKE

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分子 #4: VP3 of O-type FMDV capsid

分子名称: VP3 of O-type FMDV capsid / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
分子量理論値: 23.704688 KDa
配列文字列: GIFPVACSDG YGGLVTTDPK TADPVYGKVF NPPRNMLPGR FTNLLDVAEA CPTFLHFDGD VPYVTTKTDS DRVLAQFDLS LAAKHMSNT FLAGLAQYYT QYSGTVNLHF MFTGPTDAKA RYMIAIAPPG MEPPKTPEAA AHCIHAEWDT GLNSKFTFSI P YLSAADYA ...文字列:
GIFPVACSDG YGGLVTTDPK TADPVYGKVF NPPRNMLPGR FTNLLDVAEA CPTFLHFDGD VPYVTTKTDS DRVLAQFDLS LAAKHMSNT FLAGLAQYYT QYSGTVNLHF MFTGPTDAKA RYMIAIAPPG MEPPKTPEAA AHCIHAEWDT GLNSKFTFSI P YLSAADYA YTASDAAETT NVQGWVCLFQ ITHGKAEGDA LVVLASAGKD FELRLPVDAR Q

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分子 #5: VP4 of O-type FMDV capsid

分子名称: VP4 of O-type FMDV capsid / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
分子量理論値: 7.963328 KDa
配列文字列:
SQNQSGNTGS IINNYYMQQY QNSMDTQLGN NAISGGSNEG STDTTSTHTT NTQNNDWFSK LASSAFSGLF GALLA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 3000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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