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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30843 | |||||||||
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タイトル | Complex of FMDV and M8 Nab | |||||||||
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生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
![]() | Dong H / Liu P | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural and molecular basis for foot-and-mouth disease virus neutralization by two potent protective antibodies. 著者: Hu Dong / Pan Liu / Manyuan Bai / Kang Wang / Rui Feng / Dandan Zhu / Yao Sun / Suyu Mu / Haozhou Li / Michiel Harmsen / Shiqi Sun / Xiangxi Wang / Huichen Guo / ![]() ![]() | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 226.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.1 KB 14.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 71.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : FMDV in complex with M8 Nab
全体 | 名称: FMDV in complex with M8 Nab |
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要素 |
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-超分子 #1: FMDV in complex with M8 Nab
超分子 | 名称: FMDV in complex with M8 Nab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-超分子 #2: M8 Nab
超分子 | 名称: M8 Nab / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-超分子 #3: FMDV
超分子 | 名称: FMDV / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#5 |
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-分子 #1: M8 Nab
分子 | 名称: M8 Nab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 13.932477 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GGSQVQLQES GGGLVQPGGS LRLSCVASGT VFSINDISIN HLGWYRQAPG KERELVAAIT ADGTSAYEDS VKGRFIISRD DAKKMVYLQ MNSLKPEDTA VYYCNGLRAS NAGWEPRFGT WGQGTQVTVS S |
-分子 #2: VP1 of O type FMDV capsid
分子 | 名称: VP1 of O type FMDV capsid / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 22.849139 KDa |
配列 | 文字列: TTSTGESADP VTATVENYGG ETQVQRRHHT DVSFILDRFV KVTPKDSINV LDLMQTPSHT LVGALLRTAT YYFADLEVAV KHKGDLTWV PNGAPVAALD NTTNPTAYHK APLTRLALPY TAPHRVLATV YNGKCKYAEG SLPNVRGDLQ VLAQKAARPL P TSFNYGAI ...文字列: TTSTGESADP VTATVENYGG ETQVQRRHHT DVSFILDRFV KVTPKDSINV LDLMQTPSHT LVGALLRTAT YYFADLEVAV KHKGDLTWV PNGAPVAALD NTTNPTAYHK APLTRLALPY TAPHRVLATV YNGKCKYAEG SLPNVRGDLQ VLAQKAARPL P TSFNYGAI KATRVTELLY RMKRAETYCP RPLLAVHPSA ARHKQKIVAP |
-分子 #3: VP2 of O-type FMDV capsid
分子 | 名称: VP2 of O-type FMDV capsid / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 23.091078 KDa |
配列 | 文字列: RILTTRNGHT TSTTQSSVGI THGYATAEDF VNGPNTSGLE TRVVQAERFF KTHLFDWVTS DPFGRYYLLE LPTDHKGVYG SLTDSYAYM RNGWDVEVTA VGNQFNGGCL LVAMVPELCS IEQRELFQLT LFPHQFINPR TNMTAHIKVP FVGVNRYDQY K VHKPWTLV ...文字列: RILTTRNGHT TSTTQSSVGI THGYATAEDF VNGPNTSGLE TRVVQAERFF KTHLFDWVTS DPFGRYYLLE LPTDHKGVYG SLTDSYAYM RNGWDVEVTA VGNQFNGGCL LVAMVPELCS IEQRELFQLT LFPHQFINPR TNMTAHIKVP FVGVNRYDQY K VHKPWTLV VMVVAPLTVN TEGAPQIKVY ANIAPTNVHV AGEFPSKE |
-分子 #4: VP3 of O-type FMDV capsid
分子 | 名称: VP3 of O-type FMDV capsid / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 23.704688 KDa |
配列 | 文字列: GIFPVACSDG YGGLVTTDPK TADPVYGKVF NPPRNMLPGR FTNLLDVAEA CPTFLHFDGD VPYVTTKTDS DRVLAQFDLS LAAKHMSNT FLAGLAQYYT QYSGTVNLHF MFTGPTDAKA RYMIAIAPPG MEPPKTPEAA AHCIHAEWDT GLNSKFTFSI P YLSAADYA ...文字列: GIFPVACSDG YGGLVTTDPK TADPVYGKVF NPPRNMLPGR FTNLLDVAEA CPTFLHFDGD VPYVTTKTDS DRVLAQFDLS LAAKHMSNT FLAGLAQYYT QYSGTVNLHF MFTGPTDAKA RYMIAIAPPG MEPPKTPEAA AHCIHAEWDT GLNSKFTFSI P YLSAADYA YTASDAAETT NVQGWVCLFQ ITHGKAEGDA LVVLASAGKD FELRLPVDAR Q |
-分子 #5: VP4 of O-type FMDV capsid
分子 | 名称: VP4 of O-type FMDV capsid / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 7.963328 KDa |
配列 | 文字列: SQNQSGNTGS IINNYYMQQY QNSMDTQLGN NAISGGSNEG STDTTSTHTT NTQNNDWFSK LASSAFSGLF GALLA |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 3000 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |