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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30774 | |||||||||
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タイトル | The cryo-EM structure of human papillomavirus type 58 pseudovirus in complexed with the Fab fragment of 2H3 | |||||||||
マップデータ | The cryo-EM structure of human papillomavirus type 58 pseudovirus in complexed with the Fab fragment of 2H3 | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human papillomavirus type 58 (パピローマウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.08 Å | |||||||||
データ登録者 | He MZ / Chi X / Zha ZH / Zheng QB / Gu Y / Li SW / Xia NS | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2021 タイトル: Structural basis for the shared neutralization mechanism of three classes of human papillomavirus type 58 antibodies with disparate modes of binding. 著者: Maozhou He / Xin Chi / Zhenghui Zha / Yunbing Li / Jie Chen / Yang Huang / Shiwen Huang / Miao Yu / Zhiping Wang / Shuo Song / Xinlin Liu / Shuangping Wei / Zekai Li / Tingting Li / Yingbin ...著者: Maozhou He / Xin Chi / Zhenghui Zha / Yunbing Li / Jie Chen / Yang Huang / Shiwen Huang / Miao Yu / Zhiping Wang / Shuo Song / Xinlin Liu / Shuangping Wei / Zekai Li / Tingting Li / Yingbin Wang / Hai Yu / Qinjian Zhao / Jun Zhang / Qingbing Zheng / Ying Gu / Shaowei Li / Ningshao Xia / 要旨: Human papillomavirus type 58 (HPV58) is associated with cervical cancer and poses a significant health burden worldwide. Although the commercial 9-valent HPV vaccine covers HPV58, the structural and ...Human papillomavirus type 58 (HPV58) is associated with cervical cancer and poses a significant health burden worldwide. Although the commercial 9-valent HPV vaccine covers HPV58, the structural and molecular-level neutralization sites of the HPV58 complete virion are not fully understood. Here, we report the high-resolution (∼3.5 Å) structure of the complete HPV58 pseudovirus (PsV58) using cryo-electron microscopy (cryo-EM). Three representative neutralizing monoclonal antibodies (nAbs 5G9, 2H3 and A4B4) were selected through clustering from a nAb panel against HPV58. Bypassing the steric hindrance and symmetry-mismatch in the HPV Fab-capsid immune-complex, we present three different neutralizing epitopes in the PsV58, and show that, despite differences in binding, these nAbs share a common neutralization mechanism. These results offer insight into HPV58 genotype specificity and broaden our understanding of HPV58 neutralization sites for antiviral research. Cervical cancer primarily results from persistent infection with high-risk types of human papillomavirus (HPV). HPV type 58 (HPV58) is an important causative agent, especially within Asia. Despite this, we still have limited data pertaining to the structural and neutralizing epitopes of HPV58, and this encumbers our in-depth understanding of the virus mode of infection. Here, we show that representative nAbs (5G9, 10B11, 2H3, 5H2 and A4B4) from three different groups share a common neutralization mechanism that appears to prohibit the virus from associating with the extracellular matrix and cell surface. Furthermore, we identify that the nAbs engage via three different binding patterns: top-center binding (5G9 and 10B11), top-fringe binding (2H3 and 5H2), and fringe binding (A4B4). Our work shows that, despite differences in the pattern in binding, nAbs against HPV58 share a common neutralization mechanism. These results provide new insight into the understanding of HPV58 infection. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30774.map.gz | 1.2 GB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30774-v30.xml emd-30774.xml | 9 KB 9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30774.png | 218.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30774 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30774 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_30774_validation.pdf.gz | 567 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_30774_full_validation.pdf.gz | 566.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_30774_validation.xml.gz | 9.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_30774_validation.cif.gz | 11 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30774 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30774 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30774.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.3 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | The cryo-EM structure of human papillomavirus type 58 pseudovirus in complexed with the Fab fragment of 2H3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.121 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Human papillomavirus type 58
全体 | 名称: Human papillomavirus type 58 (パピローマウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Human papillomavirus type 58
超分子 | 名称: Human papillomavirus type 58 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 10598 / 生物種: Human papillomavirus type 58 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 8710 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |