+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30713 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Mechanosensitive channel MscS K180R mutant | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Ion channel / membrane protein | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Wu J / Ke M | |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Mechanosensitive channel MscS K180R mutant 著者: Wu J / Ke M | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30713.map.gz | 49.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-30713-v30.xml emd-30713.xml | 11.8 KB 11.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30713.png | 107.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-30713.cif.gz | 4.7 KB | ||
その他 | emd_30713_half_map_1.map.gz emd_30713_half_map_2.map.gz | 48.8 MB 48.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30713 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30713 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_30713_validation.pdf.gz | 807.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_30713_full_validation.pdf.gz | 806.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_30713_validation.xml.gz | 12 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_30713_validation.cif.gz | 14 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30713 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30713 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30713.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.087 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_30713_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_30713_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Heptameric MscS K180R
全体 | 名称: Heptameric MscS K180R |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Heptameric MscS K180R
超分子 | 名称: Heptameric MscS K180R / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
-分子 #1: Mechanosensitive ion channel MscS
分子 | 名称: Mechanosensitive ion channel MscS / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) |
分子量 | 理論値: 29.870738 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MELNYDRLVQ QTESWLPIVL EYSGKVALAL LTLAIGWWLI NTLTGRVGGL LARRSVDRTL QGFVGSLVSI VLKILLVVSV ASMIGIQTT SFVAAIGAAG LAIGLALQGS LANFAGGVLI LLFRPFKVGD WIEAQGVAGT VDSILIFHTV LRSGDNKRII V PNGALSNG ...文字列: MELNYDRLVQ QTESWLPIVL EYSGKVALAL LTLAIGWWLI NTLTGRVGGL LARRSVDRTL QGFVGSLVSI VLKILLVVSV ASMIGIQTT SFVAAIGAAG LAIGLALQGS LANFAGGVLI LLFRPFKVGD WIEAQGVAGT VDSILIFHTV LRSGDNKRII V PNGALSNG TVTNYSAEPV RRVIFDVGID YDADLKNAQN ILLAMADDPR VLKDPAPVAV VSNLGESAIT LSLRVWVKNA DY WDVMFMF NEKARDALGK EGIGIPFPQR VVKVVQGAMA D UniProtKB: Uncharacterized protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
---|---|
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 158968 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |