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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30565 | |||||||||
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タイトル | FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS A/WH/CHA/09-BOUND THE SINGLE CHAIN FRAGME ANTIBODY R50 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス) / Bos taurus (ウシ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.49 Å | |||||||||
データ登録者 | He Y / Lou Z | |||||||||
引用 | ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2021 タイトル: Structures of Foot-and-mouth Disease Virus with neutralizing antibodies derived from recovered natural host reveal a mechanism for cross-serotype neutralization. 著者: Yong He / Kun Li / Yimei Cao / Zixian Sun / Pinghua Li / Huifang Bao / Sheng Wang / Guoqiang Zhu / Xingwen Bai / Pu Sun / Xuerong Liu / Cheng Yang / Zaixin Liu / Zengjun Lu / Zihe Rao / Zhiyong Lou / 要旨: The development of a universal vaccine against foot-and-mouth disease virus (FMDV) is hindered by cross-serotype antigenic diversity and by a lack of knowledge regarding neutralization of the virus ...The development of a universal vaccine against foot-and-mouth disease virus (FMDV) is hindered by cross-serotype antigenic diversity and by a lack of knowledge regarding neutralization of the virus in natural hosts. In this study, we isolated serotype O-specific neutralizing antibodies (NAbs) (F145 and B77) from recovered natural bovine hosts by using the single B cell antibody isolation technique. We also identified a serotype O/A cross-reacting NAb (R50) and determined virus-NAb complex structures by cryo-electron microscopy at near-atomic resolution. F145 and B77 were shown to engage the capsid of FMDV-O near the icosahedral threefold axis, binding to the BC/HI-loop of VP2. In contrast, R50 engages the capsids of both FMDV-O and FMDV-A between the 2- and 5-fold axes and binds to the BC/EF/GH-loop of VP1 and to the GH-loop of VP3 from two adjacent protomers, revealing a previously unknown antigenic site. The cross-serotype neutralizing epitope recognized by R50 is highly conserved among serotype O/A. These findings help to elucidate FMDV neutralization by natural hosts and provide epitope information for the development of a universal vaccine for cross-serotype protection against FMDV. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30565.map.gz | 91.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30565-v30.xml emd-30565.xml | 16.7 KB 16.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30565.png | 312 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30565 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30565 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30565.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.93 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Foot-and-mouth disease virus
全体 | 名称: Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Foot-and-mouth disease virus
超分子 | 名称: Foot-and-mouth disease virus / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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-超分子 #2: Foot-and-mouth disease virus
超分子 | 名称: Foot-and-mouth disease virus / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス) |
-超分子 #3: R50 VH/VL
超分子 | 名称: R50 VH/VL / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5-#6 詳細: Single-chain fragment variable (scFv) was designed by splicing the VH and VL genes using a flexible linker (GGGGSGGGGSGGGGS). The C-termini of the scFv included a His tag. |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
-分子 #1: A/WH/CHA/09 VP1
分子 | 名称: A/WH/CHA/09 VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス) |
分子量 | 理論値: 23.402678 KDa |
配列 | 文字列: TTATGESADP VTTTVENYGG ETQVQRRHHT DVSFIMDRFV QIKPVSPTHV IDLMQTHQHG LVGAMLRAAT YYFSDLEIVV NHTGRLTWV PNGAPEAALD NTSNPTAYHK APFTRLALPY TAPHRVLATV YNGNSKYSAP ATRRGDLGSL AARLAAQLPA S FNYGAIRA ...文字列: TTATGESADP VTTTVENYGG ETQVQRRHHT DVSFIMDRFV QIKPVSPTHV IDLMQTHQHG LVGAMLRAAT YYFSDLEIVV NHTGRLTWV PNGAPEAALD NTSNPTAYHK APFTRLALPY TAPHRVLATV YNGNSKYSAP ATRRGDLGSL AARLAAQLPA S FNYGAIRA TEIQELLVRM KRAELYCPRP LLAVKVTSQD RHKQKIIAPA KQLL |
-分子 #2: A/WH/CHA/09 VP2
分子 | 名称: A/WH/CHA/09 VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス) |
分子量 | 理論値: 24.541584 KDa |
配列 | 文字列: DKKTEETTLL EDRILTTRNG HTTSTTQSSV GVTYGYSTGE DHVSGPNTSG LETRVVQAER FFKKHLFDWT TDKPFGHIEK LELPTDHKG VYGQLVDSFA YMRNGWDVEV SAVGNQFNGG CLLVAMVPEF KEFTTREKYQ LTLFPHQFIS PRTNMTAHIT V PYLGVNRY ...文字列: DKKTEETTLL EDRILTTRNG HTTSTTQSSV GVTYGYSTGE DHVSGPNTSG LETRVVQAER FFKKHLFDWT TDKPFGHIEK LELPTDHKG VYGQLVDSFA YMRNGWDVEV SAVGNQFNGG CLLVAMVPEF KEFTTREKYQ LTLFPHQFIS PRTNMTAHIT V PYLGVNRY DQYNKHKPWT LVVMVVSPLT TSSIGASQIK VYTNIAPTHV HVAGELPSKE |
-分子 #3: A/WH/CHA/09 VP3
分子 | 名称: A/WH/CHA/09 VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス) |
分子量 | 理論値: 24.157025 KDa |
配列 | 文字列: GIVPVACSDG YGGLVTTDPK TADPAYGMVY NPPRTNYPGR FTNLLDVAEA CPTFLCFDDG KPYVVTRADE QRLLAKFDLS LAAKHMSNT YLSGIAQYYA QYSGTINLHF MFTGSTDSKA RYMVAYVPPG VTTPPDTPER AAHCIHAEWD TGLNSKFTFS I PYVSAADY ...文字列: GIVPVACSDG YGGLVTTDPK TADPAYGMVY NPPRTNYPGR FTNLLDVAEA CPTFLCFDDG KPYVVTRADE QRLLAKFDLS LAAKHMSNT YLSGIAQYYA QYSGTINLHF MFTGSTDSKA RYMVAYVPPG VTTPPDTPER AAHCIHAEWD TGLNSKFTFS I PYVSAADY AYTASDVADT TNVQGWVCIY QITHGKAEQD TLVVSVSAGK DFELRLPIDP RAQ |
-分子 #4: A/WH/CHA/09 VP4
分子 | 名称: A/WH/CHA/09 VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス) |
分子量 | 理論値: 8.778129 KDa |
配列 | 文字列: GAGQSSPATG SQNQSGNTGS IINNYYMQQY QNSMDTQLGD NAISGGSNEG STDTTSSHTT NTQNNDWFSK LASSAFTGLF GALLA |
-分子 #5: R50 VH
分子 | 名称: R50 VH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
分子量 | 理論値: 18.081119 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
配列 | 文字列: QVQLRESGPS LVKPSQTLSL TCTASGLSLS DKAVGWVRRA PTKALEWLGS IDTGSSTGYN PGLKSRLSIT KDNSRNQVSL TITSVTTED SATYYCATVH QHTSEKRTCP RAYRPDCAAR WDCPGGADCG YCNFGAGSYG RCTPFTLTYT FENYVHTWGQ G LLVTVSS |
-分子 #6: R50 VL
分子 | 名称: R50 VL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
分子量 | 理論値: 12.705525 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
配列 | 文字列: WAQAVLTQPS SVSGSLGQRV SITCSGSSSN VGNGYVSWYQ LIPGSAPRTL IYGDTNRASG VPDRFSGSRA GNTATLSISS LQAEDEAEY FCASPEDSSS NANFGSGTTL TVLGDYKDDD DKGG |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI ARCTICA |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 1.63 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析 #1
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
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最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.49 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 15460 |
Image processing ID | 1 |
-画像解析 #2
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
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最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.49 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 15460 |
Image processing ID | 2 |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-7d3r: |