[日本語] English
万見- EMDB-30525: The overall structure of nucleotide free Acinetobacter MlaFEDB complex -
+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30525 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The overall structure of nucleotide free Acinetobacter MlaFEDB complex | |||||||||
マップデータ | cryo EM map of the nucleotide free Acinetobacter MlaFEDB complex | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Acinetobacter baumannii (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang YY / Fan QX | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell Discov / 年: 2020 タイトル: Cryo-EM structures of Acinetobacter baumannii glycerophospholipid transporter. 著者: Yuanyuan Zhang / Qiongxuan Fan / Ximin Chi / Qiang Zhou / Yanyan Li / | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30525.map.gz | 28.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-30525-v30.xml emd-30525.xml | 13.5 KB 13.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30525.png | 68.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-30525.cif.gz | 5.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30525 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30525 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30525.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | cryo EM map of the nucleotide free Acinetobacter MlaFEDB complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.087 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : nucleotide free Acinetobacter MlaFEDB complex
全体 | 名称: nucleotide free Acinetobacter MlaFEDB complex |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: nucleotide free Acinetobacter MlaFEDB complex
超分子 | 名称: nucleotide free Acinetobacter MlaFEDB complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア) |
-分子 #1: Intermembrane phospholipid transport system permease protein MlaE
分子 | 名称: Intermembrane phospholipid transport system permease protein MlaE タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 27.322443 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
配列 | 文字列: MNTIAWLGRL VIERIRGIGV AALMLLQIIF SLPSAGGFGR FVYQMHRVGV MSLLIITVSG LFIGLVLGLQ GYSILVNVGS ESMLGTMVS LTLLRELAPV VAALLFAGRA GSALTAEIGS MKQSEQLASM EMIGVDPLKQ IVSPRLWAGI VSLPMLTVIF A AIGIVGGK ...文字列: MNTIAWLGRL VIERIRGIGV AALMLLQIIF SLPSAGGFGR FVYQMHRVGV MSLLIITVSG LFIGLVLGLQ GYSILVNVGS ESMLGTMVS LTLLRELAPV VAALLFAGRA GSALTAEIGS MKQSEQLASM EMIGVDPLKQ IVSPRLWAGI VSLPMLTVIF A AIGIVGGK LVGVDFLGVD EGSFWSGMQN NVQFGHDVVN GIIKSIVFAL LCTWIAVFQG YACDPTPEGI ATAMTRTVVY SS LCVLGFD FVLTAVMFGG I UniProtKB: Intermembrane phospholipid transport system permease protein MlaE |
-分子 #2: ABC transporter ATP-binding protein
分子 | 名称: ABC transporter ATP-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 30.070455 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
配列 | 文字列: MMNNKTPLST QSLIEVKNLS FNRGERVIYD NISLNIRRGQ ITAIMGPSGT GKTTLLRLIG GQLVPDQGEV LLDGKDIAQM SRQELFAAR ARMGMLFQSG ALFTDMSVYE NVAFPIRAHT KLSENLIAEL VALKLESVGL RGTEQLMPTE LSGGMNRRVA L ARAIALDP ...文字列: MMNNKTPLST QSLIEVKNLS FNRGERVIYD NISLNIRRGQ ITAIMGPSGT GKTTLLRLIG GQLVPDQGEV LLDGKDIAQM SRQELFAAR ARMGMLFQSG ALFTDMSVYE NVAFPIRAHT KLSENLIAEL VALKLESVGL RGTEQLMPTE LSGGMNRRVA L ARAIALDP DLIMYDEPFA GQDPIVKGVL TRLIRSLREA LDLTTIIVSH DVPETLSIAD YIYVVAEGKI QGEGTPEELQ AY ASPFVKQ FLTGSAEGPV EYQFSHQAYL DNEVRP UniProtKB: ABC transporter ATP-binding protein |
-分子 #3: Anti-sigma factor antagonist
分子 | 名称: Anti-sigma factor antagonist / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 11.91376 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
配列 | 文字列: VVQYLNQELV VSGKIDFENA EQQYQAGLAI IKKQTSFPLI VDLKQLEHGN TLALAVLVQW LRQTPQKSGL HFKNVPEKML KIIQACHLQ EDLHLVLEHH HHHH UniProtKB: Anti-sigma factor antagonist |
-分子 #4: MCE family protein
分子 | 名称: MCE family protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 24.135322 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKSRTSELAV GIFVIIFGIA LFFLAMKVSG LVGTNLSDGY TMKAQFDNVN GLKPRAKVTM SGVTIGRVDS ITLDPVTRLA TVTFDLDGK LTSFNAEQLK EVQKNALDEL RYSSDYTQAT PAQQKTMEQQ LISNMNSITS IDEDAYIMVA TNGLLGEKYL K IVPGGGLN ...文字列: MKSRTSELAV GIFVIIFGIA LFFLAMKVSG LVGTNLSDGY TMKAQFDNVN GLKPRAKVTM SGVTIGRVDS ITLDPVTRLA TVTFDLDGK LTSFNAEQLK EVQKNALDEL RYSSDYTQAT PAQQKTMEQQ LISNMNSITS IDEDAYIMVA TNGLLGEKYL K IVPGGGLN YLKRGDTISN TQGTMDLEDL ISKFITGGGA GKVAAGSSSA EEKAPASTDS SAQPSFVE UniProtKB: ABC transporter periplasmic substrate-binding protein |
-分子 #5: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-...
分子 | 名称: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 12 / 式: PGV |
---|---|
分子量 | 理論値: 749.007 Da |
Chemical component information | ChemComp-PGV: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
---|---|
初期 角度割当 | タイプ: OTHER |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.6) / 使用した粒子像数: 314199 |