+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30495 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of human TMEM120A/TACAN | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein heterooligomerization / nuclear inner membrane / fat cell differentiation / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / monoatomic ion transmembrane transport / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / protein homooligomerization / monoatomic ion channel activity / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Anaplasma marginale (バクテリア) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Yan Z / Wu J | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell Discov / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM structures of human TMEM120A and TMEM120B. 著者: Meng Ke / Yue Yu / Changjian Zhao / Shirong Lai / Qiang Su / Weidan Yuan / Lina Yang / Dong Deng / Kun Wu / Weizheng Zeng / Jia Geng / Jianping Wu / Zhen Yan / | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30495.map.gz | 482.5 KB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-30495-v30.xml emd-30495.xml | 15.6 KB 15.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30495.png | 97.2 KB | ||
マスクデータ | emd_30495_msk_1.map | 40.6 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-30495.cif.gz | 5.3 KB | ||
その他 | emd_30495_additional_1.map.gz emd_30495_half_map_1.map.gz emd_30495_half_map_2.map.gz | 3.5 MB 37.7 MB 37.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30495 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30495 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_30495_validation.pdf.gz | 760.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_30495_full_validation.pdf.gz | 760.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_30495_validation.xml.gz | 11.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_30495_validation.cif.gz | 13.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30495 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30495 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30495.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.087 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_30495_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_30495_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_30495_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_30495_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Homodimer of human TMEM120A
全体 | 名称: Homodimer of human TMEM120A |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Homodimer of human TMEM120A
超分子 | 名称: Homodimer of human TMEM120A / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Anaplasma marginale (バクテリア) |
-分子 #1: MCherry fluorescent protein,Ion channel TACAN
分子 | 名称: MCherry fluorescent protein,Ion channel TACAN / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 72.643555 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MDYKDDDDKG SDYKDDDDKG SDYKDDDDKG SDEVDAMVSK GEEDNMAIIK EFMRFKVHME GSVNGHEFEI EGEGEGRPYE GTQTAKLKV TKGGPLPFAW DILSPQFMYG SKAYVKHPAD IPDYLKLSFP EGFKWERVMN FEDGGVVTVT QDSSLQDGEF I YKVKLRGT ...文字列: MDYKDDDDKG SDYKDDDDKG SDYKDDDDKG SDEVDAMVSK GEEDNMAIIK EFMRFKVHME GSVNGHEFEI EGEGEGRPYE GTQTAKLKV TKGGPLPFAW DILSPQFMYG SKAYVKHPAD IPDYLKLSFP EGFKWERVMN FEDGGVVTVT QDSSLQDGEF I YKVKLRGT NFPSDGPVMQ KKTMGWEASS ERMYPEDGAL KGEIKQRLKL KDGGHYDAEV KTTYKAKKPV QLPGAYNVNI KL DITSHNE DYTIVEQYER AEGRHSTGGM DELYKLEVLF QGPEFMQPPP PGPLGDCLRD WEDLQQDFQN IQETHRLYRL KLE ELTKLQ NNCTSSITRQ KKRLQELALA LKKCKPSLPA EAEGAAQELE NQMKERQGLF FDMEAYLPKK NGLYLSLVLG NVNV TLLSK QAKFAYKDEY EKFKLYLTII LILISFTCRF LLNSRVTDAA FNFLLVWYYC TLTIRESILI NNGSRIKGWW VFHHY VSTF LSGVMLTWPD GLMYQKFRNQ FLSFSMYQSF VQFLQYYYQS GCLYRLRALG ERHTMDLTVE GFQSWMWRGL TFLLPF LFF GHFWQLFNAL TLFNLAQDPQ CKEWQVLMCG FPFLLLFLGN FFTTLRVVHH KFHSQRHGSK KD UniProtKB: MCherry fluorescent protein, Ion channel TACAN |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab Initio |
---|---|
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 79080 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |