+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30435 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Lovastatin nonaketide synthase with LovC | |||||||||
マップデータ | LovBC complex cryoEM map with C1 symmetry | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | polyketide synthase / BIOSYNTHETIC PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 malonyl-CoA metabolic process / lovastatin nonaketide synthase / lovastatin nonaketide synthase activity / lovastatin biosynthetic process / polyketide synthase activity / NADPH oxidation / polyketide biosynthetic process / S-adenosylmethionine metabolic process / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / fatty acid synthase activity ...malonyl-CoA metabolic process / lovastatin nonaketide synthase / lovastatin nonaketide synthase activity / lovastatin biosynthetic process / polyketide synthase activity / NADPH oxidation / polyketide biosynthetic process / S-adenosylmethionine metabolic process / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / fatty acid synthase activity / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / NADPH binding / fatty acid biosynthetic process / methylation / oxidoreductase activity / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Aspergillus terreus (カビ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang J / Wang Z | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Structural basis for the biosynthesis of lovastatin. 著者: Jialiang Wang / Jingdan Liang / Lu Chen / Wei Zhang / Liangliang Kong / Chao Peng / Chen Su / Yi Tang / Zixin Deng / Zhijun Wang / 要旨: Statins are effective cholesterol-lowering drugs. Lovastatin, one of the precursors of statins, is formed from dihydromonacolin L (DML), which is synthesized by lovastatin nonaketide synthase (LovB), ...Statins are effective cholesterol-lowering drugs. Lovastatin, one of the precursors of statins, is formed from dihydromonacolin L (DML), which is synthesized by lovastatin nonaketide synthase (LovB), with the assistance of a separate trans-acting enoyl reductase (LovC). A full DML synthesis comprises 8 polyketide synthetic cycles with about 35 steps. The assembling of the LovB-LovC complex, and the structural basis for the iterative and yet permutative functions of the megasynthase have remained a mystery. Here, we present the cryo-EM structures of the LovB-LovC complex at 3.60 Å and the core LovB at 2.91 Å resolution. The domain organization of LovB is an X-shaped face-to-face dimer containing eight connected domains. The binding of LovC laterally to the malonyl-acetyl transferase domain allows the completion of a L-shaped catalytic chamber consisting of six active domains. This architecture and the structural details of the megasynthase provide the basis for the processing of the intermediates by the individual catalytic domains. The detailed architectural model provides structural insights that may enable the re-engineering of the megasynthase for the generation of new statins. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30435.map.gz | 12.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-30435-v30.xml emd-30435.xml | 19.3 KB 19.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_30435_fsc.xml | 12.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_30435.png | 45 KB | ||
Filedesc metadata | emd-30435.cif.gz | 7.7 KB | ||
その他 | emd_30435_half_map_1.map.gz emd_30435_half_map_2.map.gz | 129.3 MB 129.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30435 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30435 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_30435_validation.pdf.gz | 887.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_30435_full_validation.pdf.gz | 887.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_30435_validation.xml.gz | 17.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_30435_validation.cif.gz | 23.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30435 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30435 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30435.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | LovBC complex cryoEM map with C1 symmetry | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-ハーフマップ: half map1
ファイル | emd_30435_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | half map1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map2
ファイル | emd_30435_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | half map2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : LovBC complex
全体 | 名称: LovBC complex |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: LovBC complex
超分子 | 名称: LovBC complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Aspergillus terreus (カビ) |
分子量 | 理論値: 750 kDa/nm |
-超分子 #2: lovC
超分子 | 名称: lovC / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Aspergillus terreus (カビ) |
-超分子 #3: lovB
超分子 | 名称: lovB / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
---|
-分子 #1: Lovastatin nonaketide synthase, enoyl reductase component lovC
分子 | 名称: Lovastatin nonaketide synthase, enoyl reductase component lovC タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: lovastatin nonaketide synthase |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Aspergillus terreus (カビ) |
分子量 | 理論値: 40.622891 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGDQPFIPPP QQTALTVNDH DEVTVWNAAP CPMLPRDQVY VRVEAVAINP SDTKMRGQFA TPWAFLGTDY AGTVVAVGSD VTHIQVGDR VYGAQNEMCP RTPDQGAFSQ YTVTRGRVWA KIPKGLSFEQ AAALPAGIST AGLAMKLLGL PLPSPSADQP P THSKPVYV ...文字列: MGDQPFIPPP QQTALTVNDH DEVTVWNAAP CPMLPRDQVY VRVEAVAINP SDTKMRGQFA TPWAFLGTDY AGTVVAVGSD VTHIQVGDR VYGAQNEMCP RTPDQGAFSQ YTVTRGRVWA KIPKGLSFEQ AAALPAGIST AGLAMKLLGL PLPSPSADQP P THSKPVYV LVYGGSTATA TVTMQMLRLS GYIPIATCSP HNFDLAKSRG AEEVFDYRAP NLAQTIRTYT KNNLRYALDC IT NVESTTF CFAAIGRAGG HYVSLNPFPE HAATRKMVTT DWTLGPTIFG EGSTWPAPYG RPGSEEERQF GEDLWRIAGQ LVE DGRLVH HPLRVVQGGF DHIKQGMELV RKGELSGEKL VVRLEGPLEH HHHHH UniProtKB: Lovastatin nonaketide synthase, enoyl reductase component lovC |
-分子 #2: Lovastatin nonaketide synthase, polyketide synthase component
分子 | 名称: Lovastatin nonaketide synthase, polyketide synthase component タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: lovastatin nonaketide synthase |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Aspergillus terreus (カビ) |
分子量 | 理論値: 336.446656 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
配列 | 文字列: MAQSMYPNEP IVVVGSGCRF PGDANTPSKL WELLQHPRDV QSRIPKERFD VDTFYHPDGK HHGRTNAPYA YVLQDDLGAF DAAFFNIQA GEAESMDPQH RLLLETVYEA VTNAGMRIQD LQGTSTAVYV GVMTHDYETV STRDLESIPT YSATGVAVSV A SNRISYFF ...文字列: MAQSMYPNEP IVVVGSGCRF PGDANTPSKL WELLQHPRDV QSRIPKERFD VDTFYHPDGK HHGRTNAPYA YVLQDDLGAF DAAFFNIQA GEAESMDPQH RLLLETVYEA VTNAGMRIQD LQGTSTAVYV GVMTHDYETV STRDLESIPT YSATGVAVSV A SNRISYFF DWHGPSMTID TACSSSLVAV HLAVQQLRTG QSSMAIAAGA NLILGPMTFV LESKLSMLSP SGRSRMWDAG AD GYARGEA VCSVVLKTLS QALRDGDTIE CVIRETGVNQ DGRTTGITMP NHSAQEALIK ATYAQAGLDI TKAEDRCQFF EAH GTGTPA GDPQEAEAIA TAFFGHEQVA RSDGNERAPL FVGSAKTVVG HTEGTAGLAG LMKASFAVRH GVIPPNLLFD KISP RVAPF YKNLRIPTEA TQWPALPPGQ PRRASVNSFG FGGTNAHAII EEYMEPEQNQ LRVSNNEDCP PMTGVLSLPL VLSAK SQRS LKIMMEEMLQ FLQSHPEIHL HDLTWSLLRK RSVLPFRRAI VGHSHETIRR ALEDAIEDGI VSSDFTTEVR GQPSVL GIF TGQGAQWPGM LKNLIEASPY VRNIVRELDD SLQSLPEKYR PSWTLLDQFM LEGEASNVQY ATFSQPLCCA VQIVLVR LL EAARIRFTAV VGHSSGEIAC AFAAGLISAS LAIRIAYLRG VVSAGGARGT PGAMLAAGMS FEEAQEICEL DAFEGRIC V AASNSPDSVT FSGDANAIDH LKGMLEDEST FARLLKVDTA YHSHHMLPCA DPYMQALEEC GCAVADAGSP AGSVPWYSS VDAENRQMAA RDVTAKYWKD NLVSPVLFSH AVQRAVVTHK ALDIGIEVGC HPALKSPCVA TIKDVLSGVD LAYTGCLERG KNDLDSFSR ALAYLWERFG ASSFDADEFM RAVAPDRPCM SVSKLLPAYP WDRSRRYWVE SRATRHHLRG PKPHLLLGKL S EYSTPLSF QWLNFVRPRD IEWLDGHALQ GQTVFPAAGY IVMAMEAALM IAGTHAKQVK LLEILDMSID KAVIFDDEDS LV ELNLTAD VSRNAGEAGS MTISFKIDSC LSKEGNLSLS AKGQLALTIE DVNPRTTSAS DQHHLPPPEE EHPHMNRVNI NAF YHELGL MGYNYSKDFR RLHNMQRADL RASGTLDFIP LMDEGNGCPL LLHPASLDVA FQTVIGAYSS PGDRRLRCLY VPTH VDRIT LVPSLCLATA ESGCEKVAFN TINTYDKGDY LSGDIVVFDA EQTTLFQVEN ITFKPFSPPD ASTDHAMFAR WSWGP LTPD SLLDNPEYWA TAQDKEAIPI IERIVYFYIR SFLSQLTLEE RQQAAFHLQK QIEWLEQVLA SAKEGRHLWY DPGWEN DTE AQIEHLCTAN SYHPHVRLVQ RVGQHLLPTV RSNGNPFDLL DHDGLLTEFY TNTLSFGPAL HYARELVAQI AHRYQSM DI LEIGAGTGGA TKYVLATPQL GFNSYTYTDI STGFFEQARE QFAPFEDRMV FEPLDIRRSP AEQGFEPHAY DLIIASNV L HATPDLEKTM AHARSLLKPG GQMVILEITH KEHTRLGFIF GLFADWWAGV DDGRCTEPFV SFDRWDAILK RVGFSGVDS RTTDRDANLF PTSVFSTHAI DATVEYLDAP LASSGTVKDS YPPLVVVGGQ TPQSQRLLND IKAIMPPRPL QTYKRLVDLL DAEELPMKS TFVMLTELDE ELFAGLTEET FEATKLLLTY ASNTVWLTEN AWVQHPHQAS TIGMLRSIRR EHPDLGVHVL D VDAVETFD ATFLVEQVLR LEEHTDELAS STTWTQEPEV SWCKGRPWIP RLKRDLARNN RMNSSRRPIY EMIDSSRAPV AL QTARDSS SYFLESAETW FVPESVQQME TKTIYVHFSC PHALRVQALG FFYLVQGHVQ EGNREVPVVA LAERNASIVH VRP DYIYTE ADNNLSEGGG SLMVTVLAAA VLAETVISTA KCLGVTDSIL VLNPPSICGQ MLLHAGEEIG LQVHLATTSG NRSS VSAGD AKSWLTLHAR DTDWHLRRVL PRGVQALVDL SADQSCEGLT QRMMKVLMPG CAHYRAADLF TDTVSTELHS GSRHQ ASLP AAYWEHVVSL ARQGLPSVSE GWEVMPCTQF AAHADKTRPD LSTVISWPRE SDEATLPTRV RSIDAETLFA ADKTYL LVG LTGDLGRSLG RWMVQHGACH IVLTSRNPQV NPKWLAHVEE LGGRVTVLSM DVTSQNSVEA GLAKLKDLHL PPVGGIA FG PLVLQDVMLN NMELPMMEMV LNPKVEGVRI LHEKFSDPTS SNPLDFFVMF SSIVAVMGNP GQANYSAANC YLQALAQQ R VASGLAASTI DIGAVYGVGF VTRAELEEDF NAIRFMFDSV EEHELHTLFA EAVVAGRRAV HQQEQQRKFA TVLDMADLE LTTGIPPLDP ALKDRITFFD DPRIGNLKIP EYRGAKAGEG AAGSKGSVKE QLLQATNLDQ VRQIVIDGLS AKLQVTLQIP DGESVHPTI PLIDQGVDSL GAVTVGTWFS KQLYLDLPLL KVLGGASITD LANEAAARLP PSSIPLVAAT DGGAESTDNT S ENEVSGRE DTDLSAAATI TEPSSADEDD TEPGDEDVPR SHHPLSLGQE YSWRIQQGAE DPTVFNNTIG MFMKGSIDLK RL YKALRAV LRRHEIFRTG FANVDENGMA QLVFGQTKNK VQTIQVSDRA GAEEGYRQLV QTRYNPAAGD TLRLVDFFWG QDD HLLVVA YHRLVGDGST TENIFVEAGQ LYDGTSLSPH VPQFADLAAR QRAMLEDGRM EEDLAYWKKM HYRPSSIPVL PLMR PLVGN SSRSDTPNFQ HCGPWQQHEA VARLDPMVAF RIKERSRKHK ATPMQFYLAA YQVLLARLTD STDLTVGLAD TNRAT VDEM AAMGFFANLL PLRFRDFRPH ITFGEHLIAT RDLVREALQH ARVPYGVLLD QLGLEVPVPT SNQPAPLFQA VFDYKQ GQA ESGTIGGAKI TEVIATRERT PYDVVLEMSD DPTKDPLLTA KLQSSRYEAH HPQAFLESYM SLLSMFSMNP ALKLAHV HH HHHH UniProtKB: Lovastatin nonaketide synthase, polyketide synthase component |
-分子 #3: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
分子 | 名称: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: NAP |
---|---|
分子量 | 理論値: 743.405 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
---|---|
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
詳細 | This sample was homogeneous |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 60.8 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |