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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30384 | |||||||||
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タイトル | Simplified Alpha-Carboxysome, T=3 | |||||||||
![]() | Simplified Alpha-Carboxysome, T=3 | |||||||||
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![]() | Bacterial Microcompartment / Alpha-carboxysome / VIRUS LIKE PARTICLE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.24 Å | |||||||||
![]() | Tan YQ / Ali S | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of a Minimal α-Carboxysome-Derived Shell and Its Utility in Enzyme Stabilization. 著者: Yong Quan Tan / Samson Ali / Bo Xue / Wei Zhe Teo / Lay Hiang Ling / Maybelle Kho Go / Hong Lv / Robert C Robinson / Akihiro Narita / Wen Shan Yew / ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: Bacterial microcompartments are proteinaceous shells that encase specialized metabolic processes in bacteria. Recent advances in simplification of these intricate shells have encouraged ...Bacterial microcompartments are proteinaceous shells that encase specialized metabolic processes in bacteria. Recent advances in simplification of these intricate shells have encouraged bioengineering efforts. Here, we construct minimal shells derived from the α-carboxysome, which we term Cso-shell. Using cryogenic electron microscopy, the atomic-level structures of two shell forms were obtained, reinforcing notions of evolutionarily conserved features in bacterial microcompartment shell architecture. Encapsulation peptide sequences that facilitate loading of heterologous protein cargo within the shells were identified. We further provide a first demonstration in utilizing minimal bacterial microcompartment-derived shells for hosting heterologous enzymes. Cso-shells were found to stabilize enzymatic activities against heat shock, presence of methanol co-solvent, consecutive freeze-thawing, and alkaline environments. This study yields insights into α-carboxysome assembly and advances the utility of synthetic bacterial microcompartments as nanoreactors capable of stabilizing enzymes with varied properties and reaction chemistries. | |||||||||
履歴 |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 38.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 12.4 KB 12.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 203.8 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 606.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 605.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | Simplified Alpha-Carboxysome, T=3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Simplified Alpha-Carboxysome, T=3
全体 | 名称: Simplified Alpha-Carboxysome, T=3 |
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要素 |
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-超分子 #1: Simplified Alpha-Carboxysome, T=3
超分子 | 名称: Simplified Alpha-Carboxysome, T=3 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 1.7 MDa |
-分子 #1: Unidentified carboxysome polypeptide
分子 | 名称: Unidentified carboxysome polypeptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 10.17364 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MKIMQVEKTL VSTNRIADMG HKPLLVVWEK PGAPRQVAVD AIGCIPGDWV LCVGSSAARE AAGSKSYPSD LTIIGIIDQW NGEGSSWSH PQFEK UniProtKB: Carboxysome shell vertex protein CsoS4A |
-分子 #2: Major carboxysome shell protein 1A
分子 | 名称: Major carboxysome shell protein 1A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 120 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: ATCC 23641 / c2 |
分子量 | 理論値: 9.973478 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MADVTGIALG MIETRGLVPA IEAADAMTKA AEVRLVGRQF VGGGYVTVLV RGETGAVNAA VRAGADACER VGDGLVAAHI IARVHSEVE NILPKAPQA UniProtKB: Major carboxysome shell protein CsoS1A |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.9 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: Blot for 1.0 - 2.5 seconds. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 64.3 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD 最大 デフォーカス(公称値): 1.9000000000000001 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |