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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30220 | |||||||||
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タイトル | AdhE spirosome in extended conformation | |||||||||
マップデータ | AdhE spirosome | |||||||||
試料 |
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キーワード | Spirosome / Aldehyde dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase / NADH / HYDROLASE / OXIDOREDUCTASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ethanol biosynthetic process / mixed acid fermentation / : / acetaldehyde dehydrogenase (acetylating) / acetaldehyde dehydrogenase (acetylating) activity / carbon utilization / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / ferrous iron binding / protein homooligomerization ...ethanol biosynthetic process / mixed acid fermentation / : / acetaldehyde dehydrogenase (acetylating) / acetaldehyde dehydrogenase (acetylating) activity / carbon utilization / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / ferrous iron binding / protein homooligomerization / response to oxidative stress / identical protein binding / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.45 Å | |||||||||
データ登録者 | Kim GJ / Song JJ | |||||||||
資金援助 | 韓国, 2件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020 タイトル: Aldehyde-alcohol dehydrogenase undergoes structural transition to form extended spirosomes for substrate channeling. 著者: Gijeong Kim / Jinsol Yang / Juwon Jang / Jin-Seok Choi / Andrew J Roe / Olwyn Byron / Chaok Seok / Ji-Joon Song / 要旨: Aldehyde-alcohol dehydrogenase (AdhE) is an enzyme responsible for converting acetyl-CoA to ethanol via acetaldehyde using NADH. AdhE is composed of two catalytic domains of aldehyde dehydrogenase ...Aldehyde-alcohol dehydrogenase (AdhE) is an enzyme responsible for converting acetyl-CoA to ethanol via acetaldehyde using NADH. AdhE is composed of two catalytic domains of aldehyde dehydrogenase (ALDH) and alcohol dehydrogenase (ADH), and forms a spirosome architecture critical for AdhE activity. Here, we present the atomic resolution (3.43 Å) cryo-EM structure of AdhE spirosomes in an extended conformation. The cryo-EM structure shows that AdhE spirosomes undergo a structural transition from compact to extended forms, which may result from cofactor binding. This transition leads to access to a substrate channel between ALDH and ADH active sites. Furthermore, prevention of this structural transition by crosslinking hampers the activity of AdhE, suggesting that the structural transition is important for AdhE activity. This work provides a mechanistic understanding of the regulation mechanisms of AdhE activity via structural transition, and a platform to modulate AdhE activity for developing antibiotics and for facilitating biofuel production. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30220.map.gz | 10.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30220-v30.xml emd-30220.xml | 12.9 KB 12.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30220.png | 75.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-30220.cif.gz | 5.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30220 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30220 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_30220_validation.pdf.gz | 387.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_30220_full_validation.pdf.gz | 387.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_30220_validation.xml.gz | 6.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_30220_validation.cif.gz | 7.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30220 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30220 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30220.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 109.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | AdhE spirosome | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.144 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : AdhE Spirosome in extended conformation
全体 | 名称: AdhE Spirosome in extended conformation |
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要素 |
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-超分子 #1: AdhE Spirosome in extended conformation
超分子 | 名称: AdhE Spirosome in extended conformation / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 96.3 kDa/nm |
-分子 #1: Aldehyde-alcohol dehydrogenase
分子 | 名称: Aldehyde-alcohol dehydrogenase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: alcohol dehydrogenase |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 |
分子量 | 理論値: 96.388258 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GSMAVTNVAE LNALVERVKK AQREYASFTQ EQVDKIFRAA ALAAADARIP LAKMAVAESG MGIVEDKVIK NHFASEYIYN AYKDEKTCG VLSEDDTFGT ITIAEPIGII CGIVPTTNPT STAIFKSLIS LKTRNAIIFS PHPRAKDATN KAADIVLQAA I AAGAPKDL ...文字列: GSMAVTNVAE LNALVERVKK AQREYASFTQ EQVDKIFRAA ALAAADARIP LAKMAVAESG MGIVEDKVIK NHFASEYIYN AYKDEKTCG VLSEDDTFGT ITIAEPIGII CGIVPTTNPT STAIFKSLIS LKTRNAIIFS PHPRAKDATN KAADIVLQAA I AAGAPKDL IGWIDQPSVE LSNALMHHPD INLILATGGP GMVKAAYSSG KPAIGVGAGN TPVVIDETAD IKRAVASVLM SK TFDNGVI CASEQSVVVV DSVYDAVRER FATHGGYLLQ GKELKAVQDV ILKNGALNAA IVGQPAYKIA ELAGFSVPEN TKI LIGEVT VVDESEPFAH EKLSPTLAMY RAKDFEDAVE KAEKLVAMGG IGHTSCLYTD QDNQPARVSY FGQKMKTARI LINT PASQG GIGDLYNFKL APSLTLGCGS WGGNSISENV GPKHLINKKT VAKRAENMLW HKLPKSIYFR RGSLPIALDE VITDG HKRA LIVTDRFLFN NGYADQITSV LKAAGVETEV FFEVEADPTL SIVRKGAELA NSFKPDVIIA LGGGSPMDAA KIMWVM YEH PETHFEELAL RFMDIRKRIY KFPKMGVKAK MIAVTTTSGT GSEVTPFAVV TDDATGQKYP LADYALTPDM AIVDANL VM DMPKSLCAFG GLDAVTHAME AYVSVLASEF SDGQALQALK LLKEYLPASY HEGSKNPVAR ERVHSAATIA GIAFANAF L GVCHSMAHKL GSQFHIPHGL ANALLICNVI RYNANDNPTK QTAFSQYDRP QARRRYAEIA DHLGLSAPGD RTAAKIEKL LAWLETLKAE LGIPKSIREA GVQEADFLAN VDKLSEDAFD DQCTGANPRY PLISELKQIL LDTYYGRDYV EGETAAKKEA APAKAEKKA KKSA UniProtKB: Bifunctional aldehyde-alcohol dehydrogenase AdhE |
-分子 #2: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
分子 | 名称: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 12 / 式: NAD |
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分子量 | 理論値: 663.425 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAD: |
-分子 #3: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 40.76 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-7bvp: |