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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30216 | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Mycobacterium smegmatis arabinosyltransferase EmbA-EmbB-AcpM2 in complex with ethambutol | |||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 indolylacetylinositol arabinosyltransferase / indolylacetylinositol arabinosyltransferase activity / arabinosyltransferase activity / Actinobacterium-type cell wall biogenesis / lipid A biosynthetic process / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / acyl binding / acyl carrier activity / cell wall organization / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Zhang L / Zhao Y / Gao Y / Wang Q / Li J / Besra GS / Rao Z | |||||||||||||||
資金援助 | 中国, 英国, 4件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2020 タイトル: Structures of cell wall arabinosyltransferases with the anti-tuberculosis drug ethambutol. 著者: Lu Zhang / Yao Zhao / Yan Gao / Lijie Wu / Ruogu Gao / Qi Zhang / Yinan Wang / Chengyao Wu / Fangyu Wu / Sudagar S Gurcha / Natacha Veerapen / Sarah M Batt / Wei Zhao / Ling Qin / Xiuna Yang ...著者: Lu Zhang / Yao Zhao / Yan Gao / Lijie Wu / Ruogu Gao / Qi Zhang / Yinan Wang / Chengyao Wu / Fangyu Wu / Sudagar S Gurcha / Natacha Veerapen / Sarah M Batt / Wei Zhao / Ling Qin / Xiuna Yang / Manfu Wang / Yan Zhu / Bing Zhang / Lijun Bi / Xian'en Zhang / Haitao Yang / Luke W Guddat / Wenqing Xu / Quan Wang / Jun Li / Gurdyal S Besra / Zihe Rao / 要旨: The arabinosyltransferases EmbA, EmbB, and EmbC are involved in cell wall synthesis and are recognized as targets for the anti-tuberculosis drug ethambutol. In this study, we determined cryo- ...The arabinosyltransferases EmbA, EmbB, and EmbC are involved in cell wall synthesis and are recognized as targets for the anti-tuberculosis drug ethambutol. In this study, we determined cryo-electron microscopy and x-ray crystal structures of mycobacterial EmbA-EmbB and EmbC-EmbC complexes in the presence of their glycosyl donor and acceptor substrates and with ethambutol. These structures show how the donor and acceptor substrates bind in the active site and how ethambutol inhibits arabinosyltransferases by binding to the same site as both substrates in EmbB and EmbC. Most drug-resistant mutations are located near the ethambutol binding site. Collectively, our work provides a structural basis for understanding the biochemical function and inhibition of arabinosyltransferases and the development of new anti-tuberculosis agents. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30216.map.gz | 203.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30216-v30.xml emd-30216.xml | 27.8 KB 27.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30216.png | 69.4 KB | ||
マスクデータ | emd_30216_msk_1.map | 216 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_30216_half_map_1.map.gz emd_30216_half_map_2.map.gz | 200.2 MB 200.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30216 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30216 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_30216_validation.pdf.gz | 888 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_30216_full_validation.pdf.gz | 887.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_30216_validation.xml.gz | 15.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_30216_validation.cif.gz | 18.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30216 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30216 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30216.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.82 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_30216_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_30216_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_30216_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Mycobacterium smegmatis arabinosyltransferase EmbA-EmbB-AcpM2 in ...
+超分子 #1: Mycobacterium smegmatis arabinosyltransferase EmbA-EmbB-AcpM2 in ...
+超分子 #2: EmbA-EmbB
+超分子 #3: AcpM
+分子 #1: Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbA
+分子 #2: Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbB
+分子 #3: Meromycolate extension acyl carrier protein
+分子 #4: CARDIOLIPIN
+分子 #5: [(2Z,6E,10E,14Z,18E,22Z,26Z)-3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-decameth...
+分子 #6: CALCIUM ION
+分子 #7: 4'-PHOSPHOPANTETHEINE
+分子 #8: PHOSPHATE ION
+分子 #9: Ethambutol
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 5 mg/mL | ||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 / 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa | ||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE | ||||||||
詳細 | The sample was monodisperse. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 78.5 K / 最高: 78.6 K |
アライメント法 | Coma free - Residual tilt: 10.0 mrad |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 5100 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 29000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 62.01 / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient |
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得られたモデル | PDB-7bvc: |