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万見
- EMDB-0366: Imp7:ImpB:H1.0 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0366
タイトルImp7:ImpB:H1.0
マップデータImp7:Impu03B2:H1
試料
  • 複合体: Imp7:ImpB:H1.0
    • タンパク質・ペプチド: MGC52556 protein
    • タンパク質・ペプチド: Importin subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Histone H1.0
キーワードImp7:ImpB:H1.0 / Importin / Histone H1 / nuclear import / disordered interactions / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA import into nucleus / Inhibition of nitric oxide production / mitotic chromosome movement towards spindle pole / endoplasmic reticulum tubular network / importin-alpha family protein binding / positive regulation of transcription regulatory region DNA binding / astral microtubule organization / establishment of mitotic spindle localization / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / negative regulation of DNA recombination ...RNA import into nucleus / Inhibition of nitric oxide production / mitotic chromosome movement towards spindle pole / endoplasmic reticulum tubular network / importin-alpha family protein binding / positive regulation of transcription regulatory region DNA binding / astral microtubule organization / establishment of mitotic spindle localization / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / negative regulation of DNA recombination / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / NLS-dependent protein nuclear import complex / NLS-bearing protein import into nucleus / Apoptosis induced DNA fragmentation / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / nuclear localization sequence binding / ribosomal protein import into nucleus / Nuclear import of Rev protein / chromosome condensation / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / nuclear import signal receptor activity / nucleosomal DNA binding / mitotic metaphase chromosome alignment / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / mitotic spindle assembly / nuclear pore / nucleosome binding / transcription repressor complex / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Hsp90 protein binding / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / euchromatin / small GTPase binding / chromatin DNA binding / ISG15 antiviral mechanism / specific granule lumen / protein import into nucleus / cytoplasmic stress granule / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / Interferon alpha/beta signaling / structural constituent of chromatin / nucleosome / nuclear envelope / heterochromatin formation / nucleosome assembly / actin cytoskeleton / double-stranded DNA binding / nuclear membrane / ficolin-1-rich granule lumen / nuclear body / protein domain specific binding / Neutrophil degranulation / chromatin / enzyme binding / Golgi apparatus / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Exportin-2, central domain / Cse1 / Importin beta family / Linker histone H1/H5 / linker histone H1 and H5 family / Linker histone H1/H5, domain H15 / Linker histone H1/H5 globular (H15) domain profile. / Domain in histone families 1 and 5 / HEAT-like repeat / Importin-beta N-terminal domain ...Exportin-2, central domain / Cse1 / Importin beta family / Linker histone H1/H5 / linker histone H1 and H5 family / Linker histone H1/H5, domain H15 / Linker histone H1/H5 globular (H15) domain profile. / Domain in histone families 1 and 5 / HEAT-like repeat / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta, N-terminal domain / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Importin 7 L homeolog / Histone H1.0 / Importin subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.2 Å
データ登録者Bilokapic S / Ivic N
資金援助European Union, クロアチア, 2件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)ERC-smallRNAhet-309584European Union
European Communitys Seventh Framework ProgrammeNEWFELPRO_26 クロアチア
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2019
タイトル: Fuzzy Interactions Form and Shape the Histone Transport Complex.
著者: Nives Ivic / Mia Potocnjak / Victor Solis-Mezarino / Franz Herzog / Silvija Bilokapic / Mario Halic /
要旨: Protein transport into the nucleus is mediated by transport receptors. Import of highly charged proteins, such as histone H1 and ribosomal proteins, requires a dimer of two transport receptors. In ...Protein transport into the nucleus is mediated by transport receptors. Import of highly charged proteins, such as histone H1 and ribosomal proteins, requires a dimer of two transport receptors. In this study, we determined the cryo-EM structure of the Imp7:Impβ:H1.0 complex, showing that the two importins form a cradle that accommodates the linker histone. The H1.0 globular domain is bound to Impβ, whereas the acidic loops of Impβ and Imp7 chaperone the positively charged C-terminal tail. Although it remains disordered, the H1 tail serves as a zipper that closes and stabilizes the structure through transient non-specific interactions with importins. Moreover, we found that the GGxxF and FxFG motifs in the Imp7 C-terminal tail are essential for Imp7:Impβ dimerization and H1 import, resembling importin interaction with nucleoporins, which, in turn, promote complex disassembly. The architecture of many other complexes might be similarly defined by rapidly exchanging electrostatic interactions mediated by disordered regions.
履歴
登録2018年11月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年12月12日-
マップ公開2019年2月27日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0356
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0356
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6n88
  • 表面レベル: 0.0356
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0366.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0366.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 18.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Imp7:Impu03B2:H1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.43 Å/pix.
x 168 pix.
= 240.24 Å		1.43 Å/pix.
x 168 pix.
= 240.24 Å		1.43 Å/pix.
x 168 pix.
= 240.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.43 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0356 / ムービー #1: 0.0356
最小 - 最大-0.04906157 - 0.14652337
平均 (標準偏差)0.000508653 (±0.007547136)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ168168168
Spacing168168168
セルA=B=C: 240.23999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.431.431.43
M x/y/z168168168
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z240.240240.240240.240
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS168168168
D min/max/mean-0.0490.1470.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Imp7:ImpB:H1.0

全体名称: Imp7:ImpB:H1.0
要素
  • 複合体: Imp7:ImpB:H1.0
    • タンパク質・ペプチド: MGC52556 protein
    • タンパク質・ペプチド: Importin subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Histone H1.0

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超分子 #1: Imp7:ImpB:H1.0

超分子名称: Imp7:ImpB:H1.0 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: MGC52556 protein

分子名称: MGC52556 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 119.553156 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDPNILIEAL RGTMDPALRE AAERQLNESH KSLHFVSTLL QITMSEQLEL PVRQAGVIYL KNMITQYWPD REVTPGELPP HTIPEEDRH CIRENIVEAI MHSPELIRVQ LTTCIHHIIK HDYPNRWTAV VEKIGFYLQS DNSACWLGIL LCLYQLVKNY E YKKPEERS ...文字列:
MDPNILIEAL RGTMDPALRE AAERQLNESH KSLHFVSTLL QITMSEQLEL PVRQAGVIYL KNMITQYWPD REVTPGELPP HTIPEEDRH CIRENIVEAI MHSPELIRVQ LTTCIHHIIK HDYPNRWTAV VEKIGFYLQS DNSACWLGIL LCLYQLVKNY E YKKPEERS PLIAAMQHFL PMLKDRYIQL LADPSEQSVL IQKQIFKIFY ALVQYTLPLE LINQQNLAEW IEILKTVVDR DV PAETLQV DEDDRPELPW WKCKKWALHI LARLFERYGS PGNVSKEYND FAEVFLKAFA VGVQQVLLKV LYQYKEKQYI APR VLQQTL NYFNQGVSHA VTWKNLKPHI QGIIQDVIFP LMCYTDSDED LWQEDPYEYI RMKFDVFEDF ISPTTAAQTL LFTS CSKRK EVLQKTMGFC YQILTEPAAD PRKKDGALHM IGSLAEILLK KKIYKDQMEF MLQNHVFPLF SSELGYMRAR ACWVL HYFC EVKFKVDQNL QTALELTRRC LIDDREMPVK VEAAIALQVL ISNQEKAKEY IVPFIRPVMQ ALLHIIRETE NDDLTN VIQ KMICEYSEEV TPIAVEMTQH LAMTFNQVIQ TGPDEEGSDD KAVTAMGILN TIDTLLSVVE DHKEITQQLE GICLQVI GT VLQQHVLEFY EEIFSLAHSL TCQQVSPQMW QLLPLVFDIF QQDGFDYFTD MMPLLHNYVT VDTDTLLSDT KYLEMIYS M CKKILTGVAG EDAECHAAKL LEVVILQCKG RGIDQVIPLF VEAALERLTR EVKTSELRTM CLQVAIAALY YSPPLLFNT LENLRFPNNE EPVTNHFIKQ WLNDVDCFLG LHDRKICVLG LCALIELEQR PQVLNQMSSQ ILPAFLLLFN GLKRAYACHA EQENDSDDD GDGEDDEDAA ELGSDEDDID EEGQEYLEIL AKQAGEDGDD EDWEDDDAEE TALEGYTTLL DDEDTPIDEY Q IFKAIFQK LQGRDPVWYQ ALTQGLNEDQ GKQLQDIATL ADQRRAAHES KMIEKHGGYK FNAPVVPSTF NFGNPAPGMN

UniProtKB: Importin 7 L homeolog

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分子 #2: Importin subunit beta-1

分子名称: Importin subunit beta-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 97.257812 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MELITILEKT VSPDRLELEA AQKFLERAAV ENLPTFLVEL SRVLANPGNS QVARVAAGLQ IKNSLTSKDP DIKAQYQQRW LAIDANARR EVKNYVLQTL GTETYRPSSA SQCVAGIACA EIPVNQWPEL IPQLVANVTN PNSTEHMKES TLEAIGYICQ D IDPEQLQD ...文字列:
MELITILEKT VSPDRLELEA AQKFLERAAV ENLPTFLVEL SRVLANPGNS QVARVAAGLQ IKNSLTSKDP DIKAQYQQRW LAIDANARR EVKNYVLQTL GTETYRPSSA SQCVAGIACA EIPVNQWPEL IPQLVANVTN PNSTEHMKES TLEAIGYICQ D IDPEQLQD KSNEILTAII QGMRKEEPSN NVKLAATNAL LNSLEFTKAN FDKESERHFI MQVVCEATQC PDTRVRVAAL QN LVKIMSL YYQYMETYMG PALFAITIEA MKSDIDEVAL QGIEFWSNVC DEEMDLAIEA SEAAEQGRPP EHTSKFYAKG ALQ YLVPIL TQTLTKQDEN DDDDDWNPCK AAGVCLMLLA TCCEDDIVPH VLPFIKEHIK NPDWRYRDAA VMAFGCILEG PEPS QLKPL VIQAMPTLIE LMKDPSVVVR DTAAWTVGRI CELLPEAAIN DVYLAPLLQC LIEGLSAEPR VASNVCWAFS SLAEA AYEA ADVADDQEEP ATYCLSSSFE LIVQKLLETT DRPDGHQNNL RSSAYESLME IVKNSAKDCY PAVQKTTLVI MERLQQ VLQ MESHIQSTSD RIQFNDLQSL LCATLQNVLR KVQHQDALQI SDVVMASLLR MFQSTAGSGG VQEDALMAVS TLVEVLG GE FLKYMEAFKP FLGIGLKNYA EYQVCLAAVG LVGDLCRALQ SNIIPFCDEV MQLLLENLGN ENVHRSVKPQ ILSVFGDI A LAIGGEFKKY LEVVLNTLQQ ASQAQVDKSD YDMVDYLNEL RESCLEAYTG IVQGLKGDQE NVHPDVMLVQ PRVEFILSF IDHIAGDEDH TDGVVACAAG LIGDLCTAFG KDVLKLVEAR PMIHELLTEG RRSKTNKAKT LATWATKELR KLKNQA

UniProtKB: Importin subunit beta-1

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分子 #3: Histone H1.0

分子名称: Histone H1.0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20.927182 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTENSTSAPA AKPKRAKASK KSTDHPKYSD MIVAAIQAEK NRAGSSRQSI QKYIKSHYKV GENADSQIKL SIKRLVTTGV LKQTKGVGA SGSFRLAKSD EPKKSVAFKK TKKEIKKVAT PKKASKPKKA ASKAPTKKPK ATPVKKAKKK LAATPKKAKK P KTVKAKPV ...文字列:
MTENSTSAPA AKPKRAKASK KSTDHPKYSD MIVAAIQAEK NRAGSSRQSI QKYIKSHYKV GENADSQIKL SIKRLVTTGV LKQTKGVGA SGSFRLAKSD EPKKSVAFKK TKKEIKKVAT PKKASKPKKA ASKAPTKKPK ATPVKKAKKK LAATPKKAKK P KTVKAKPV KASKPKKAKP VKPKAKSSAK RAGKKK

UniProtKB: Histone H1.0

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)
平均電子線量: 80.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: RANDOM CONICAL TILT
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 18900
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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