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万見
- EMDB-30195: Cryo-EM structure of Dengue virus serotype 2 complexed with Fab S... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30195
タイトルCryo-EM structure of Dengue virus serotype 2 complexed with Fab SIgN-3C at pH 8.0
マップデータCryo-EM structure of Dengue virus serotype 2 complexed with Fab SIgN-3C at pH 8
試料
  • 複合体: Complex of Dengue virus serotype 2 with SIgN-3C Fab
    • 複合体: SIgN-3C Fab
      • タンパク質・ペプチド: SIgN-3C Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: SIgN-3C Fab light chain
    • 複合体: Dengue virus serotype 2
      • タンパク質・ペプチド: Dengue virus serotype 2 E protein
      • タンパク質・ペプチド: Dengue virus serotype 2 M protein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードantibody / neutralization / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C ...Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Dengue virus 2 (デング熱ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Zhang S / Chew SV
資金援助 シンガポール, 2件
OrganizationGrant number国
National Research Foundation (NRF, Singapore)NRF-NRFI2016-01 シンガポール
National Research Foundation (NRF, Singapore)NRF2016NRF-CRP001-063 シンガポール
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: A Human Antibody Neutralizes Different Flaviviruses by Using Different Mechanisms.
著者: Shuijun Zhang / Thomas Loy / Thiam-Seng Ng / Xin-Ni Lim / Shyn-Yun Valerie Chew / Ter Yong Tan / Meihui Xu / Victor A Kostyuchenko / Farhana Tukijan / Jian Shi / Katja Fink / Shee-Mei Lok /
要旨: Human antibody SIgN-3C neutralizes dengue virus (DENV) and Zika virus (ZIKV) differently. DENV:SIgN-3C Fab and ZIKV:SIgN-3C Fab cryoelectron microscopy (cryo-EM) complex structures show Fabs ...Human antibody SIgN-3C neutralizes dengue virus (DENV) and Zika virus (ZIKV) differently. DENV:SIgN-3C Fab and ZIKV:SIgN-3C Fab cryoelectron microscopy (cryo-EM) complex structures show Fabs crosslink E protein dimers at extracellular pH 8.0 condition and also when further incubated at acidic endosomal conditions (pH 8.0-6.5). We observe Fab binding to DENV (pH 8.0-5.0) prevents virus fusion, and the number of bound Fabs increase (from 120 to 180). For ZIKV, although there are already 180 copies of Fab at pH 8.0, virus structural changes at pH 5.0 are not inhibited. The immunoglobulin G (IgG):DENV structure at pH 8.0 shows both Fab arms bind to epitopes around the 2-fold vertex. On ZIKV, an additional Fab around the 5-fold vertex at pH 8.0 suggests one IgG arm would engage with an epitope, although the other may bind to other viruses, causing aggregation. For DENV2 at pH 5.0, a similar scenario would occur, suggesting DENV2:IgG complex would aggregate in the endosome. Hence, a single antibody employs different neutralization mechanisms against different flaviviruses.
履歴
登録2020年4月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年5月13日-
マップ公開2020年5月13日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7bud
  • 表面レベル: 3.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7bud
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30195.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30195.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of Dengue virus serotype 2 complexed with Fab SIgN-3C at pH 8
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.36 Å/pix.
x 512 pix.
= 696.32 Å		1.36 Å/pix.
x 512 pix.
= 696.32 Å		1.36 Å/pix.
x 512 pix.
= 696.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.36 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.8 / ムービー #1: 3.8
最小 - 最大-6.6790543 - 12.013351
平均 (標準偏差)-0.000000003872719 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-256-256-256
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 696.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.361.361.36
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z696.320696.320696.320
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-256-256-256
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-6.67912.013-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of Dengue virus serotype 2 with SIgN-3C Fab

全体名称: Complex of Dengue virus serotype 2 with SIgN-3C Fab
要素
  • 複合体: Complex of Dengue virus serotype 2 with SIgN-3C Fab
    • 複合体: SIgN-3C Fab
      • タンパク質・ペプチド: SIgN-3C Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: SIgN-3C Fab light chain
    • 複合体: Dengue virus serotype 2
      • タンパク質・ペプチド: Dengue virus serotype 2 E protein
      • タンパク質・ペプチド: Dengue virus serotype 2 M protein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Complex of Dengue virus serotype 2 with SIgN-3C Fab

超分子名称: Complex of Dengue virus serotype 2 with SIgN-3C Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #2: SIgN-3C Fab

超分子名称: SIgN-3C Fab / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Dengue virus 2 (デング熱ウイルス)

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超分子 #3: Dengue virus serotype 2

超分子名称: Dengue virus serotype 2 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4

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分子 #1: SIgN-3C Fab heavy chain

分子名称: SIgN-3C Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.448958 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EVQLVQSGPD VEKPGASVKV SCKASGYTFT SNYIHWVRQA PGQGLEWMGV INPRGGSTAS AQKFQGRITM TRDTSTSTVY MELSSLRSD DTAVYYCARG GRALFYDSYT TPRDGGSWWF DPWGQGSLVT VSS

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分子 #2: SIgN-3C Fab light chain

分子名称: SIgN-3C Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.832145 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DIQLTQSPSS LSASVGDRVT FTCQASQDIR KYLNWYQQKP GKAPKLLIYD ASNLKTGVPS RFSGSGSGTD FTFTISSLQP EDVATYYCQ QFDDLPITFG QGTRLQIK

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分子 #3: Dengue virus serotype 2 E protein

分子名称: Dengue virus serotype 2 E protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dengue virus 2 (デング熱ウイルス)
分子量理論値: 54.258551 KDa
配列文字列: MRCIGISNRD FVEGVSGGSW VDIVLEHGSC VTTMAKNKPT LDFELIKTEA KHPATLRKYC VEAKLTNTTT ASRCPTQGEP SLNEEQDKR FVCKHSMVDR GWGNGCGLFG KGGIVTCAMF TCKKNMEGKV VQPENLEYTI VITPHSGEEN AVGNDTGKHG K EIKVTPQS ...文字列:
MRCIGISNRD FVEGVSGGSW VDIVLEHGSC VTTMAKNKPT LDFELIKTEA KHPATLRKYC VEAKLTNTTT ASRCPTQGEP SLNEEQDKR FVCKHSMVDR GWGNGCGLFG KGGIVTCAMF TCKKNMEGKV VQPENLEYTI VITPHSGEEN AVGNDTGKHG K EIKVTPQS SITEAELTGY GTVTMECSPR TGLDFNEMVL LQMENKAWLV HRQWFLDLPL PWLPGADTQG SNWIQKETLV TF KNPHAKK QDVVVLGSQE GAMHTALTGA TEIQMSSGNL LFTGHLKCRL RMDKLQLKGM SYSMCTGKFK VVKEIAETQH GTI VIRVQY EGDGSPCKIP FEIMDLEKRH VLGRLITVNP IVTEKDSPVN IEAEPPFGDS YIIIGVEPGQ LKLSWFKKGS SIGQ MFETT MRGAKRMAIL GDTAWDFGSL GGVFTSIGKA LHQVFGAIYG AAFSGVSWTM KILIGVVITW IGMNSRSTSL SVSLV LVGV VTLYLGVMVQ A

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分子 #4: Dengue virus serotype 2 M protein

分子名称: Dengue virus serotype 2 M protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dengue virus 2 (デング熱ウイルス)
分子量理論値: 8.109491 KDa
配列文字列:
SVALVPHVGM GLETRTETWM SSEGAWKHAQ RIETWILRHP GFTIMAAILA YTIGTTYFQR VLIFILLTAV TP

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 20.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 9607
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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